seq1 = pF1KB4158.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KB4158/gi568815594r_113357334.tfa (gi568815594r:113357334_113861068), 503735 bp

>pF1KB4158 1476
>gi568815594r:113357334_113861068 (Chr4)

(complement)

1-65  (100001-100065)   100% ->
66-160  (101655-101749)   100% ==
276-341  (308973-309038)   100% ->
342-414  (312340-312412)   100% ->
415-517  (323626-323728)   100% ->
518-601  (329770-329853)   100% ->
602-696  (343412-343506)   100% ->
697-819  (345878-346000)   100% ->
820-903  (347156-347239)   100% ->
904-946  (347699-347741)   100% ->
947-984  (351394-351431)   100% ->
985-1026  (358092-358133)   100% ->
1027-1075  (360558-360606)   100% ->
1076-1151  (395465-395540)   100% ->
1152-1246  (400828-400922)   100% ->
1247-1476  (403506-403735)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCGACCACAACCTGCACCAGGTTCACGGACGAGTATCAGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCGACCACAACCTGCACCAGGTTCACGGACGAGTATCAGCTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGAGCTTGGAAA         GGGGGCATTCTCAGTGGTGAGAAGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGAGCTTGGAAAGTA...CAGGGGGGCATTCTCAGTGGTGAGAAGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTATGAAAATTCCTACTGGACAAGAATATGCTGCCAAAATTATCAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101681 GTATGAAAATTCCTACTGGACAAGAATATGCTGCCAAAATTATCAACACC

    150     .    :    .
    142 AAAAAGCTTTCTGCTAGGG
        |||||||||||||||||||
 101731 AAAAAGCTTTCTGCTAGGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276 AGTTACTGGAGGTGAACTGTTTGAAGACATAGTGGCAAGAGAATACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308973 AGTTACTGGAGGTGAACTGTTTGAAGACATAGTGGCAAGAGAATACTACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326 GTGAAGCTGATGCCAG         TCATTGTATACAGCAGATTCTAGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 309023 GTGAAGCTGATGCCAGGTA...CAGTCATTGTATACAGCAGATTCTAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367 AGTGTTAATCATTGTCACCTAAATGGCATAGTTCACAGGGACCTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 312365 AGTGTTAATCATTGTCACCTAAATGGCATAGTTCACAGGGACCTGAAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415        CCTGAGAATTTGCTTTTAGCTAGCAAATCCAAGGGAGCAGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312415 C...AAGCCTGAGAATTTGCTTTTAGCTAGCAAATCCAAGGGAGCAGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    458 TGAAATTGGCAGACTTTGGCTTAGCCATAGAAGTTCAAGGGGACCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323669 TGAAATTGGCAGACTTTGGCTTAGCCATAGAAGTTCAAGGGGACCAGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508 GCGTGGTTTG         GTTTTGCTGGCACACCTGGATATCTTTCTCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 323719 GCGTGGTTTGGTG...TAGGTTTTGCTGGCACACCTGGATATCTTTCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 AGAAGTTTTACGTAAAGATCCTTATGGAAAGCCAGTGGATATGTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329801 AGAAGTTTTACGTAAAGATCCTTATGGAAAGCCAGTGGATATGTGGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599 GTG         GTGTCATTCTCTATATTCTACTTGTGGGGTATCCACCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329851 GTGGTA...CAGGTGTCATTCTCTATATTCTACTTGTGGGGTATCCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 TTCTGGGATGAAGACCAACACAGACTCTATCAGCAGATCAAGGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 343450 TTCTGGGATGAAGACCAACACAGACTCTATCAGCAGATCAAGGCTGGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 TTATGAT         TTTCCATCACCAGAATGGGACACGGTGACTCCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 343500 TTATGATGTA...AAGTTTCCATCACCAGAATGGGACACGGTGACTCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731 AAGCCAAAGACCTCATCAATAAAATGCTTACTATCAACCCTGCCAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345912 AAGCCAAAGACCTCATCAATAAAATGCTTACTATCAACCCTGCCAAACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781 ATCACAGCCTCAGAGGCACTGAAGCACCCATGGATCTGT         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 345962 ATCACAGCCTCAGAGGCACTGAAGCACCCATGGATCTGTGTA...TAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 ACGTTCTACTGTTGCTTCCATGATGCACAGACAGGAGACTGTAGACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347158 ACGTTCTACTGTTGCTTCCATGATGCACAGACAGGAGACTGTAGACTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872 TGAAGAAATTTAATGCTAGAAGAAAACTAAAG         GGTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 347208 TGAAGAAATTTAATGCTAGAAGAAAACTAAAGGTA...CAGGGTGCCATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913 TTGACAACTATGCTGGCTACAAGGAATTTCTCAG         CAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 347708 TTGACAACTATGCTGGCTACAAGGAATTTCTCAGGTA...CAGCAGCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    954 GAGTTTGTTGAAGAAACCAGATGGAGTAAAG         GAGCCCCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 351401 GAGTTTGTTGAAGAAACCAGATGGAGTAAAGGTA...CAGGAGCCCCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995 CTACTGTAATCCACAACCCTGATGGAAACAAG         GAGTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 358102 CTACTGTAATCCACAACCCTGATGGAAACAAGGTA...CAGGAGTCAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036 GAGAGTTCAAATACAACAATTGAGGATGAAGATGTGAAAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 360567 GAGAGTTCAAATACAACAATTGAGGATGAAGATGTGAAAGGTA...TAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077 ACGAAAGCAAGAGATTATCAAAGTCACTGAACAACTGATCGAAGCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395466 ACGAAAGCAAGAGATTATCAAAGTCACTGAACAACTGATCGAAGCTATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127 ACAATGGGGACTTTGAAGCCTACAC         AAAAATCTGTGACCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 395516 ACAATGGGGACTTTGAAGCCTACACGTG...CAGAAAAATCTGTGACCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1168 GGCCTTACTGCTTTTGAACCTGAAGCTTTGGGTAATTTAGTGGAAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 400844 GGCCTTACTGCTTTTGAACCTGAAGCTTTGGGTAATTTAGTGGAAGGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1218 GGATTTTCACCGATTCTACTTTGAAAATG         CTTTGTCCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 400894 GGATTTTCACCGATTCTACTTTGAAAATGGTA...CAGCTTTGTCCAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1259 GCAATAAACCAATCCACACTATTATTCTAAACCCTCATGTACATCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403518 GCAATAAACCAATCCACACTATTATTCTAAACCCTCATGTACATCTGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1309 GGGGATGATGCCGCCTGCATAGCATATATTAGGCTCACACAGTACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403568 GGGGATGATGCCGCCTGCATAGCATATATTAGGCTCACACAGTACATGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359 TGGCAGTGGAATGCCAAAGACAATGCAGTCAGAAGAGACTCGTGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403618 TGGCAGTGGAATGCCAAAGACAATGCAGTCAGAAGAGACTCGTGTGTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1409 ACCGCCGGGATGGAAAGTGGCAGAATGTTCATTTTCATCGCTCGGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403668 ACCGCCGGGATGGAAAGTGGCAGAATGTTCATTTTCATCGCTCGGGGTCA

   1300     .    :    .
   1459 CCAACAGTACCCATCAAG
        ||||||||||||||||||
 403718 CCAACAGTACCCATCAAG