seq1 = pF1KB4277.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB4277/gi568815597f_32551912.tfa (gi568815597f:32551912_32779702), 227791 bp

>pF1KB4277 1275
>gi568815597f:32551912_32779702 (Chr1)

1-16  (99396-99411)   100% ->
17-164  (100003-100150)   100% ->
165-310  (105516-105661)   100% ->
311-484  (116314-116487)   99% ->
485-600  (116828-116943)   100% ->
601-761  (117061-117221)   100% ->
762-888  (117320-117446)   100% ->
889-966  (117575-117652)   100% ->
967-1043  (120539-120615)   100% ->
1044-1101  (120731-120788)   100% ->
1102-1212  (120880-120990)   100% ->
1213-1275  (127729-127791)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACAAGGAAG         CAGCCTTCGACGACGCAGTGGAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  99396 ATGGCCGACAAGGAAGGTG...TAGCAGCCTTCGACGACGCAGTGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACGAGTGATCAACGAGGAATACAAAATATGGAAAAAGAACACCCCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 ACGAGTGATCAACGAGGAATACAAAATATGGAAAAAGAACACCCCTTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTATGATTTGGTGATGACCCATGCTCTGGAGTGGCCCAGCCTAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 TTTATGATTTGGTGATGACCCATGCTCTGGAGTGGCCCAGCCTAACTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTGGCTTCCAGATGTAACCAG         ACCAGAAGGGAAAGATTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100128 CAGTGGCTTCCAGATGTAACCAGGTG...CAGACCAGAAGGGAAAGATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGCATTCATCGACTTGTCCTGGGGACACACACATCGGATGAACAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105534 CAGCATTCATCGACTTGTCCTGGGGACACACACATCGGATGAACAAAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCTTGTTATAGCCAGTGTGCAGCTCCCTAATGATGATGCTCAGTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105584 ATCTTGTTATAGCCAGTGTGCAGCTCCCTAATGATGATGCTCAGTTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGTCACACTACGACAGTGAGAAAGGAG         AATTTGGAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105634 GCGTCACACTACGACAGTGAGAAAGGAGGTA...CAGAATTTGGAGGTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTTCAGTTAGTGGAAAAATTGAAATAGAAATCAAGATCAACCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116327 TGGTTCAGTTAGTGGAAAAATTGAAATAGAAATCAAGATCAACCATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGAAGTAAACAGGGCCCGTTATATGCCCCAGAACCCTTGTATCATCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116377 GAGAAGTAAACAGGGCCCGTTATATGCCCCAGAACCCTTGTATCATCGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAAAGACTCCTTCCAGTGATGTTCTTGTCTTTGACTATACAAAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 116427 ACAAAGACTCCTTCCAGTGATGTTCTTGTTTTTGACTATACAAAACATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCTAAACCAG         ATCCTTCTGGAGAGTGCAACCCAGACTTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 116477 TTCTAAACCAGGTA...CAGATCCTTCTGGAGAGTGCAACCCAGACTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCTCCGTGGACATCAGAAGGAAGGCTATGGGCTTTCTTGGAACCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116858 GTCTCCGTGGACATCAGAAGGAAGGCTATGGGCTTTCTTGGAACCCAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCAGTGGGCACTTACTTAGTGCTTCAGATGACCAT         ACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116908 CTCAGTGGGCACTTACTTAGTGCTTCAGATGACCATGTG...AAGACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGCCTGTGGGACATCAGTGCCGTTCCAAAGGAGGGAAAAGTGGTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117066 CTGCCTGTGGGACATCAGTGCCGTTCCAAAGGAGGGAAAAGTGGTAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGAAGACCATCTTTACAGGGCATACGGCAGTAGTAGAAGATGTTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117116 CGAAGACCATCTTTACAGGGCATACGGCAGTAGTAGAAGATGTTTCCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CATCTACTCCATGAGTCTCTGTTTGGGTCAGTTGCTGATGATCAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117166 CATCTACTCCATGAGTCTCTGTTTGGGTCAGTTGCTGATGATCAGAAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATGAT         TTGGGATACTCGTTCAAACAATACTTCCAAACCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117216 TATGATGTG...AAGTTGGGATACTCGTTCAAACAATACTTCCAAACCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCACTCAGTTGATGCTCACACTGCTGAAGTGAACTGCCTTTCTTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117355 GCCACTCAGTTGATGCTCACACTGCTGAAGTGAACTGCCTTTCTTTCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTTATAGTGAGTTCATTCTTGCCACAGGATCAGCTGACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117405 CCTTATAGTGAGTTCATTCTTGCCACAGGATCAGCTGACAAGGTC...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889  ACTGTTGCCTTGTGGGATCTGAGAAATCTGAAACTTAAGTTGCATTCCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117574 GACTGTTGCCTTGTGGGATCTGAGAAATCTGAAACTTAAGTTGCATTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGAGTCACATAAGGATGAAATATTCCAG         GTTCAGTGGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117624 TTGAGTCACATAAGGATGAAATATTCCAGGTA...TAGGTTCAGTGGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTCACAATGAGACTATTTTAGCTTCCAGTGGTACTGATCGCAGACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120551 CCTCACAATGAGACTATTTTAGCTTCCAGTGGTACTGATCGCAGACTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTCTGGGATTTAAG         TAAAATTGGAGAGGAACAATCCCCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120601 TGTCTGGGATTTAAGGTA...TAGTAAAATTGGAGAGGAACAATCCCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGATGCAGAAGACGGGCCACCAGAGTTGTTG         TTTATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120757 AAGATGCAGAAGACGGGCCACCAGAGTTGTTGGTA...CAGTTTATTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGTGGTCATACTGCCAAGATATCTGATTTCTCCTGGAATCCCAATGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120889 GGTGGTCATACTGCCAAGATATCTGATTTCTCCTGGAATCCCAATGAACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTGGGTGATTTGTTCTGTATCAGAAGACAATATCATGCAAGTGTGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120939 TTGGGTGATTTGTTCTGTATCAGAAGACAATATCATGCAAGTGTGGCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TG         GCAGAGAACATTTATAATGATGAAGACCCTGAAGGAAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120989 TGGTA...CAGGCAGAGAACATTTATAATGATGAAGACCCTGAAGGAAGC

   1350     .    :    .    :
   1252 GTGGATCCAGAAGGACAAGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||
 127768 GTGGATCCAGAAGGACAAGGGTCC