seq1 = pF1KB4275.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KB4275/gi568815586f_7939833.tfa (gi568815586f:7939833_8152847), 213015 bp

>pF1KB4275 1722
>gi568815586f:7939833_8152847 (Chr12)

1-333  (100001-100333)   100% ->
334-408  (102826-102900)   100% ->
409-477  (103869-103937)   100% ->
478-618  (104119-104259)   100% ->
619-817  (104928-105126)   100% ->
818-1225  (108050-108457)   100% ->
1226-1327  (108865-108966)   100% ->
1328-1537  (109530-109739)   100% ->
1538-1636  (110690-110788)   100% ->
1637-1722  (112930-113015)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTGACCTAGAGAGTAGCCTCACCTCCATAGACTGGCTCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTGACCTAGAGAGTAGCCTCACCTCCATAGACTGGCTCCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGACCCTCCGAGCTACCATTGAGAAGCTTGGAAGTGCCTCCCAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGACCCTCCGAGCTACCATTGAGAAGCTTGGAAGTGCCTCCCAGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCTCCCGGGAGCAGCCGCAAGTGTTCACCAGGGTCACCCACAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCCTCCCGGGAGCAGCCGCAAGTGTTCACCAGGGTCACCCACAGATCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGCCACCCTGAGCAAAGACGAGGCAGCAGTGCACCAGGACGGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGCCACCCTGAGCAAAGACGAGGCAGCAGTGCACCAGGACGGCAAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACGATACAGCTATGCCACTCTCATCACCTATGCCATCAACTCCTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACGATACAGCTATGCCACTCTCATCACCTATGCCATCAACTCCTCTCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAAGAAGATGACCCTCAGCGAGATTTACCGCTGGATCTGTGATAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAAGAAGATGACCCTCAGCGAGATTTACCGCTGGATCTGTGATAACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCTATTACAAGAATGCTGGCATTGGTTGGAAG         AATTCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100301 CCCTATTACAAGAATGCTGGCATTGGTTGGAAGGTG...CAGAATTCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACGGCACAACCTTTCTCTCAACAAGTGTTTCCGGAAGGTGCCCAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102834 ACGGCACAACCTTTCTCTCAACAAGTGTTTCCGGAAGGTGCCCAGACCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGGATGACCCTGGGAAG         GGTTCCTATTGGACAATTGACACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102884 GGGATGACCCTGGGAAGGTA...CAGGGTTCCTATTGGACAATTGACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCCCTGACATTTCCCGAAAGAGAAGACACCCTCCAGATGATGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103893 TGCCCTGACATTTCCCGAAAGAGAAGACACCCTCCAGATGATGATGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     CTGTCCCAAGACTCACCAGAACAGGAGGCAAGCAAGAGCCCACGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103943 .CAGCTGTCCCAAGACTCACCAGAACAGGAGGCAAGCAAGAGCCCACGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGGCGTTGCAGGGAGTGGAGAAGCCTCACTGCCTCCTGAGGGGAATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104165 GAGGCGTTGCAGGGAGTGGAGAAGCCTCACTGCCTCCTGAGGGGAATCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGATGTCACTTCAGAGCCCCACATCTATAGCCAGCTACAGCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104215 CAGATGTCACTTCAGAGCCCCACATCTATAGCCAGCTACAGCCAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619     GGCACAGGATCTGTGGATGGTGGAGCAGTGGCAGCAGGGGCTTCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104265 .CAGGGCACAGGATCTGTGGATGGTGGAGCAGTGGCAGCAGGGGCTTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCGAGAAAGTGCTGAGGGTCCCCCTCCCCTCTATAACACCAACCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104974 GCCGAGAAAGTGCTGAGGGTCCCCCTCCCCTCTATAACACCAACCATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTAAATTCTCCTACTCAGAGATCAACTTTCAGGATCTAAGCTGGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105024 TTTAAATTCTCCTACTCAGAGATCAACTTTCAGGATCTAAGCTGGTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCGCAACCTCTATAAGTCCATGCTGGAGAAGTCCTCTTCCTCCTCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105074 CCGCAACCTCTATAAGTCCATGCTGGAGAAGTCCTCTTCCTCCTCTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACG         GCTTTTCTTCTCTCCTGGGGGACATCCCACCCTCGAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105124 ACGGTG...CAGGCTTTTCTTCTCTCCTGGGGGACATCCCACCCTCGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AACTACTACATGTATCAGCAGCAGCAGCCACCGCCACCTCAACAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108088 AACTACTACATGTATCAGCAGCAGCAGCCACCGCCACCTCAACAGCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCAGCAGCAGCAGCCGCCACAGCCACCTCCCCAGCAGTCCCAGCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108138 GCAGCAGCAGCAGCCGCCACAGCCACCTCCCCAGCAGTCCCAGCCACAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCAGCAGGCACCTGCCCAGGGCCCCTCAGCTGTAGGGGGTGCTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108188 AGCAGCAGGCACCTGCCCAGGGCCCCTCAGCTGTAGGGGGTGCTCCTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGCACACCCCAAGCACAGATGGTTGTACCCCACCAGGGGGAAAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108238 CTGCACACCCCAAGCACAGATGGTTGTACCCCACCAGGGGGAAAGCAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGGGGCGGAAGGCTATGGGCCTCCCCCTGTAATGGCCATGCATCCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108288 TGGGGCGGAAGGCTATGGGCCTCCCCCTGTAATGGCCATGCATCCACCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CGCTGCAGCATGGAGGCTACCACCCTCATCAGCACCATCCCCACTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108338 CGCTGCAGCATGGAGGCTACCACCCTCATCAGCACCATCCCCACTCCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCTGCCCAGCAGCCACCACCTCCACAGCCACAGGCACAAGGCCAGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108388 CCTGCCCAGCAGCCACCACCTCCACAGCCACAGGCACAAGGCCAGGCTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CATCAACAACACTGGCTTTG         CCTTTCCTTCTGACTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108438 CATCAACAACACTGGCTTTGGTG...CAGCCTTTCCTTCTGACTGGTGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTAATATTGACTCTTTAAAGGAAAGCTTCAAGATGGTGAATCGGCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108886 CTAATATTGACTCTTTAAAGGAAAGCTTCAAGATGGTGAATCGGCTCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TGGTCCAGCATTGAGCAGTCACAATTCTCAG         AACTGATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108936 TGGTCCAGCATTGAGCAGTCACAATTCTCAGGTT...TAGAACTGATGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GAGTCTACGACAGGCAGAGCAGAAGAACTGGACCCTCGACCAGCATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109540 GAGTCTACGACAGGCAGAGCAGAAGAACTGGACCCTCGACCAGCATCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTGCCAATCTGTGTGACTCCCTCAACCACTTCCTTACTCAGACTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109590 TTGCCAATCTGTGTGACTCCCTCAACCACTTCCTTACTCAGACTGGTCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GTGCCCCCTCAAGGGGGTACCCACCGCCCACCAGCCCCTGCCCGTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109640 GTGCCCCCTCAAGGGGGTACCCACCGCCCACCAGCCCCTGCCCGTATTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGACTCCTGTGCCCTCACCAGTGGCAAACAGGAGTCAGCCATGAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109690 TGACTCCTGTGCCCTCACCAGTGGCAAACAGGAGTCAGCCATGAGCCAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538          TGAACTCTTATGGGCACCCACAAGCTCCCCACCTCTACCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109740 GTA...CAGTGAACTCTTATGGGCACCCACAAGCTCCCCACCTCTACCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GGCCCATCACCAATGTACCCAATCCCCACCCAGGACTCAGCAGGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110731 GGCCCATCACCAATGTACCCAATCCCCACCCAGGACTCAGCAGGATACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TCGCCCAG         CACACCATATGGTCCCTCGGCCATCAGTGCCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110781 TCGCCCAGGTA...CAGCACACCATATGGTCCCTCGGCCATCAGTGCCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CTCCTGGTGCCAATGAGGAGATCCCTGATGACTTCGACTGGGACTTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112963 CTCCTGGTGCCAATGAGGAGATCCCTGATGACTTCGACTGGGACTTGATC

   1800 
   1720 ACT
        |||
 113013 ACT