seq1 = pF1KB4151.tfa, 3174 bp
seq2 = pF1KB4151/gi568815575f_47098803.tfa (gi568815575f:47098803_47314926), 216124 bp

>pF1KB4151 3174
>gi568815575f:47098803_47314926 (ChrX)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-176  (100246-100304)   100% ->
177-345  (100407-100575)   100% ->
346-480  (100678-100812)   100% ->
481-587  (102092-102198)   100% ->
588-678  (102474-102564)   100% ->
679-811  (102676-102808)   100% ->
812-909  (103354-103451)   100% ->
910-1056  (103556-103702)   100% ->
1057-1233  (103836-104012)   100% ->
1234-1338  (104141-104245)   100% ->
1339-1419  (104332-104412)   100% ->
1420-1575  (104739-104894)   100% ->
1576-1741  (107146-107311)   100% ->
1742-1938  (107446-107642)   100% ->
1939-2003  (110821-110885)   100% ->
2004-2199  (111126-111321)   100% ->
2200-2274  (112040-112114)   100% ->
2275-2464  (112234-112423)   100% ->
2465-2553  (113622-113710)   100% ->
2554-2646  (113969-114061)   100% ->
2647-2838  (114188-114379)   100% ->
2839-2940  (115525-115626)   100% ->
2941-3041  (115735-115835)   100% ->
3042-3174  (115992-116124)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAGCTCGCCGCTGTCCAAGAAACGTCGCGTGTCCGGGCCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAGCTCGCCGCTGTCCAAGAAACGTCGCGTGTCCGGGCCTGATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGCCGGGTTCTAACTGCTCCCCTGCCCAGTCCGTGTTGTCCGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGCCGGGTTCTAACTGCTCCCCTGCCCAGTCCGTGTTGTCCGAAGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCGGTGCCAACCAAC         GGAATGGCCAAGAACGGCAGTGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCGGTGCCAACCAACGTG...TAGGGAATGGCCAAGAACGGCAGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGACATAGACGAGGGCCTTTACTCCCGGCAGCT         GTATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100270 GCAGACATAGACGAGGGCCTTTACTCCCGGCAGCTGTA...CAGGTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTTGGGCCATGAGGCAATGAAGCGGCTCCAGACATCCAGTGTCCTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100413 GTTGGGCCATGAGGCAATGAAGCGGCTCCAGACATCCAGTGTCCTGGTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGGCCTGCGGGGCCTGGGCGTGGAGATCGCTAAGAACATCATCCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100463 CAGGCCTGCGGGGCCTGGGCGTGGAGATCGCTAAGAACATCATCCTTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGGTCAAGGCTGTTACCCTACATGACCAGGGCACTGCCCAGTGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100513 GGGGTCAAGGCTGTTACCCTACATGACCAGGGCACTGCCCAGTGGGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTTTCCTCCCAG         TTCTACCTGCGGGAGGAGGACATCGGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100563 TCTTTCCTCCCAGGTA...CAGTTCTACCTGCGGGAGGAGGACATCGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAACCGGGCCGAGGTATCACAGCCCCGCCTCGCTGAGCTCAACAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100706 AAAACCGGGCCGAGGTATCACAGCCCCGCCTCGCTGAGCTCAACAGCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGCCTGTCACTGCCTACACTGGACCCCTCGTTGAGGACTTCCTTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 GTGCCTGTCACTGCCTACACTGGACCCCTCGTTGAGGACTTCCTTAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCCAG         GTGGTGGTGCTCACCAACACCCCCCTGGAGGACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 TTTCCAGGTA...CAGGTGGTGGTGCTCACCAACACCCCCCTGGAGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGCGAGTGGGTGAGTTCTGTCACAACCGTGGCATCAAGCTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102126 AGCTGCGAGTGGGTGAGTTCTGTCACAACCGTGGCATCAAGCTGGTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAGACACGCGGGGCCTGTTTGG         GCAGCTCTTCTGTGACTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102176 GCAGACACGCGGGGCCTGTTTGGGTG...CAGGCAGCTCTTCTGTGACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAGAGGAAATGATCCTCACAGATTCCAATGGGGAGCAGCCACTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102492 TGGAGAGGAAATGATCCTCACAGATTCCAATGGGGAGCAGCCACTCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTATGGTTTCTATGGTTACCAAG         GACAACCCCGGTGTGGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102542 CTATGGTTTCTATGGTTACCAAGGTA...CAGGACAACCCCGGTGTGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACCTGCCTGGATGAGGCCCGACACGGGTTTGAGAGCGGGGACTTTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102694 ACCTGCCTGGATGAGGCCCGACACGGGTTTGAGAGCGGGGACTTTGTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTTTCAGAAGTACAGGGCATGGTTGAACTCAACGGAAATCAGCCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102744 CTTTTCAGAAGTACAGGGCATGGTTGAACTCAACGGAAATCAGCCCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATCAAAGTCCTGG         GTCCTTATACCTTTAGCATCTGTGAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102794 AGATCAAAGTCCTGGGTG...TAGGTCCTTATACCTTTAGCATCTGTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCTCCAACTTCTCCGACTACATCCGTGGAGGCATCGTCAGTCAGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103380 ACCTCCAACTTCTCCGACTACATCCGTGGAGGCATCGTCAGTCAGGTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTACCTAAGAAGATTAGCTTT         AAATCCTTGGTGGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103430 AGTACCTAAGAAGATTAGCTTTGTG...CAGAAATCCTTGGTGGCCTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGCAGAACCTGACTTTGTGGTGACGGACTTCGCCAAGTTTTCTCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103575 TGGCAGAACCTGACTTTGTGGTGACGGACTTCGCCAAGTTTTCTCGCCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCCAGCTGCACATTGGCTTCCAGGCCCTGCACCAGTTCTGTGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103625 GCCCAGCTGCACATTGGCTTCCAGGCCCTGCACCAGTTCTGTGCTCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGCCGGCCACCTCGGCCCCGCAATGAG         GAGGATGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103675 TGGCCGGCCACCTCGGCCCCGCAATGAGGTG...CAGGAGGATGCAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACTGGTAGCCTTAGCACAGGCTGTGAATGCTCGAGCCCTGCCAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103849 AACTGGTAGCCTTAGCACAGGCTGTGAATGCTCGAGCCCTGCCAGCAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGCAAAATAACCTGGACGAGGACCTCATCCGGAAGCTGGCATATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103899 CAGCAAAATAACCTGGACGAGGACCTCATCCGGAAGCTGGCATATGTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCTGGGGATCTGGCACCCATAAACGCCTTCATTGGGGGCCTGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103949 TGCTGGGGATCTGGCACCCATAAACGCCTTCATTGGGGGCCTGGCTGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGGAAGTCATGAAG         GCCTGCTCCGGGAAGTTCATGCCCATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103999 AGGAAGTCATGAAGGTC...CAGGCCTGCTCCGGGAAGTTCATGCCCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATGCAGTGGCTATACTTTGATGCCCTTGAGTGTCTCCCTGAGGACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104168 ATGCAGTGGCTATACTTTGATGCCCTTGAGTGTCTCCCTGAGGACAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGTCCTCACAGAGGACAAGTGCCTCCAG         CGCCAGAACCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104218 GGTCCTCACAGAGGACAAGTGCCTCCAGGTA...TAGCGCCAGAACCGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATGACGGGCAAGTGGCTGTGTTTGGCTCAGACCTGCAAGAGAAGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104345 ATGACGGGCAAGTGGCTGTGTTTGGCTCAGACCTGCAAGAGAAGCTGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGCAGAAGTATTTCCTG         GTGGGTGCGGGGGCCATTGGCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104395 AAGCAGAAGTATTTCCTGGTA...TAGGTGGGTGCGGGGGCCATTGGCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGAGCTGCTCAAGAACTTTGCCATGATTGGGCTGGGCTGCGGGGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104762 TGAGCTGCTCAAGAACTTTGCCATGATTGGGCTGGGCTGCGGGGAGGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAGAAATCATCGTTACAGACATGGACACCATTGAGAAGTCAAATCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104812 GAGAAATCATCGTTACAGACATGGACACCATTGAGAAGTCAAATCTGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CGACAGTTTCTTTTCCGGCCCTGGGATGTCACG         AAGTTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104862 CGACAGTTTCTTTTCCGGCCCTGGGATGTCACGGTG...TAGAAGTTAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GTCTGACACGGCTGCTGCAGCTGTGCGCCAAATGAATCCACATATCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107154 GTCTGACACGGCTGCTGCAGCTGTGCGCCAAATGAATCCACATATCCGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGACAAGCCACCAGAACCGTGTGGGTCCTGACACGGAGCGCATCTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107204 TGACAAGCCACCAGAACCGTGTGGGTCCTGACACGGAGCGCATCTATGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GACGATTTTTTCCAAAACCTAGATGGCGTGGCCAATGCCCTGGACAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107254 GACGATTTTTTCCAAAACCTAGATGGCGTGGCCAATGCCCTGGACAACGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GGATGCCC         GCATGTACATGGACCGCCGCTGTGTCTACTACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107304 GGATGCCCGTG...CAGGCATGTACATGGACCGCCGCTGTGTCTACTACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GGAAGCCACTGCTGGAGTCAGGCACACTGGGCACCAAAGGCAATGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107479 GGAAGCCACTGCTGGAGTCAGGCACACTGGGCACCAAAGGCAATGTGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GTGGTGATCCCCTTCCTGACAGAGTCGTACAGTTCCAGCCAGGACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107529 GTGGTGATCCCCTTCCTGACAGAGTCGTACAGTTCCAGCCAGGACCCACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGAGAAGTCCATCCCCATCTGTACCCTGAAGAACTTCCCTAATGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107579 TGAGAAGTCCATCCCCATCTGTACCCTGAAGAACTTCCCTAATGCCATCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AGCACACCCTGCAG         TGGGCTCGGGATGAGTTTGAAGGCCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107629 AGCACACCCTGCAGGTG...CAGTGGGCTCGGGATGAGTTTGAAGGCCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TTCAAGCAGCCAGCAGAAAATGTCAACCAGTACCTCAC         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110848 TTCAAGCAGCCAGCAGAAAATGTCAACCAGTACCTCACGTG...TAGAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CCCCAAGTTTGTGGAGCGAACACTGCGGCTGGCAGGCACTCAGCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111129 CCCCAAGTTTGTGGAGCGAACACTGCGGCTGGCAGGCACTCAGCCCTTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AGGTGCTGGAGGCTGTGCAGCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGACCACAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111179 AGGTGCTGGAGGCTGTGCAGCGCAGCCTGGTGCTGCAGCGACCACAGACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TGGGCTGACTGCGTGACCTGGGCCTGCCACCACTGGCACACCCAGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111229 TGGGCTGACTGCGTGACCTGGGCCTGCCACCACTGGCACACCCAGTACTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GAACAACATCCGGCAGCTGCTGCACAACTTCCCTCCTGACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111279 GAACAACATCCGGCAGCTGCTGCACAACTTCCCTCCTGACCAGGTA...T

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2200   CTCACAAGCTCAGGAGCGCCGTTCTGGTCTGGGCCCAAACGCTGTCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112038 AGCTCACAAGCTCAGGAGCGCCGTTCTGGTCTGGGCCCAAACGCTGTCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CACCCGCTCACCTTTGATGTCAACAAT         CCCCTGCATCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112088 CACCCGCTCACCTTTGATGTCAACAATGTA...TAGCCCCTGCATCTGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CTATGTGATGGCTGCTGCCAACCTGTTTGCCCAGACCTACGGGCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112248 CTATGTGATGGCTGCTGCCAACCTGTTTGCCCAGACCTACGGGCTGACAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 GCTCTCAGGACCGAGCTGCTGTGGCCACATTCCTGCAGTCTGTGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112298 GCTCTCAGGACCGAGCTGCTGTGGCCACATTCCTGCAGTCTGTGCAGGTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CCCGAATTCACCCCCAAGTCTGGCGTCAAGATCCATGTTTCTGACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112348 CCCGAATTCACCCCCAAGTCTGGCGTCAAGATCCATGTTTCTGACCAGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 GCTGCAGAGCGCCAATGCCTCTGTTG         ATGACAGTCGTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112398 GCTGCAGAGCGCCAATGCCTCTGTTGGTG...CAGATGACAGTCGTCTAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 AGGAGCTCAAAGCCACTCTGCCCAGCCCAGACAAGCTCCCTGGATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113637 AGGAGCTCAAAGCCACTCTGCCCAGCCCAGACAAGCTCCCTGGATTCAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 ATGTACCCCATTGACTTTGAGAAG         GATGATGACAGCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 113687 ATGTACCCCATTGACTTTGAGAAGGTA...CAGGATGATGACAGCAACTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 TCATATGGATTTCATCGTGGCTGCATCCAACCTCCGGGCAGAAAACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113986 TCATATGGATTTCATCGTGGCTGCATCCAACCTCCGGGCAGAAAACTATG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 ACATTCCTTCTGCAGACCGGCACAAG         AGCAAGCTGATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114036 ACATTCCTTCTGCAGACCGGCACAAGGTG...CAGAGCAAGCTGATTGCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 GGGAAGATCATCCCAGCCATTGCCACGACCACAGCAGCCGTGGTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114203 GGGAAGATCATCCCAGCCATTGCCACGACCACAGCAGCCGTGGTTGGCCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 TGTGTGTCTGGAGCTGTACAAGGTTGTGCAGGGGCACCGACAGCTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114253 TGTGTGTCTGGAGCTGTACAAGGTTGTGCAGGGGCACCGACAGCTTGACT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 CCTACAAGAATGGTTTCCTCAACTTGGCCCTGCCTTTCTTTGGTTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114303 CCTACAAGAATGGTTTCCTCAACTTGGCCCTGCCTTTCTTTGGTTTCTCT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 GAACCCCTTGCCGCACCACGTCACCAG         TACTATAACCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114353 GAACCCCTTGCCGCACCACGTCACCAGGTG...CAGTACTATAACCAAGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 GTGGACATTGTGGGATCGCTTTGAGGTACAAGGGCTGCAGCCTAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115539 GTGGACATTGTGGGATCGCTTTGAGGTACAAGGGCTGCAGCCTAATGGTG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2903 AGGAGATGACCCTCAAACAGTTCCTCGACTATTTTAAG         ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115589 AGGAGATGACCCTCAAACAGTTCCTCGACTATTTTAAGGTA...CAGACA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2944 GAGCACAAATTAGAGATCACCATGCTGTCCCAGGGCGTGTCCATGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115738 GAGCACAAATTAGAGATCACCATGCTGTCCCAGGGCGTGTCCATGCTCTA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2994 TTCCTTCTTCATGCCAGCTGCCAAGCTCAAGGAACGGTTGGATCAGCC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115788 TTCCTTCTTCATGCCAGCTGCCAAGCTCAAGGAACGGTTGGATCAGCCGT

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3042        GATGACAGAGATTGTGAGCCGTGTGTCGAAGCGAAAGCTGGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115838 G...CAGGATGACAGAGATTGTGAGCCGTGTGTCGAAGCGAAAGCTGGGC

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3085 CGCCACGTGCGGGCGCTGGTGCTTGAGCTGTGCTGTAACGACGAGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116035 CGCCACGTGCGGGCGCTGGTGCTTGAGCTGTGCTGTAACGACGAGAGCGG

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :
   3135 CGAGGATGTCGAGGTTCCCTATGTCCGATACACCATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116085 CGAGGATGTCGAGGTTCCCTATGTCCGATACACCATCCGC