seq1 = pF1KB4239.tfa, 3624 bp
seq2 = pF1KB4239/gi568815595f_219777.tfa (gi568815595f:219777_505708), 285932 bp

>pF1KB4239 3624
>gi568815595f:219777_505708 (Chr3)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-197  (106183-106288)   100% ->
198-385  (108391-108578)   100% ->
386-508  (121018-121140)   100% ->
509-679  (122136-122306)   100% ->
680-800  (124813-124933)   100% ->
801-985  (129583-129767)   99% ->
986-1117  (134864-134995)   100% ->
1118-1258  (140508-140648)   100% ->
1259-1370  (141923-142034)   100% ->
1371-1537  (143441-143607)   100% ->
1538-1703  (146174-146339)   100% ->
1704-1828  (158042-158166)   100% ->
1829-1930  (162403-162504)   100% ->
1931-2128  (162698-162895)   100% ->
2129-2199  (164040-164110)   100% ->
2200-2422  (169476-169698)   100% ->
2423-2538  (170925-171040)   100% ->
2539-2743  (171179-171383)   100% ->
2744-2866  (171899-172021)   100% ->
2867-3046  (174917-175096)   100% ->
3047-3205  (178451-178609)   98% ->
3206-3337  (179241-179372)   100% ->
3338-3410  (181850-181922)   100% ->
3411-3624  (185719-185932)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGCTTTTACTTGGAAGAGGACTAATCGTATATCTAATGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGCTTTTACTTGGAAGAGGACTAATCGTATATCTAATGTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTTAAAATTCTCAAAAGCAATTGAAATACCATCTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 CCTGTTAAAATTCTCAAAAGCAATTGAAATACCATCTTCAGGTA...TAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAACAGGTTCCAACAATCATAAAACAGTCAAAAGTCCAAGTTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106183 TTCAACAGGTTCCAACAATCATAAAACAGTCAAAAGTCCAAGTTGCCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTTCGATGAGTATTTTCAAATTGAATGTGAAGCTAAAGGAAATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106233 CCCTTCGATGAGTATTTTCAAATTGAATGTGAAGCTAAAGGAAATCCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCAAC         ATTTTCGTGGACTAAGGATGGCAACCCTTTTTATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106283 ACCAACGTG...TAGATTTTCGTGGACTAAGGATGGCAACCCTTTTTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCACTGACCATCGGATAATTCCATCGAACAATTCAGGAACATTCAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108426 TCACTGACCATCGGATAATTCCATCGAACAATTCAGGAACATTCAGGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAAACGAGGGGCACATATCTCACTTTCAAGGGAAATACCGCTGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108476 CCAAACGAGGGGCACATATCTCACTTTCAAGGGAAATACCGCTGCTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCAAATAAACTGGGAATCGCTATGTCAGAAGAAATAGAATTTATAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108526 TTCAAATAAACTGGGAATCGCTATGTCAGAAGAAATAGAATTTATAGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAA         GTGTTCCAAAATTCCCAAAAGAAAAAATTGACCCTCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108576 CAAGTA...CAGGTGTTCCAAAATTCCCAAAAGAAAAAATTGACCCTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGTGGAGGAGGGAGATCCAATTGTCCTCCCATGCAATCCTCCCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121056 GAAGTGGAGGAGGGAGATCCAATTGTCCTCCCATGCAATCCTCCCAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCCCACCTTTACACATTTATTGGATGAATATTG         AATTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121106 CCTCCCACCTTTACACATTTATTGGATGAATATTGGTA...CAGAATTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACACATCGAACAAGATGAAAGAGTATACATGAGCCAAAAGGGAGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122142 AACACATCGAACAAGATGAAAGAGTATACATGAGCCAAAAGGGAGATCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACTTCGCAAACGTGGAAGAAAAGGACAGTCGCAATGACTACTGTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122192 TACTTCGCAAACGTGGAAGAAAAGGACAGTCGCAATGACTACTGTTGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCTGCATTTCCAAGATTAAGGACTATTGTACAGAAAATGCCAATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122242 TGCTGCATTTCCAAGATTAAGGACTATTGTACAGAAAATGCCAATGAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAACAGTTAACAGTT         CAAATTCCATCAAGCAAAGAAAACCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 122292 TAACAGTTAACAGTTGTA...TAGCAAATTCCATCAAGCAAAGAAAACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAACTGCTGTTGCCTCCCACTGAGAGTGGCAGTGAGTCTTCAATTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124839 AAACTGCTGTTGCCTCCCACTGAGAGTGGCAGTGAGTCTTCAATTACCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTCAAAGGGGAAATCTTGCTGCTTGAGTGTTTTGCTGAAGGCTT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 124889 CCTCAAAGGGGAAATCTTGCTGCTTGAGTGTTTTGCTGAAGGCTTGTG..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801     GCCAACTCCACAGGTTGATTGGAACAAAATTGGTGGTGACTTACCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124939 .CAGGCCAACTCCACAGGTTGATTGGAACAAAATTGGTGGTGACTTACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGGGGAGAGAAGCAAAAGAAAATTATGGCAAGACTTTGAAGATAGAGAA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129629 AAGGGGAGAGAAACAAAAGAAAATTATGGCAAGACTTTGAAGATAGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTCTCCTACCAGGACAAAGGAAATTATCGCTGCACAGCCAGCAATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129679 TGTCTCCTACCAGGACAAAGGAAATTATCGCTGCACAGCCAGCAATTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGGAACAGCCACTCACGATTTTCACGTTATAGTAGAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 129729 TGGGAACAGCCACTCACGATTTTCACGTTATAGTAGAAGGTA...CAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTCCTCGCTGGACAAAGAAGCCTCAGAGTGCTGTGTATAGCACCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134866 CCTCCTCGCTGGACAAAGAAGCCTCAGAGTGCTGTGTATAGCACCGGAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAATGGCATCTTGTTATGTGAGGCTGAAGGAGAACCTCAACCCACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134916 CAATGGCATCTTGTTATGTGAGGCTGAAGGAGAACCTCAACCCACAATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGTGGAGAGTCAATGGCTCCCCAGTTGACA         ATCATCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134966 AGTGGAGAGTCAATGGCTCCCCAGTTGACAGTA...CAGATCATCCATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCTGGTGATGTTGTCTTCCCCAGGGAAATCAGTTTTACCAACCTTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140519 GCTGGTGATGTTGTCTTCCCCAGGGAAATCAGTTTTACCAACCTTCAACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAATCATACTGCTGTGTACCAGTGTGAAGCCTCAAATGTCCATGGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140569 AAATCATACTGCTGTGTACCAGTGTGAAGCCTCAAATGTCCATGGAACTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCCTTGCCAATGCCAATATTGATGTTGTGG         ATGTCCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 140619 TCCTTGCCAATGCCAATATTGATGTTGTGGGTG...TAGATGTCCGTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGATACAAACCAAAGATGGAGAAAATTACGCTACAGTGGTTGGGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141934 TTGATACAAACCAAAGATGGAGAAAATTACGCTACAGTGGTTGGGTACAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGCTTTCTTACATTGCGAGTTCTTTGCTTCACCTGAGGCAGTCGTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141984 TGCTTTCTTACATTGCGAGTTCTTTGCTTCACCTGAGGCAGTCGTGTCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 G         GCAGAAGGTGGAAGAAGTGAAACCCCTGGAGGGCAGGCGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142034 GGTA...TAGGCAGAAGGTGGAAGAAGTGAAACCCCTGGAGGGCAGGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TATCATATCTATGAAAATGGCACATTGCAGATCAACAGAACCACCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143481 TATCATATCTATGAAAATGGCACATTGCAGATCAACAGAACCACCGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGATGCTGGGTCTTACTCATGTTGGGTAGAAAATGCTATAGGAAAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143531 AGATGCTGGGTCTTACTCATGTTGGGTAGAAAATGCTATAGGAAAAACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CAGTCACAGCCAATTTGGATATTAGAA         ATGCTACAAAACTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 143581 CAGTCACAGCCAATTTGGATATTAGAAGTA...CAGATGCTACAAAACTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGAGTTTCTCCTAAGAATCCTCGTATCCCCAAATTGCATATGCTTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146188 AGAGTTTCTCCTAAGAATCCTCGTATCCCCAAATTGCATATGCTTGAATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACATTGTGAAAGCAAATGTGACTCACATTTGAAACACAGTTTGAAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146238 ACATTGTGAAAGCAAATGTGACTCACATTTGAAACACAGTTTGAAGTTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCTGGAGTAAAGATGGAGAAGCCTTTGAAATTAATGGCACAGAAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146288 CCTGGAGTAAAGATGGAGAAGCCTTTGAAATTAATGGCACAGAAGATGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AG         GATAATTATTGATGGAGCTAATTTGACCATATCTAATGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146338 AGGTA...TAGGATAATTATTGATGGAGCTAATTTGACCATATCTAATGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AACTTTAGAGGACCAAGGTATTTACTGCTGTTCAGCTCATACTGCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158081 AACTTTAGAGGACCAAGGTATTTACTGCTGTTCAGCTCATACTGCTCTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ACAGTGCTGCCGATATAACTCAAGTAACTGTTCTTG         ATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 158131 ACAGTGCTGCCGATATAACTCAAGTAACTGTTCTTGGTA...TAGATGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCGGATCCACCAGAAAACCTTCACTTGTCTGAAAGACAGAACAGGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162408 CCGGATCCACCAGAAAACCTTCACTTGTCTGAAAGACAGAACAGGAGTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TCGGCTGACCTGGGAAGCTGGAGCTGACCACAACAGCAATATTAGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 162458 TCGGCTGACCTGGGAAGCTGGAGCTGACCACAACAGCAATATTAGCGGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1931       AGTATATTGTTGAATTTGAAGGAAACAAAGAAGAGCCTGGAAGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162508 ...CAGAGTATATTGTTGAATTTGAAGGAAACAAAGAAGAGCCTGGAAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 TGGGAGGAACTGACCAGAGTCCAAGGAAAGAAAACCACAGTTATCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162742 TGGGAGGAACTGACCAGAGTCCAAGGAAAGAAAACCACAGTTATCTTACC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TTTGGCTCCATTTGTGAGATACCAGTTCAGGGTCATAGCCGTGAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162792 TTTGGCTCCATTTGTGAGATACCAGTTCAGGGTCATAGCCGTGAACGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TAGGGAGAAGTCAGCCTAGCCAGCCGTCAGACCATCATGAAACACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162842 TAGGGAGAAGTCAGCCTAGCCAGCCGTCAGACCATCATGAAACACCACCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GCAG         CTCCAGATAGGAATCCACAAAACATAAGGGTTCAAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162892 GCAGGTA...CAGCTCCAGATAGGAATCCACAAAACATAAGGGTTCAAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 CTCTCAACCCAAGGAAATGATTATAAAGTGGGAG         CCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 164077 CTCTCAACCCAAGGAAATGATTATAAAGTGGGAGGTG...TAGCCTTTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AATCCATGGAGCAGAATGGACCAGGCCTAGAGTACAGAGTGACCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169483 AATCCATGGAGCAGAATGGACCAGGCCTAGAGTACAGAGTGACCTGGAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 CCACAGGGAGCCCCAGTGGAGTGGGAAGAAGAAACAGTCACAAACCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169533 CCACAGGGAGCCCCAGTGGAGTGGGAAGAAGAAACAGTCACAAACCACAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 ATTGCGGGTGATGACGCCTGCTGTCTATGCCCCTTATGATGTCAAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169583 ATTGCGGGTGATGACGCCTGCTGTCTATGCCCCTTATGATGTCAAGGTCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AGGCTATCAATCAACTAGGATCTGGGCCTGACCCTCAGTCAGTGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169633 AGGCTATCAATCAACTAGGATCTGGGCCTGACCCTCAGTCAGTGACTCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 TATTCTGGAGAAGACT         ATCCTGATACAGCTCCAGTGATCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 169683 TATTCTGGAGAAGACTGTA...CAGATCCTGATACAGCTCCAGTGATCCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 TGGGGTGGACGTTATAAACAGTACATTAGTTAAAGTTACCTGGTCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170950 TGGGGTGGACGTTATAAACAGTACATTAGTTAAAGTTACCTGGTCAACAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TTCCAAAGGACAGAGTACATGGACGTCTGAAAGGCTATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 171000 TTCCAAAGGACAGAGTACATGGACGTCTGAAAGGCTATCAGGTT...CAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 ATAAATTGGTGGAAAACAAAAAGTCTGTTGGATGGAAGAACACATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171179 ATAAATTGGTGGAAAACAAAAAGTCTGTTGGATGGAAGAACACATCCCAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 AGAAGTGAACATTCTAAGATTTTCAGGACAAAGAAACTCTGGAATGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171229 AGAAGTGAACATTCTAAGATTTTCAGGACAAAGAAACTCTGGAATGGTTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 CTTCCTTAGATGCCTTTAGTGAATTTCATTTAACAGTCTTAGCCTATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171279 CTTCCTTAGATGCCTTTAGTGAATTTCATTTAACAGTCTTAGCCTATAAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 TCTAAAGGAGCTGGTCCTGAAAGTGAGCCTTATATATTTCAAACACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171329 TCTAAAGGAGCTGGTCCTGAAAGTGAGCCTTATATATTTCAAACACCAGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 AGGAG         TACCTGAACAGCCAACTTTTCTAAAGGTCATCAAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171379 AGGAGGTG...TAGTACCTGAACAGCCAACTTTTCTAAAGGTCATCAAAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2780 TTGATAAAGACACTGCCACTTTATCTTGGGGACTACCTAAGAAATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171935 TTGATAAAGACACTGCCACTTTATCTTGGGGACTACCTAAGAAATTAAAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2830 GGAAACTTAACTGGCTATCTTTTGCAATATCAGATAA         TAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 171985 GGAAACTTAACTGGCTATCTTTTGCAATATCAGATAAGTA...TAGTAAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2871 TGACACCTACGAGATTGGAGAATTAAATGATATTAACATTACAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174921 TGACACCTACGAGATTGGAGAATTAAATGATATTAACATTACAACTCCAT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2921 CAAAGCCCAGCTGGCACCTCTCAAACCTGAATGCAACTACCAAGTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174971 CAAAGCCCAGCTGGCACCTCTCAAACCTGAATGCAACTACCAAGTACAAA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2971 TTCTACTTGAGGGCTTGCACTTCACAGGGCTGTGGAAAACCGATCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175021 TTCTACTTGAGGGCTTGCACTTCACAGGGCTGTGGAAAACCGATCACGGA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3021 GGAAAGCTCCACCTTAGGAGAAGGGA         GTAAAGGTATCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 175071 GGAAAGCTCCACCTTAGGAGAAGGGAGTA...TAGGTAAAGGTATCGGGA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3062 AGATATCAGGAGTAAATCTTACTCAAAAGACTCACCCAGTAGAGGTATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 178466 AGATATCAGGAGTAAATCTTACTCAAAAGACTCACCCAATAGAGGTATTT

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3112 GAGCCGGGAGCTGAACATATAGTTCGCCTAATGACTAAGAATTGGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178516 GAGCCGGGAGCTGAACATATAGTTCGCCTAATGACTAAGAATTGGGGCGA

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3162 TAACGATAGCATTTTTCAAGATGTAATTGAGACAAGAGGGAGAG      
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 178566 TAATGATAGCATTTTTCAAGATGTAATTGAGACAAGAGGGAGAGGTG...

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3206    AATATGCTGGTTTATATGATGACATCTCCACTCAAGGCTGGTTTATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179238 CAGAATATGCTGGTTTATATGATGACATCTCCACTCAAGGCTGGTTTATT

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3253 GGACTGATGTGTGCGATTGCTCTTCTCACACTACTATTATTAACTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179288 GGACTGATGTGTGCGATTGCTCTTCTCACACTACTATTATTAACTGTTTG

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3303 CTTTGTGAAGAGGAATAGAGGTGGAAAGTACTCAG         TTAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 179338 CTTTGTGAAGAGGAATAGAGGTGGAAAGTACTCAGGTA...TAGTTAAAG

   3550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3344 AAAAGGAAGATTTGCATCCAGACCCAGAAATTCAGTCAGTAAAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181856 AAAAGGAAGATTTGCATCCAGACCCAGAAATTCAGTCAGTAAAAGATGAA

   3600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3394 ACCTTTGGTGAATACAG         TGACAGTGATGAAAAGCCTCTCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 181906 ACCTTTGGTGAATACAGGTA...TAGTGACAGTGATGAAAAGCCTCTCAA

   3650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3435 AGGAAGCCTTCGGTCCCTTAATAGGGATATGCAGCCTACTGAAAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185743 AGGAAGCCTTCGGTCCCTTAATAGGGATATGCAGCCTACTGAAAGTGCTG

   3700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3485 ACAGCTTAGTCGAATACGGAGAGGGAGACCATGGTCTCTTCAGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185793 ACAGCTTAGTCGAATACGGAGAGGGAGACCATGGTCTCTTCAGTGAAGAT

   3750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3535 GGATCATTTATTGGTGCCTACGCTGGATCTAAGGAGAAGGGATCTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185843 GGATCATTTATTGGTGCCTACGCTGGATCTAAGGAGAAGGGATCTGTTGA

   3800     .    :    .    :    .    :    .    :
   3585 AAGCAATGGAAGTTCTACAGCAACTTTTCCCCTTCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185893 AAGCAATGGAAGTTCTACAGCAACTTTTCCCCTTCGGGCA