seq1 = pF1KB4223.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KB4223/gi568815581r_38669694.tfa (gi568815581r:38669694_38899424), 229731 bp

>pF1KB4223 1248
>gi568815581r:38669694_38899424 (Chr17)

(complement)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-257  (112505-112602)   100% ->
258-354  (115086-115182)   100% ->
355-507  (118821-118973)   100% ->
508-654  (119896-120042)   100% ->
655-693  (121053-121091)   100% ->
694-807  (121625-121738)   100% ->
808-1066  (128153-128411)   100% ->
1067-1170  (128886-128989)   100% ->
1171-1248  (129654-129731)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCCAACTGCACCAGCACCACGGCGGTGGCGGTGGCGCCGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCCAACTGCACCAGCACCACGGCGGTGGCGGTGGCGCCGCTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAGCAAGACCAAGACCAAGAAGAAGCATTTCGTGTGCCAGAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCAGCAAGACCAAGACCAAGAAGAAGCATTTCGTGTGCCAGAAAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTATTCCGGGCCAGCGAGCCGATCCTCAGCGTCCTGATGTGGGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTATTCCGGGCCAGCGAGCCGATCCTCAGCGTCCTGATGTGGGGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCACACG         ATCAATGAGCTGAGCAATGTTCCTGTTCCTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCACACGGTA...CAGATCAATGAGCTGAGCAATGTTCCTGTTCCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGCTAATGCCAGATGACTTCAAAGCCTACAGCAAGATCAAGGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112537 CATGCTAATGCCAGATGACTTCAAAGCCTACAGCAAGATCAAGGTGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCATCTCTTCAATAA         GGAGAACCTGCCCAGCCGCTTTAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112587 ATCATCTCTTCAATAAGTA...TAGGGAGAACCTGCCCAGCCGCTTTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTAAGGAGTATTGCCCCATGGTGTTCCGAAACCTTCGGGAGAGGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115111 TTTAAGGAGTATTGCCCCATGGTGTTCCGAAACCTTCGGGAGAGGTTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATTGATGATCAGGATTACCAG         AATTCAGTGACGCGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 115161 AATTGATGATCAGGATTACCAGGTA...CAGAATTCAGTGACGCGCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCCCATCAACAGTGACAGCCAGGGTCGGTGTGGCACGCGTTTCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118840 CCCCCATCAACAGTGACAGCCAGGGTCGGTGTGGCACGCGTTTCCTCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTACGACCGGCGCTTTGTCATCAAGACTGTGTCCAGCGAGGACGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118890 ACCTACGACCGGCGCTTTGTCATCAAGACTGTGTCCAGCGAGGACGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGATGCACAACATCTTAAAGAAATACCACCAG         TTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118940 GGAGATGCACAACATCTTAAAGAAATACCACCAGGTA...TAGTTTATAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGAGTGTCATGGCAACACGCTTTTGCCACAGTTCCTGGGCATGTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119903 TGGAGTGTCATGGCAACACGCTTTTGCCACAGTTCCTGGGCATGTACCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGACCGTGGATGGTGTGGAAACCTACATGGTGGTTACCAGGAACGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119953 CTGACCGTGGATGGTGTGGAAACCTACATGGTGGTTACCAGGAACGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCCATCGGCTCACTGTGCATCGCAAGTATGACCTCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120003 CAGCCATCGGCTCACTGTGCATCGCAAGTATGACCTCAAGGTA...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTTCTACGGTTGCCAGAGAAGCGAGCGACAAGGAGAAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121054 GTTCTACGGTTGCCAGAGAAGCGAGCGACAAGGAGAAGGTA...TAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGGACTTGCCAACATTCAAAGACAATGACTTCCTCAATGAAGGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121628 AAGGACTTGCCAACATTCAAAGACAATGACTTCCTCAATGAAGGGCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTGCATGTGGGAGAGGAGAGTAAAAAGAACTTCCTGGAGAAACTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121678 GCTGCATGTGGGAGAGGAGAGTAAAAAGAACTTCCTGGAGAAACTGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGACGTTGAG         TTCTTGGCACAGCTGAAGATCATGGACTAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 121728 GGGACGTTGAGGTA...TAGTTCTTGGCACAGCTGAAGATCATGGACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGCCTGCTGGTGGGCATCCACGACGTGGACCGGGCAGAGCAGGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128183 AGCCTGCTGGTGGGCATCCACGACGTGGACCGGGCAGAGCAGGAGGAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGGTGGAGGAGCGGGCAGAGGACGAGGAGTGTGAGAATGATGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128233 GGAGGTGGAGGAGCGGGCAGAGGACGAGGAGTGTGAGAATGATGGGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGGCAACCTACTCTGCTCCTATGGCACACCTCCGGACAGCCCTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128283 GTGGCAACCTACTCTGCTCCTATGGCACACCTCCGGACAGCCCTGGCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCCTCAGCTTTCCTCGGTTCTTTGGTCCTGGGGAATTCGACCCCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128333 CTCCTCAGCTTTCCTCGGTTCTTTGGTCCTGGGGAATTCGACCCCTCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGACGTCTATGCCATGAAAAGCCATGAAA         GTTCCCCCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128383 TGACGTCTATGCCATGAAAAGCCATGAAAGTA...CAGGTTCCCCCAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAGGTGTATTTCATGGCCATCATTGATATCCTCACGCCATACGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128898 AGGAGGTGTATTTCATGGCCATCATTGATATCCTCACGCCATACGATACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGAAGAAAGCTGCACATGCTGCCAAAACGGTGAAACACGGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 128948 AAGAAGAAAGCTGCACATGCTGCCAAAACGGTGAAACACGGGGTG...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1171  GCAGGGGCCGAGATCTCGACTGTGAACCCTGAGCAGTACTCCAAACGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129653 GGCAGGGGCCGAGATCTCGACTGTGAACCCTGAGCAGTACTCCAAACGCT

   1300     .    :    .    :    .
   1220 TCAACGAGTTTATGTCCAACATCCTGACG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 129703 TCAACGAGTTTATGTCCAACATCCTGACG