seq1 = pF1KB4181.tfa, 2706 bp
seq2 = pF1KB4181/gi568815595r_126003794.tfa (gi568815595r:126003794_126260979), 257186 bp

>pF1KB4181 2706
>gi568815595r:126003794_126260979 (Chr3)

(complement)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-362  (102341-102575)   100% ->
363-528  (103472-103637)   100% ->
529-630  (105477-105578)   100% ->
631-720  (106337-106426)   100% ->
721-858  (107399-107536)   100% ->
859-984  (110449-110574)   100% ->
985-1076  (114054-114145)   100% ->
1077-1224  (123020-123167)   100% ->
1225-1344  (124097-124216)   100% ->
1345-1472  (125318-125445)   100% ->
1473-1623  (129446-129596)   100% ->
1624-1694  (130687-130757)   100% ->
1695-1800  (135259-135364)   100% ->
1801-1888  (136529-136616)   100% ->
1889-1982  (142882-142975)   100% ->
1983-2082  (146324-146423)   100% ->
2083-2181  (148100-148198)   100% ->
2182-2347  (150871-151036)   100% ->
2348-2453  (153734-153839)   99% ->
2454-2653  (155055-155254)   100% ->
2654-2706  (157134-157186)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGATTGCAGTGATTGGACAGAGCCTGTTTGGCCAGGAAGTTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGATTGCAGTGATTGGACAGAGCCTGTTTGGCCAGGAAGTTTACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACCTGAGGAAGGAGGGCCACGAAGTGGTGGGTGTGTTCACTGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACCTGAGGAAGGAGGGCCACGAAGTGGTGGGTGTGTTCACTGTTCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAGGATGGAAAGGCCGACCCCCTGG         GTCTGGAAGCTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 ACAAGGATGGAAAGGCCGACCCCCTGGGTG...CAGGTCTGGAAGCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGATGGAGTGCCGGTATTCAAGTACTCCCGGTGGCGTGCAAAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102355 AAGGATGGAGTGCCGGTATTCAAGTACTCCCGGTGGCGTGCAAAAGGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTTTGCCTGATGTGGTGGCAAAATACCAGGCTTTGGGGGCCGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102405 GGCTTTGCCTGATGTGGTGGCAAAATACCAGGCTTTGGGGGCCGAGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGTCCTGCCCTTCTGCAGCCAATTCATCCCCATGGAGATAATCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102455 ACGTCCTGCCCTTCTGCAGCCAATTCATCCCCATGGAGATAATCAGTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCCGGCATGGCTCCATCATCTATCACCCGTCACTGCTCCCTAGGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102505 CCCCGGCATGGCTCCATCATCTATCACCCGTCACTGCTCCCTAGGCACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGGGGCCTCGGCCATCAACTG         GACCCTCATTCACGGAGATA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102555 AGGGGCCTCGGCCATCAACTGGTG...TAGGACCCTCATTCACGGAGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAAAGGGGGGTTTTCCATCTTCTGGGCGGATGATGGTCTGGACACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103492 AGAAAGGGGGGTTTTCCATCTTCTGGGCGGATGATGGTCTGGACACCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACCTGCTGCTGCAGAAGGAGTGTGAGGTGCTCCCGGACGACACCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103542 GACCTGCTGCTGCAGAAGGAGTGTGAGGTGCTCCCGGACGACACCGTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACGCTGTACAACCGCTTCCTCTTCCCTGAAGGCATCAAAGGGATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103592 CACGCTGTACAACCGCTTCCTCTTCCCTGAAGGCATCAAAGGGATGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529      GTGCAGGCCGTGAGGCTGATCGCTGAGGGCAAAGCCCCCAGACTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103642 ..CAGGTGCAGGCCGTGAGGCTGATCGCTGAGGGCAAAGCCCCCAGACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTCAGCCTGAGGAAGGAGCCACCTATGAGGGGATTCAGAAGAAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105522 CCTCAGCCTGAGGAAGGAGCCACCTATGAGGGGATTCAGAAGAAGGAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCCAAG         ATCAACTGGGACCAGCCGGCAGAGGCCATTCACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105572 AGCCAAGGTG...CAGATCAACTGGGACCAGCCGGCAGAGGCCATTCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTGGATCCGCGGGAACGACAAGGTGCCGGGAGCCTGGACAGAGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106371 ACTGGATCCGCGGGAACGACAAGGTGCCGGGAGCCTGGACAGAGGCCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAACAG         AAACTGACATTTTTCAACTCAACGCTGAACACTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106421 GAACAGGTG...CAGAAACTGACATTTTTCAACTCAACGCTGAACACTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGGCCTGGTGCCCGAGGGAGACGCTTTGCCCATCCCAGGAGCCCATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107434 AGGCCTGGTGCCCGAGGGAGACGCTTTGCCCATCCCAGGAGCCCATCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGGGGTGGTCACCAAAGCAGGACTCATCCTCTTTGGGAATGATGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107484 CAGGGGTGGTCACCAAAGCAGGACTCATCCTCTTTGGGAATGATGACAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATG         CTGCTGGTGAAGAATATTCAGCTGGAGGATGGCAAAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107534 ATGGTA...CAGCTGCTGGTGAAGAATATTCAGCTGGAGGATGGCAAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATCCTGGCCTCGAACTTCTTTAAGGGGGCAGCCAGCAGTGTCCTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110487 GATCCTGGCCTCGAACTTCTTTAAGGGGGCAGCCAGCAGTGTCCTTGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGACAGAGGCAGAGCTGGTTACTGCGGAGGCTGTGCGG         AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110537 TGACAGAGGCAGAGCTGGTTACTGCGGAGGCTGTGCGGGTA...CAGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTTTGGCAGCGGATCCTCCCCAAAGTCCTGGAGGTTGAAGACTCCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114057 GTTTGGCAGCGGATCCTCCCCAAAGTCCTGGAGGTTGAAGACTCCACTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTTCTTCAAGTCAGGGGCCGCGTCTGTGGACGTTGTGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114107 TTTCTTCAAGTCAGGGGCCGCGTCTGTGGACGTTGTGAGGTA...CAGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGTGGAGGAAGTGAAGGAGCTGTGTGATGGCCTGGAGTTAGAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123022 TGGTGGAGGAAGTGAAGGAGCTGTGTGATGGCCTGGAGTTAGAAAATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATGTGTACATGGCATCCACCTTTGGGGACTTCATCCAGCTGTTAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123072 GATGTGTACATGGCATCCACCTTTGGGGACTTCATCCAGCTGTTAGTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAAGCTGCGAGGGGACGATGAGGAGGGCGAGTGCAGCATTGACTAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123122 GAAGCTGCGAGGGGACGATGAGGAGGGCGAGTGCAGCATTGACTACGTG.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225      GTGGAAATGGCAGTGAACAAGCGCACTGTCCGCATGCCCCACCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123172 ..CAGGTGGAAATGGCAGTGAACAAGCGCACTGTCCGCATGCCCCACCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCTTCATTGGGGGGGAGTTCGTGGATGCCGAGGGCGCCAAGACCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124142 CTCTTCATTGGGGGGGAGTTCGTGGATGCCGAGGGCGCCAAGACCTCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GACCATCAATCCCACCGATGGAAGT         GTCATCTGCCAGGTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124192 GACCATCAATCCCACCGATGGAAGTGTG...TAGGTCATCTGCCAGGTAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCCTGGCCCAAGTCACCGACGTCGACAAGGCAGTGGCCGCAGCCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125334 CCCTGGCCCAAGTCACCGACGTCGACAAGGCAGTGGCCGCAGCCAAGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCCTTTGAGAATGGACGGTGGGGGAAGATCAGTGCGCGGGACCGGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125384 GCCTTTGAGAATGGACGGTGGGGGAAGATCAGTGCGCGGGACCGGGGCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCTGATGTACAG         GTTGGCAGATCTCATGGAGCAGCACCAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 125434 GCTGATGTACAGGTG...CAGGTTGGCAGATCTCATGGAGCAGCACCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGGAGCTGGCCACCATTGAGGCCCTGGATGCGGGTGCCGTCTACACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129475 AGGAGCTGGCCACCATTGAGGCCCTGGATGCGGGTGCCGTCTACACGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCCCTGAAGACCCACGTGGGCATGTCCATCCAGACCTTCCGCTACTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129525 GCCCTGAAGACCCACGTGGGCATGTCCATCCAGACCTTCCGCTACTTTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGGCTGGTGTGACAAGATCCAG         GGCTCCACCATCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 129575 TGGCTGGTGTGACAAGATCCAGGTG...CAGGGCTCCACCATCCCCATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ACCAGGCCAGACCCAACCGCAACCTGACCTTGACCAGGAAGGAGCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130706 ACCAGGCCAGACCCAACCGCAACCTGACCTTGACCAGGAAGGAGCCTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GG         GGTTTGTGGCATCATCATCCCCTGGAACTATCCCCTGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130756 GGGTG...CAGGGTTTGTGGCATCATCATCCCCTGGAACTATCCCCTGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GATGCTGTCCTGGAAGACAGCTGCCTGCCTGGCTGCCGGGAACACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135298 GATGCTGTCCTGGAAGACAGCTGCCTGCCTGGCTGCCGGGAACACAGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGATCAAGCCTGCTCAG         GTGACCCCACTCACAGCCTTGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 135348 TGATCAAGCCTGCTCAGGTG...CAGGTGACCCCACTCACAGCCTTGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TTTGCAGAGCTGACATTAAAGGCCGGCATTCCCAAAGGTGTGGTTAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136553 TTTGCAGAGCTGACATTAAAGGCCGGCATTCCCAAAGGTGTGGTTAACGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CCTCCCAGGATCTG         GCTCCCTGGTCGGCCAGAGACTCTCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 136603 CCTCCCAGGATCTGGTA...CAGGCTCCCTGGTCGGCCAGAGACTCTCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ACCATCCTGATGTGAGGAAAATCGGGTTCACAGGCTCCACAGAGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142909 ACCATCCTGATGTGAGGAAAATCGGGTTCACAGGCTCCACAGAGGTGGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AAGCACATCATGAAAAG         CTGTGCCATAAGTAACGTGAAGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 142959 AAGCACATCATGAAAAGGTG...CAGCTGTGCCATAAGTAACGTGAAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGTGTCCCTGGAACTGGGCGGGAAGTCACCCCTCATCATCTTTGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146348 GGTGTCCCTGGAACTGGGCGGGAAGTCACCCCTCATCATCTTTGCTGACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GTGACCTCAACAAGGCTGTGCAGATG         GGGATGAGTTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 146398 GTGACCTCAACAAGGCTGTGCAGATGGTG...AAGGGGATGAGTTCTGTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 TTCTTCAACAAAGGAGAGAATTGCATTGCAGCAGGCCGACTCTTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148115 TTCTTCAACAAAGGAGAGAATTGCATTGCAGCAGGCCGACTCTTTGTGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GGACTCCATTCATGATGAGTTCGTGCGGAGAGTG         GTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 148165 GGACTCCATTCATGATGAGTTCGTGCGGAGAGTGGTA...CAGGTAGAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AGGTGCGGAAGATGAAGGTGGGCAACCCGCTGGACAGGGACACCGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150878 AGGTGCGGAAGATGAAGGTGGGCAACCCGCTGGACAGGGACACCGACCAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GGGCCGCAGAATCACCATGCCCACCTTGTGAAGCTGATGGAGTACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150928 GGGCCGCAGAATCACCATGCCCACCTTGTGAAGCTGATGGAGTACTGCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GCATGGCGTGAAGGAAGGGGCCACACTGGTCTGCGGCGGGAATCAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150978 GCATGGCGTGAAGGAAGGGGCCACACTGGTCTGCGGCGGGAATCAGGTCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CTCGGCCAG         GGTTCTTCTTTGAGCCAACTGTTTTCACAGGC
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||| |
 151028 CTCGGCCAGGTG...CAGGGTTCTTCTTTGAGCCAACTGTTTTCACAGAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GTGGAAGACCACATGTTCATAGCCAAGGAGGAGTCCTTCGGGCCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153766 GTGGAAGACCACATGTTCATAGCCAAGGAGGAGTCCTTCGGGCCTGTCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 GATCATCTCTCGGTTTGCTGATGG         GGACTTGGATGCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 153816 GATCATCTCTCGGTTTGCTGATGGGTA...CAGGGACTTGGATGCCGTGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 TGTCTCGGGCCAATGCCACGGAATTTGGCCTGGCTTCTGGTGTCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155072 TGTCTCGGGCCAATGCCACGGAATTTGGCCTGGCTTCTGGTGTCTTCACC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 AGGGACATCAACAAGGCCCTGTATGTCAGTGACAAGCTCCAGGCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155122 AGGGACATCAACAAGGCCCTGTATGTCAGTGACAAGCTCCAGGCAGGCAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 TGTGTTTGTCAACACGTACAACAAGACCGACGTGGCCGCTCCCTTCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155172 TGTGTTTGTCAACACGTACAACAAGACCGACGTGGCCGCTCCCTTCGGAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 GATTCAAACAGTCTGGATTTGGCAAAGATCTAG         GAGAGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 155222 GATTCAAACAGTCTGGATTTGGCAAAGATCTAGGTA...CAGGAGAGGCG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2662 GCTCTGAACGAGTACCTGCGGGTCAAGACAGTGACCTTCGAATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157142 GCTCTGAACGAGTACCTGCGGGTCAAGACAGTGACCTTCGAATAC