seq1 = pF1KB4244.tfa, 819 bp
seq2 = pF1KB4244/gi568815586r_88405199.tfa (gi568815586r:88405199_88645865), 240667 bp

>pF1KB4244 819
>gi568815586r:88405199_88645865 (Chr12)

(complement)

1-15  (65588-65602)   100% ->
16-129  (100001-100114)   100% ->
130-192  (113363-113425)   100% ->
193-363  (126999-127169)   100% ->
364-520  (129376-129532)   100% ->
521-604  (130249-130332)   100% ->
605-714  (138729-138838)   100% ->
715-782  (139488-139555)   100% ->
783-819  (140631-140667)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGACACAA         ACTTGGATTCTCACTTGCATTTATCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  65588 ATGAAGAAGACACAAGTG...TAGACTTGGATTCTCACTTGCATTTATCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCAGCTGCTCCTATTTAATCCTCTCGTCAAAACTGAAGGGATCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 TCAGCTGCTCCTATTTAATCCTCTCGTCAAAACTGAAGGGATCTGCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCGTGTGACTAATAATGTAAAAGACGTCACTAAATTG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100077 ATCGTGTGACTAATAATGTAAAAGACGTCACTAAATTGGTA...TAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCAAATCTTCCAAAAGACTACATGATAACCCTCAAATATGTCCCCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113366 GCAAATCTTCCAAAAGACTACATGATAACCCTCAAATATGTCCCCGGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGATGTTTTG         CCAAGTCATTGTTGGATAAGCGAGATGGTAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113416 GGATGTTTTGGTA...CAGCCAAGTCATTGTTGGATAAGCGAGATGGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TACAATTGTCAGACAGCTTGACTGATCTTCTGGACAAGTTTTCAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127030 TACAATTGTCAGACAGCTTGACTGATCTTCTGGACAAGTTTTCAAATATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTGAAGGCTTGAGTAATTATTCCATCATAGACAAACTTGTGAATATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127080 TCTGAAGGCTTGAGTAATTATTCCATCATAGACAAACTTGTGAATATAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGATGACCTTGTGGAGTGCGTGAAAGAAAACTCATCTAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 127130 GGATGACCTTGTGGAGTGCGTGAAAGAAAACTCATCTAAGGTA...TAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCTAAAAAAATCATTCAAGAGCCCAGAACCCAGGCTCTTTACTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129377 ATCTAAAAAAATCATTCAAGAGCCCAGAACCCAGGCTCTTTACTCCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAATTCTTTAGAATTTTTAATAGATCCATTGATGCCTTCAAGGACTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129427 GAATTCTTTAGAATTTTTAATAGATCCATTGATGCCTTCAAGGACTTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTGGCATCTGAAACTAGTGATTGTGTGGTTTCTTCAACATTAAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129477 AGTGGCATCTGAAACTAGTGATTGTGTGGTTTCTTCAACATTAAGTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAAG         ATTCCAGAGTCAGTGTCACAAAACCATTTATGTTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129527 AGAAAGGTA...TAGATTCCAGAGTCAGTGTCACAAAACCATTTATGTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCCCTGTTGCAGCCAGCTCCCTTAGGAATGACAGCAGTAGCAGTAATA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 130284 CCCCCTGTTGCAGCCAGCTCCCTTAGGAATGACAGCAGTAGCAGTAATAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605         GGAAGGCCAAAAATCCCCCTGGAGACTCCAGCCTACACTGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130334 TA...TAGGGAAGGCCAAAAATCCCCCTGGAGACTCCAGCCTACACTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGCCATGGCATTGCCAGCATTGTTTTCTCTTATAATTGGCTTTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138771 CAGCCATGGCATTGCCAGCATTGTTTTCTCTTATAATTGGCTTTGCTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGAGCCTTATACTGGAAG         AAGAGACAGCCAAGTCTTACAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 138821 GGAGCCTTATACTGGAAGGTA...CAGAAGAGACAGCCAAGTCTTACAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCAGTTGAAAATATACAAATTAATGAAGAGGATAATGAGATAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 139511 GGCAGTTGAAAATATACAAATTAATGAAGAGGATAATGAGATAAGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :
    783     TATGTTGCAAGAGAAAGAGAGAGAGTTTCAAGAAGTG
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139561 .CAGTATGTTGCAAGAGAAAGAGAGAGAGTTTCAAGAAGTG