seq1 = pF1KB4176.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KB4176/gi568815594r_46150311.tfa (gi568815594r:46150311_46488706), 338396 bp

>pF1KB4176 1353
>gi568815594r:46150311_46488706 (Chr4)

(complement)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-187  (102518-102633)   100% ->
188-255  (156025-156092)   100% ->
256-476  (175991-176211)   100% ->
477-559  (178452-178534)   100% ->
560-703  (182996-183139)   100% ->
704-856  (185095-185247)   100% ->
857-1059  (226579-226781)   100% ->
1060-1353  (238103-238396)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGACAAAATTGAACATCTACAACATGCAGTTCCTGCTTTTTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGACAAAATTGAACATCTACAACATGCAGTTCCTGCTTTTTGTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGTGTGGGACCCTGCCAG         GTTGGTGCTGGCTAACATCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGTGTGGGACCCTGCCAGGTG...TAGGTTGGTGCTGGCTAACATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAAGATGAGGCTAAAAATAACATTACCATCTTTACGAGAATTCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102538 AAGAAGATGAGGCTAAAAATAACATTACCATCTTTACGAGAATTCTTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGACTTCTGGATGGTTACGATAATCGGCTTAGACCAGGACTGGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102588 AGACTTCTGGATGGTTACGATAATCGGCTTAGACCAGGACTGGGAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      ACAGTATTACTGAAGTCTTCACTAACATCTACGTGACCAGTTTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102638 ..TAGACAGTATTACTGAAGTCTTCACTAACATCTACGTGACCAGTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCCTGTCTCAGATACAGATATG         GAATATACAATTGATGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 156070 GCCCTGTCTCAGATACAGATATGGTG...CAGGAATATACAATTGATGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCTTTCGACAAAAATGGAAAGATGAACGTTTAAAATTTAAAGGTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176009 TTCTTTCGACAAAAATGGAAAGATGAACGTTTAAAATTTAAAGGTCCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAATATCCTTCGACTAAACAATTTAATGGCTAGCAAAATCTGGACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176059 GAATATCCTTCGACTAAACAATTTAATGGCTAGCAAAATCTGGACTCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATACCTTTTTTCACAATGGGAAAAAATCAGTAGCTCATAATATGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176109 ATACCTTTTTTCACAATGGGAAAAAATCAGTAGCTCATAATATGACAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAAATAAGTTGCTTCGAATTCAGGATGATGGGACTCTGCTGTATACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176159 CCAAATAAGTTGCTTCGAATTCAGGATGATGGGACTCTGCTGTATACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAG         GCTTACAGTTCAAGCTGAATGCCCAATGCACTTGGAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176209 GAGGTA...TAGGCTTACAGTTCAAGCTGAATGCCCAATGCACTTGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTCCCAATGGATGCTCATTCATGTCCTCTGAAATTTGGCAGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 178490 ATTTCCCAATGGATGCTCATTCATGTCCTCTGAAATTTGGCAGCTGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    560     ATGCATATACAACTTCAGAGGTCACTTATATTTGGACTTACAATGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178540 .TAGATGCATATACAACTTCAGAGGTCACTTATATTTGGACTTACAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATCTGATTCAGTACAGGTTGCTCCTGATGGCTCTAGGTTAAATCAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183042 ATCTGATTCAGTACAGGTTGCTCCTGATGGCTCTAGGTTAAATCAATATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTGCTGGGCCAATCAATCGGAAAGGAGACAATTAAATCCAGTACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 183092 ACCTGCTGGGCCAATCAATCGGAAAGGAGACAATTAAATCCAGTACAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    704        GTGAATATACTGTAATGACAGCTCATTTCCACCTGAAAAGAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183142 T...CAGGTGAATATACTGTAATGACAGCTCATTTCCACCTGAAAAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AATTGGGTATTTTGTGATTCAAACCTATCTGCCTTGCATCATGACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185138 AATTGGGTATTTTGTGATTCAAACCTATCTGCCTTGCATCATGACTGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCTCTCCCAAGTTTCATTCTGGCTTAACAGAGAATCTGTGCCTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185188 TTCTCTCCCAAGTTTCATTCTGGCTTAACAGAGAATCTGTGCCTGCAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTGTGTTTG         GAGTAACAACTGTCCTAACAATGACAACTCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 185238 ACTGTGTTTGGTG...CAGGAGTAACAACTGTCCTAACAATGACAACTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAGCATCAGTGCTCGGAATTCTCTCCCCAAAGTGGCTTATGCAACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226610 AAGCATCAGTGCTCGGAATTCTCTCCCCAAAGTGGCTTATGCAACTGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGACTGGTTTATTGCTGTTTGTTATGCATTTGTGTTCTCTGCCCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226660 TGGACTGGTTTATTGCTGTTTGTTATGCATTTGTGTTCTCTGCCCTAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAATTTGCAACTGTTAATTACTTCACCAAAAGAGGATGGGCTTGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226710 GAATTTGCAACTGTTAATTACTTCACCAAAAGAGGATGGGCTTGGGATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAAGAGTGTAGTAAATGACAAG         AAAAAAGAAAAGGCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 226760 GAAGAGTGTAGTAAATGACAAGGTA...TAGAAAAAAGAAAAGGCTTCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTATGATACAGAACAACGCTTATGCAGTGGCTGTTGCCAATTATGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238122 TTATGATACAGAACAACGCTTATGCAGTGGCTGTTGCCAATTATGCCCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AATCTTTCAAAAGATCCAGTTCTCTCCACCATCTCCAAGAGTGCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238172 AATCTTTCAAAAGATCCAGTTCTCTCCACCATCTCCAAGAGTGCAACCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCCAGAACCCAACAAGAAGCCAGAAAACAAGCCAGCTGAAGCAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238222 GCCAGAACCCAACAAGAAGCCAGAAAACAAGCCAGCTGAAGCAAAGAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTTTCAACAGTGTTAGCAAAATTGACAGAATGTCCAGAATAGTTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238272 CTTTCAACAGTGTTAGCAAAATTGACAGAATGTCCAGAATAGTTTTTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTTTTGTTTGGTACCTTTAATTTAGTTTACTGGGCTACATATTTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238322 GTTTTGTTTGGTACCTTTAATTTAGTTTACTGGGCTACATATTTAAACAG

   1400     .    :    .    :    .
   1329 AGAACCTGTATTAGGGGTCAGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||
 238372 AGAACCTGTATTAGGGGTCAGTCCT