seq1 = pF1KB4121.tfa, 1809 bp
seq2 = pF1KB4121/gi568815575f_150492615.tfa (gi568815575f:150492615_150771592), 278978 bp

>pF1KB4121 1809
>gi568815575f:150492615_150771592 (ChrX)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-136  (103884-103956)   100% ->
137-231  (105978-106072)   100% ->
232-342  (121975-122085)   100% ->
343-444  (126424-126525)   100% ->
445-528  (146329-146412)   100% ->
529-678  (148655-148804)   100% ->
679-867  (153069-153257)   100% ->
868-1053  (157102-157287)   100% ->
1054-1260  (165207-165413)   100% ->
1261-1353  (167050-167142)   100% ->
1354-1467  (167757-167870)   100% ->
1468-1644  (170819-170995)   100% ->
1645-1809  (178814-178978)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTGCATCAACTTCTAAATATAATTCACACTCCTTGGAGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTGCATCAACTTCTAAATATAATTCACACTCCTTGGAGAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTATTAAGAGG         ACGTCTCGAGATGGAGTCAATCGAGATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCTATTAAGAGGGTA...TAGACGTCTCGAGATGGAGTCAATCGAGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCACTGAGGCTGTTCCTCGACTTCCAGGAGAAACACTAATCACTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103912 TCACTGAGGCTGTTCCTCGACTTCCAGGAGAAACACTAATCACTGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     ACAAAGAAGTTATTTACATATGTCCTTTCAATGGCCCCATTAAGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103962 .TAGACAAAGAAGTTATTTACATATGTCCTTTCAATGGCCCCATTAAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGAGTTTACATCACAAATTATCGTCTTTATTTAAGAAGTTTGGAAACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106024 AAGAGTTTACATCACAAATTATCGTCTTTATTTAAGAAGTTTGGAAACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         GATTCTTCTCTAATACTTGATGTTCCTCTGGGTGTGATCTCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106074 TA...CAGGATTCTTCTCTAATACTTGATGTTCCTCTGGGTGTGATCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAATTGAAAAAATGGGAGGCGCGACAAGTAGAGGAGAAAATTCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122017 AGAATTGAAAAAATGGGAGGCGCGACAAGTAGAGGAGAAAATTCCTATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTAGATATTACTTGTAAA         GACATGAGAAACCTGAGGTTCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122067 TCTAGATATTACTTGTAAAGTA...CAGGACATGAGAAACCTGAGGTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTTTGAAACAGGAAGGCCACAGCAGAAGAGATATGTTTGAGATCCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126446 CTTTGAAACAGGAAGGCCACAGCAGAAGAGATATGTTTGAGATCCTCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGATACGCGTTTCCCCTGGCTCACAGTCTG         CCATTATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 126496 AGATACGCGTTTCCCCTGGCTCACAGTCTGGTA...TAGCCATTATTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTTTTAAATGAAGAAAAGTTTAACGTGGATGGATGGACAGTTTACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146340 ATTTTTAAATGAAGAAAAGTTTAACGTGGATGGATGGACAGTTTACAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGTGGAAGAATACAGGAGGCAG         GGCTTGCCCAATCACCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 146390 CAGTGGAAGAATACAGGAGGCAGGTA...CAGGGCTTGCCCAATCACCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TGGAGAATAACTTTTATTAATAAGTGCTATGAGCTCTGTGACACTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148673 TGGAGAATAACTTTTATTAATAAGTGCTATGAGCTCTGTGACACTTACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCTCTTTTGGTGGTTCCGTATCGTGCCTCAGATGATGACCTCCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148723 TGCTCTTTTGGTGGTTCCGTATCGTGCCTCAGATGATGACCTCCGGAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGCAACTTTTAGGTCCCGAAATCGAATTCCA         GTGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 148773 TTGCAACTTTTAGGTCCCGAAATCGAATTCCAGTG...TAGGTGCTGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGGATTCATCCAGAAAATAAGACGGTCATTGTGCGTTGCAGTCAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153078 TGGATTCATCCAGAAAATAAGACGGTCATTGTGCGTTGCAGTCAGCCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTCGGTATGAGTGGGAAACGAAATAAAGATGATGAGAAATATCTCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153128 TGTCGGTATGAGTGGGAAACGAAATAAAGATGATGAGAAATATCTCGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTATCAGGGAGACTAATAAACAAATTTCTAAACTCACCATTTATGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153178 TTATCAGGGAGACTAATAAACAAATTTCTAAACTCACCATTTATGATGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGACCCAGCGTAAATGCAGTGGCCAACAAG         GCAACAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 153228 AGACCCAGCGTAAATGCAGTGGCCAACAAGGTG...TAGGCAACAGGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGGATATGAAAGTGATGATGCATATCATAACGCCGAACTTTTCTTCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157113 AGGATATGAAAGTGATGATGCATATCATAACGCCGAACTTTTCTTCTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACATTCATAATATTCATGTTATGCGGGAATCTTTAAAAAAAGTGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157163 ACATTCATAATATTCATGTTATGCGGGAATCTTTAAAAAAAGTGAAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATTGTTTATCCTAATGTAGAAGAATCTCATTGGTTGTCCAGTTTGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157213 ATTGTTTATCCTAATGTAGAAGAATCTCATTGGTTGTCCAGTTTGGAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TACTCATTGGTTAGAACATATCAAG         CTCGTTTTGACAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 157263 TACTCATTGGTTAGAACATATCAAGGCA...CAGCTCGTTTTGACAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCATTCAAGTAGCAGACAAAGTTTCTTCAGGGAAGAGTTCAGTGCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165223 CCATTCAAGTAGCAGACAAAGTTTCTTCAGGGAAGAGTTCAGTGCTTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CATTGCAGTGACGGATGGGACAGGACTGCTCAGCTGACATCCTTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165273 CATTGCAGTGACGGATGGGACAGGACTGCTCAGCTGACATCCTTGGCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTGATGTTGGATAGCTTCTATAGGAGCATTGAAGGGTTCGAAATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165323 GCTGATGTTGGATAGCTTCTATAGGAGCATTGAAGGGTTCGAAATACTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TACAAAAAGAATGGATAAGTTTTGGACATAAATTTGCATCT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 165373 TACAAAAAGAATGGATAAGTTTTGGACATAAATTTGCATCTGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGAATAGGTCATGGTGATAAAAACCACACCGATGCTGACCGTTCTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167050 CGAATAGGTCATGGTGATAAAAACCACACCGATGCTGACCGTTCTCCTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTTTCTCCAGTTTATTGATTGTGTGTGGCAAATGTCAAAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 167100 TTTTCTCCAGTTTATTGATTGTGTGTGGCAAATGTCAAAACAGGTA...T

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1354   TTCCCTACAGCTTTTGAATTCAATGAACAATTTTTGATTATAATTTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167755 AGTTCCCTACAGCTTTTGAATTCAATGAACAATTTTTGATTATAATTTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GATCATCTGTATAGTTGCCGATTTGGTACTTTCTTATTCAACTGTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167805 GATCATCTGTATAGTTGCCGATTTGGTACTTTCTTATTCAACTGTGAATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGCTCGAGAAAGACAG         AAGGTTACAGAAAGGACTGTTTCTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 167855 TGCTCGAGAAAGACAGGTG...TAGAAGGTTACAGAAAGGACTGTTTCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TATGGTCACTGATAAACAGTAATAAAGAAAAATTCAAAAACCCCTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170844 TATGGTCACTGATAAACAGTAATAAAGAAAAATTCAAAAACCCCTTCTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ACTAAAGAAATCAATCGAGTTTTATATCCAGTTGCCAGTATGCGTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170894 ACTAAAGAAATCAATCGAGTTTTATATCCAGTTGCCAGTATGCGTCACTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGAACTCTGGGTGAATTACTACATTAGATGGAACCCCAGGATCAAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170944 GGAACTCTGGGTGAATTACTACATTAGATGGAACCCCAGGATCAAGCAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AA         CAGCCGAATCCAGTGGAGCAGCGTTACATGGAGCTCTTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170994 AAGTA...CAGCAGCCGAATCCAGTGGAGCAGCGTTACATGGAGCTCTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCCTTACGCGACGAATACATAAAGCGGCTTGAGGAACTGCAGCTCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178853 GCCTTACGCGACGAATACATAAAGCGGCTTGAGGAACTGCAGCTCGCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CTCTGCCAAGCTTTCTGATCCCCCAACTTCACCTTCCAGTCCTTCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178903 CTCTGCCAAGCTTTCTGATCCCCCAACTTCACCTTCCAGTCCTTCGCAAA

   1900     .    :    .    :    .
   1784 TGATGCCCCATGTGCAAACTCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||
 178953 TGATGCCCCATGTGCAAACTCACTTC