seq1 = pF1KB4141.tfa, 2247 bp
seq2 = pF1KB4141/gi568815583f_28953885.tfa (gi568815583f:28953885_29217130), 263246 bp

>pF1KB4141 2247
>gi568815583f:28953885_29217130 (Chr15)

1-951  (100001-100951)   99% ->
952-1032  (121037-121117)   100% ->
1033-1069  (122171-122207)   100% ->
1070-1215  (139191-139336)   100% ->
1216-1251  (140394-140429)   100% ->
1252-1338  (144606-144692)   100% ->
1339-1524  (147715-147900)   100% ->
1525-1704  (151495-151674)   100% ->
1705-1917  (152723-152935)   100% ->
1918-2037  (154386-154505)   100% ->
2038-2178  (159992-160132)   100% ->
2179-2247  (163178-163246)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCACCGGAAGCTTGAGAGCGTGGGGAGCGGCATGTTGGACCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCACCGGAAGCTTGAGAGCGTGGGGAGCGGCATGTTGGACCATAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGAGACCAGGTCCTGTCCCTCACAGCCAGGAGCCCGAGAGCGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGAGACCAGGTCCTGTCCCTCACAGCCAGGAGCCCGAGAGCGAGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGCTGCCCTTGGAGGGCTATGTGCCCGAGGGCCTGGAGCTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGCTGCCCTTGGAGGGCTATGTGCCCGAGGGCCTGGAGCTGGCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCGGCCAGAGAGCCCCGCGCCAGAGGAACAGGAGTGCCACAACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCGGCCAGAGAGCCCCGCGCCAGAGGAACAGGAGTGCCACAACCACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCGATGGGGACTCCAGCTCTGACTACGTGAACAACACCTCTGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCGATGGGGACTCCAGCTCTGACTACGTGAACAACACCTCTGAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGACTATGACGAGGGCCTCCCTGAGGAGGAGGAGGGCATCACCTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGACTATGACGAGGGCCTCCCTGAGGAGGAGGAGGGCATCACCTACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCGCTACTGCCCTGAGGACGACAGCTACCTAGAGGGCATGGACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCGCTACTGCCCTGAGGACGACAGCTACCTAGAGGGCATGGACTGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGGGAGGAGTACCTGGCCCACAGTGCACACCCTGTGGACACTGATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGGGAGGAGTACCTGGCCCACAGTGCACACCCTGTGGACACTGATGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCAGGAGGCGGTGGAGGAGTGGACGGACTCGGCGGGCCCGCACCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCAGGAGGCGGTGGAGGAGTGGACGGACTCGGCGGGCCCGCACCCCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCCACGAGGCTGAAGGCAGCCAGGACTACCCAGACGGCCAACTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCCACGAGGCTGAAGGCAGCCAGGACTACCCAGACGGCCAACTGCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCGGAGGATGAGCCCTCCGTCCTTGAGGCCCATGACCAGGAAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCGGAGGATGAGCCCTCCGTCCTTGAGGCCCATGACCAGGAAGAAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTCACTACTGTGCCAGCAAAGAGGGCTACCAGGACTACTACCCCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTCACTACTGTGCCAGCAAAGAGGGCTACCAGGACTACTACCCCGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCAACGGGAACACCGGCGCCTCCCCCTACCGCCTGAGGCGTGGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCAACGGGAACACCGGCGCCTCCCCCTACCGCCTGAGGCGTGGGGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGACCTGGAGGACCAGGAGGAGGACATTGACCAGATCGTGGCAGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGACCTGGAGGACCAGGAGGAGGACATTGACCAGATCGTGGCAGAGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGATGAGTCTGAGCATGACCAGCATCACCAGCGCCAGTGAGGCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGATGAGTCTGAGCATGACCAGCATCACCAGCGCCAGTGAGGCCAGCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGCATGGGCCTGAGCCAGGGCCTGAGGACTCTGTAGAGGCCTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAGCATGGGCCTGAGCCAGGGCCTGAGGACTCTGTAGAGGCCTGCCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATCAAGGCCAGCTGCAGCCCCAGCAGGCACGAGGCGAGGCCCAAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATCAAGGCCAGCTGCAGCCCCAGCAGGCACGAGGCGAGGCCCAAGTCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAACCTCCTTCCCGAGGCCAAGCACCCCGGAGACCCCCAGAGAGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAACCTCCTTCCCGAGGCCAAGCACCCCGGAGACCCCCAGAGAGGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGCCCAAGACCAGGACCCCAGAAGAGAGGCCGAAGTGGCCCCACGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100901 AAGCCCAAGACCAGGACCCCAGAAGAGAGGCTGAAGTGGCCCCACGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 G         GTTTGCAATGGTCTGGAGCAGCCAAGGAAGCAGCAGCGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGTA...CAGGTTTGCAATGGTCTGGAGCAGCCAAGGAAGCAGCAGCGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTGATCTCAATGGACCTGTTGACAATAACAACATTCCAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121077 CTGATCTCAATGGACCTGTTGACAATAACAACATTCCAGAGGTA...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ACAAAGAAGGTGGCATCATTTCCAAGTTTTGTGGCTG         TTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 122171 ACAAAGAAGGTGGCATCATTTCCAAGTTTTGTGGCTGGTA...CAGTTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AGGGCCCTGCGAACCAGAAGACCTCATCGACGGGATCATCTTTGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139195 AGGGCCCTGCGAACCAGAAGACCTCATCGACGGGATCATCTTTGCTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ATTACCTGGGGTCCACCCAGCTGCTATCAGAACGGAACCCTTCCAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139245 ATTACCTGGGGTCCACCCAGCTGCTATCAGAACGGAACCCTTCCAAAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ATCAGAATGATGCAAGCGCAGGAGGCCGTCAGCCGGGTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 139295 ATCAGAATGATGCAAGCGCAGGAGGCCGTCAGCCGGGTCAAGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216  AGGATGCAAAAGGCTGCTAAGATCAAGAAAAAAGCG         AATT
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 140393 GAGGATGCAAAAGGCTGCTAAGATCAAGAAAAAAGCGGTG...TAGAATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CTGAGGGGGATGCCCAGACGCTGACGGAAGTGGACCTCTTCATTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144610 CTGAGGGGGATGCCCAGACGCTGACGGAAGTGGACCTCTTCATTTCCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CAGAGGATCAAGGTTTTAAATGCAGACACGCAG         GAAACCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 144660 CAGAGGATCAAGGTTTTAAATGCAGACACGCAGGTA...CAGGAAACCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GATGGACCACGCCTTGCGTACCATCTCCTACATCGCCGACATTGGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147723 GATGGACCACGCCTTGCGTACCATCTCCTACATCGCCGACATTGGGAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TTGTAGTGCTGATGGCCAGACGCCGCATGCCCCGGTCAGCCTCTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147773 TTGTAGTGCTGATGGCCAGACGCCGCATGCCCCGGTCAGCCTCTCAGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TGCATCGAGACCACGCCCGGGGCCCAGGAAGGCAAGAAGCAGTATAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147823 TGCATCGAGACCACGCCCGGGGCCCAGGAAGGCAAGAAGCAGTATAAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GATCTGCCATGTGTTCGAGTCGGAGGAT         GCCCAGCTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 147873 GATCTGCCATGTGTTCGAGTCGGAGGATGTA...CAGGCCCAGCTCATCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CCCAGTCTATCGGCCAGGCCTTCAGCGTGGCCTACCAGGAGTTCCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151508 CCCAGTCTATCGGCCAGGCCTTCAGCGTGGCCTACCAGGAGTTCCTGCGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GCCAATGGCATCAACCCCGAAGACTTGAGCCAGAAGGAATACAGCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151558 GCCAATGGCATCAACCCCGAAGACTTGAGCCAGAAGGAATACAGCGACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CATCAACACCCAGGAGATGTACAACGACGACCTCATCCACTTCTCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151608 CATCAACACCCAGGAGATGTACAACGACGACCTCATCCACTTCTCAAACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CGGAGAACTGCAAGGAG         CTGCAGCTGGAGAAGCACAAGGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 151658 CGGAGAACTGCAAGGAGGTA...CAGCTGCAGCTGGAGAAGCACAAGGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GAGATCCTGGGCGTGGTGGTGGTGGAGTCGGGCTGGGGCTCCATCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152747 GAGATCCTGGGCGTGGTGGTGGTGGAGTCGGGCTGGGGCTCCATCCTGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CACGGTGATCCTGGCCAACATGATGAATGGCGGCCCGGCTGCCCGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152797 CACGGTGATCCTGGCCAACATGATGAATGGCGGCCCGGCTGCCCGCTCGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GGAAGCTGAGCATCGGGGACCAGATCATGTCCATCAATGGCACCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152847 GGAAGCTGAGCATCGGGGACCAGATCATGTCCATCAATGGCACCAGCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GTGGGGCTGCCCCTCGCCACCTGCCAAGGCATCATCAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 152897 GTGGGGCTGCCCCTCGCCACCTGCCAAGGCATCATCAAGGTA...CAGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CCTGAAGAACCAGACACAGGTGAAGCTCAACATTGTCAGCTGTCCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154388 CCTGAAGAACCAGACACAGGTGAAGCTCAACATTGTCAGCTGTCCCCCGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TCACCACGGTCCTTATCAAGCGGCCAGACCTCAAGTACCAGCTGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154438 TCACCACGGTCCTTATCAAGCGGCCAGACCTCAAGTACCAGCTGGGCTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AGCGTGCAGAATGGAATT         ATCTGCAGCCTCATGAGAGGGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 154488 AGCGTGCAGAATGGAATTGTG...TAGATCTGCAGCCTCATGAGAGGGGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CATTGCTGAGCGAGGGGGCGTCCGTGTGGGCCACCGCATCATCGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160015 CATTGCTGAGCGAGGGGGCGTCCGTGTGGGCCACCGCATCATCGAGATCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 ACGGGCAGAGCGTGGTGGCCACAGCCCACGAGAAGATAGTCCAAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160065 ACGGGCAGAGCGTGGTGGCCACAGCCCACGAGAAGATAGTCCAAGCTCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 TCCAACTCGGTCGGAGAG         ATCCACATGAAGACCATGCCCGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 160115 TCCAACTCGGTCGGAGAGGTA...CAGATCCACATGAAGACCATGCCCGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2202 CGCCATGTTCAGGCTCCTCACGGGTCAGGAGACCCCGCTGTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163201 CGCCATGTTCAGGCTCCTCACGGGTCAGGAGACCCCGCTGTACATC