seq1 = pF1KB4220.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KB4220/gi568815575f_71201807.tfa (gi568815575f:71201807_71405189), 203383 bp

>pF1KB4220 1041
>gi568815575f:71201807_71405189 (ChrX)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-114  (100331-100380)   100% ->
115-171  (100471-100527)   100% ->
172-317  (100605-100750)   100% ->
318-412  (101456-101550)   100% ->
413-468  (101655-101710)   100% ->
469-539  (101821-101891)   100% ->
540-639  (102006-102105)   100% ->
640-753  (102381-102494)   100% ->
754-816  (102736-102798)   100% ->
817-1041  (103159-103383)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTACTCTGTCGTAACAAAGGCTGTGGGCAGCACTTTGACCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCTACTCTGTCGTAACAAAGGCTGTGGGCAGCACTTTGACCCTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACCAACCTTCCTG         ATTCCTGTTGCCATCACCCTGGGGTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACCAACCTTCCTGGTG...CAGATTCCTGTTGCCATCACCCTGGGGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAATCTTCCATGATGCACTTAAG         GGTTGGTCCTGCTGCCGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100358 CAATCTTCCATGATGCACTTAAGGTG...CAGGGTTGGTCCTGCTGCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGCGAACTGTAGATTTCTCTGAGTTCTTAAACATCAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100489 AAGCGAACTGTAGATTTCTCTGAGTTCTTAAACATCAAGGTA...TAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CTGTACTATGGGACCACACTGTGCTGAGAAGCTTCCTGAGGCCCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100607 CTGTACTATGGGACCACACTGTGCTGAGAAGCTTCCTGAGGCCCCTCAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGAAGGCCCTGCTACAAGCAGTTCACTTCAGGAGCAAAAACCTCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100657 CTGAAGGCCCTGCTACAAGCAGTTCACTTCAGGAGCAAAAACCTCTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGATTCCAAAGTCAGCAGAGACCTTGCGCCGGGAGAGGCCCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100707 GTGATTCCAAAGTCAGCAGAGACCTTGCGCCGGGAGAGGCCCAAGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    318    GTCAGAGTTGCCTCTGAAGCTGCTGCCGCTAAATATATCCCAAGCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101453 TAGGTCAGAGTTGCCTCTGAAGCTGCTGCCGCTAAATATATCCCAAGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGAAATGGCATTGGAACAGAAGGAATTAGACCAGGAACCTGGGGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101503 TGGAAATGGCATTGGAACAGAAGGAATTAGACCAGGAACCTGGGGCAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    413        GACTTGACAGTCTGATCCGGACTGGTTCCAGCTGCCAGAACCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101553 A...CAGGACTTGACAGTCTGATCCGGACTGGTTCCAGCTGCCAGAACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGGATGTGATGCT         GTTTACCAAGGCCCTGAGAGTGATGCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101698 AGGATGTGATGCTGTG...TAGGTTTACCAAGGCCCTGAGAGTGATGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CTCCATGTACCTACCACCCAGGAGCACCCCGATTCCATGAGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101849 CTCCATGTACCTACCACCCAGGAGCACCCCGATTCCATGAGGGGTG...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    540   GATGAAGTCTTGGAGCTGTTGTGGCATCCAGACCCTGGATTTTGGGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102004 AGGATGAAGTCTTGGAGCTGTTGTGGCATCCAGACCCTGGATTTTGGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ATTCTTGGCACAACCAGGGTGCAGAGTCGGTAGACATGACTGGGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102054 ATTCTTGGCACAACCAGGGTGCAGAGTCGGTAGACATGACTGGGGGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AG         CTCCCAGCATCTTGCCGCCATGATTGGCACCAGACAGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 AGGTA...TAGCTCCCAGCATCTTGCCGCCATGATTGGCACCAGACAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TCCTTAGTAGTGGTGACTGTATATGGCCAGATTCCACTTCCTGCGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102420 TCCTTAGTAGTGGTGACTGTATATGGCCAGATTCCACTTCCTGCGTTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CTGGGTGAAGGCCAGTCAAACTGAG         CTTCATGTCCACATTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102470 CTGGGTGAAGGCCAGTCAAACTGAGGTG...CAGCTTCATGTCCACATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TCTTTGATGGTAACCGTGTGTTCCAAGCACAGATGAAGCTCTGGGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102752 TCTTTGATGGTAACCGTGTGTTCCAAGCACAGATGAAGCTCTGGGGGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817       GTCATAAACGTGGAGCAGAGCTCTGTCTTCTTGATGCCATCTCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102802 ...CAGGTCATAAACGTGGAGCAGAGCTCTGTCTTCTTGATGCCATCTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GGTTGAAATCTCCCTGGTCAAGGCTGACCCAGGATCCTGGGCCCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103203 GGTTGAAATCTCCCTGGTCAAGGCTGACCCAGGATCCTGGGCCCAGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGCACCCTGATGCACTAGCTAAGAAGGCTAGGGCAGGGGTTGTGTTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103253 AGCACCCTGATGCACTAGCTAAGAAGGCTAGGGCAGGGGTTGTGTTAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATGGATGAGGAAGAATCTGACGATTCAGATGATGATCTGAGCTGGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103303 ATGGATGAGGAAGAATCTGACGATTCAGATGATGATCTGAGCTGGACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1011 GGAGGAGGAAGAGGAGGAAGCAATGGGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 103353 GGAGGAGGAAGAGGAGGAAGCAATGGGGGAA