seq1 = pF1KB4113.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KB4113/gi568815589f_4390680.tfa (gi568815589f:4390680_4685555), 294876 bp

>pF1KB4113 1572
>gi568815589f:4390680_4685555 (Chr9)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-232  (153888-154028)   100% ->
233-325  (170770-170862)   100% ->
326-440  (173665-173779)   100% ->
441-483  (175368-175410)   100% ->
484-582  (176990-177088)   100% ->
583-767  (181525-181709)   100% ->
768-875  (183228-183335)   100% ->
876-998  (185322-185444)   100% ->
999-1193  (185890-186084)   99% ->
1194-1328  (192359-192493)   100% ->
1329-1572  (194633-194876)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAACCGGCGAGGAAAGGATGCGAGTGGAAGCGCTTCCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAACCGGCGAGGAAAGGATGCGAGTGGAAGCGCTTCCTGAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAACTGGGTGTTGCTGTCCACCGTGGCCGCGGTGGTGCTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 TAACTGGGTGTTGCTGTCCACCGTGGCCGCGGTGGTGCTAGGTG...TAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATTACCACAGGAGTCTTGGTTCGAGAACACAGCAACCTCTCAACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153888 GCATTACCACAGGAGTCTTGGTTCGAGAACACAGCAACCTCTCAACTCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAAATTCTACTTTGCTTTTCCTGGAGAAATTCTAATGCGGATGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153938 GAGAAATTCTACTTTGCTTTTCCTGGAGAAATTCTAATGCGGATGCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTCATCATTTTGCCATTAATTATATCCAGCATGATTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 153988 ACTCATCATTTTGCCATTAATTATATCCAGCATGATTACAGGTA...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGTTGCTGCACTGGATTCCAACGTATCCGGAAAAATTGGTCTGCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170770 GTGTTGCTGCACTGGATTCCAACGTATCCGGAAAAATTGGTCTGCGCGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCGTGTATTATTTCTGTACCACTCTCATTGCTGTTATTCTAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 170820 GTCGTGTATTATTTCTGTACCACTCTCATTGCTGTTATTCTAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   GTATTGTGCTGGTGGTGAGCATCAAGCCTGGTGTCACCCAGAAAGTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173663 AGGTATTGTGCTGGTGGTGAGCATCAAGCCTGGTGTCACCCAGAAAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAAATTGCGAGGACAGGCAGCACCCCTGAAGTCAGTACGGTGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173713 GTGAAATTGCGAGGACAGGCAGCACCCCTGAAGTCAGTACGGTGGATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGTTAGATCTCATCAG         GAATATGTTCCCTGAGAATCTTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 173763 ATGTTAGATCTCATCAGGTG...CAGGAATATGTTCCCTGAGAATCTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCAGGCCTGTTTTCAGCAG         TACAAAACTAAGCGTGAAGAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 175392 CCAGGCCTGTTTTCAGCAGGTA...CAGTACAAAACTAAGCGTGAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAAGCCTCCCAGCGATCCAGAGATGAACATGACAGAAGAGTCCTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177012 TGAAGCCTCCCAGCGATCCAGAGATGAACATGACAGAAGAGTCCTTCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTGTCATGACAACTGCAATTTCCAAG         AACAAAACAAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 177062 GCTGTCATGACAACTGCAATTTCCAAGGTA...CAGAACAAAACAAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATACAAAATTGTTGGCATGTATTCAGATGGCATAAACGTCCTGGGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181539 ATACAAAATTGTTGGCATGTATTCAGATGGCATAAACGTCCTGGGCTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGTCTTTTGCCTTGTCTTTGGACTTGTCATTGGAAAAATGGGAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181589 TTGTCTTTTGCCTTGTCTTTGGACTTGTCATTGGAAAAATGGGAGAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGACAAATTCTGGTGGATTTCTTCAATGCTTTGAGTGATGCAACCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181639 GGACAAATTCTGGTGGATTTCTTCAATGCTTTGAGTGATGCAACCATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AATCGTTCAGATCATCATGTG         TTATATGCCACTAGGTATTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 181689 AATCGTTCAGATCATCATGTGGTG...CAGTTATATGCCACTAGGTATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTTCCTGATTGCTGGGAAGATCATAGAAGTTGAAGACTGGGAAATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183248 TGTTCCTGATTGCTGGGAAGATCATAGAAGTTGAAGACTGGGAAATATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGCAAGCTGGGCCTTTACATGGCCACAGTCCTGACTGG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 183298 CGCAAGCTGGGCCTTTACATGGCCACAGTCCTGACTGGGTA...CAGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCAATCCACTCCATTGTAATTCTCCCGCTGATATATTTCATAGTCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185325 TGCAATCCACTCCATTGTAATTCTCCCGCTGATATATTTCATAGTCGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAAAGAACCCTTTCCGATTTGCCATGGGAATGGCCCAGGCTCTCCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185375 GAAAGAACCCTTTCCGATTTGCCATGGGAATGGCCCAGGCTCTCCTGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTCTCATGATCTCTTCCAG         TTCAGCAACACTGCCTGTCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 185425 GCTCTCATGATCTCTTCCAGGTA...CAGTTCAGCAACACTGCCTGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTCCGCTGTGCTGAAGAAAATAACCAGGTGGACAAGAGGATCACTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185911 CTTCCGCTGTGCTGAAGAAAATAACCAGGTGGACAAGAGGATCACTCGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCGTGTTACCCGTTGGTGCAACAATCAACATGGATGGGACCGCGCTCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 185961 TCGTGTTACCCGTTGGTGCAACAATCAACATGGATGGGACTGCGCTCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAGCAGTGGCAGCGGTGTTTATTGCACAGTTGAATGACCTGGACTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186011 GAAGCAGTGGCAGCGGTGTTTATTGCACAGTTGAATGACCTGGACTTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATTGGGCAGATCATCACCATCAG         TATCACGGCCACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 186061 CATTGGGCAGATCATCACCATCAGGTG...CAGTATCACGGCCACATCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCAGCATCGGAGCTGCTGGCGTGCCCCAGGCTGGCCTGGTGACCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192376 CCAGCATCGGAGCTGCTGGCGTGCCCCAGGCTGGCCTGGTGACCATGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTGTGCTGAGTGCCGTGGGCCTGCCCGCCGAGGATGTCACCCTGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192426 ATTGTGCTGAGTGCCGTGGGCCTGCCCGCCGAGGATGTCACCCTGATCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGCTGTCGACTGGCTCCT         GGACCGGTTCAGGACCATGGTCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 192476 TGCTGTCGACTGGCTCCTGTG...CAGGGACCGGTTCAGGACCATGGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACGTCCTTGGTGATGCTTTTGGGACGGGCATTGTGGAAAAGCTCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194656 ACGTCCTTGGTGATGCTTTTGGGACGGGCATTGTGGAAAAGCTCTCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGGAGCTGGAGCAGATGGATGTTTCATCTGAAGTCAACATTGTGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194706 AAGGAGCTGGAGCAGATGGATGTTTCATCTGAAGTCAACATTGTGAATCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTTTGCCTTGGAATCCACAATCCTTGACAACGAAGACTCAGACACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194756 CTTTGCCTTGGAATCCACAATCCTTGACAACGAAGACTCAGACACCAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGTCTTATGTCAATGGAGGCTTTGCAGTAGACAAGTCTGACACCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194806 AGTCTTATGTCAATGGAGGCTTTGCAGTAGACAAGTCTGACACCATCTCA

   1650     .    :    .    :
   1552 TTCACCCAGACCTCACAGTTC
        |||||||||||||||||||||
 194856 TTCACCCAGACCTCACAGTTC