seq1 = pF1KB4096.tfa, 2919 bp
seq2 = pF1KB4096/gi568815575r_111676316.tfa (gi568815575r:111676316_112052420), 376105 bp

>pF1KB4096 2919
>gi568815575r:111676316_112052420 (ChrX)

(complement)

1-378  (100001-100378)   100% ->
379-900  (139609-140130)   100% ->
901-1237  (198315-198651)   100% ->
1238-1377  (199984-200123)   100% ->
1378-1700  (204985-205307)   100% ->
1701-1896  (217305-217500)   100% ->
1897-2100  (270283-270486)   99% ->
2101-2142  (271215-271256)   100% ->
2143-2232  (273347-273436)   100% ->
2233-2919  (275419-276105)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAACTGTACTACAAAAAGGTCAACTACTCACCGTACAGAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAACTGTACTACAAAAAGGTCAACTACTCACCGTACAGAGACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCCCCTGCAAATTGTGAGGGCTGAGACAGAGCTCTCTGCAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCCCCTGCAAATTGTGAGGGCTGAGACAGAGCTCTCTGCAGAGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCCTTCCTCAATGCTGTGGAGAAGGGGGACTATGCCACTGTGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCCTTCCTCAATGCTGTGGAGAAGGGGGACTATGCCACTGTGAAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCTTCAGGAGGCTGAGATCTACTATAATGTTAACATCAACTGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCTTCAGGAGGCTGAGATCTACTATAATGTTAACATCAACTGCATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCTTGGGCCGGAGTGCCCTGCTCATTGCCATTGAGAACGAGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCTTGGGCCGGAGTGCCCTGCTCATTGCCATTGAGAACGAGAACCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATCATGGAGCTACTGCTGAACCACAGCGTGTATGTGGGTGATGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATCATGGAGCTACTGCTGAACCACAGCGTGTATGTGGGTGATGCATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTATGCCATACGCAAGGAAGTGGTGGGCGCTGTGGAGCTTCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTATGCCATACGCAAGGAAGTGGTGGGCGCTGTGGAGCTTCTGCTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACAGGCGGCCCAGCGGAGAGAAGCAG         GTCCCCACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100351 CTACAGGCGGCCCAGCGGAGAGAAGCAGGTA...TAGGTCCCCACTCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGATGGACACGCAGTTCTCTGAATTCACACCGGACATCACTCCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139622 TGATGGACACGCAGTTCTCTGAATTCACACCGGACATCACTCCCATCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGCTGCCCACACCAACAACTACGAAATCATCAAATTGCTTGTCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139672 CTGGCTGCCCACACCAACAACTACGAAATCATCAAATTGCTTGTCCAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACGGGTCACTATCCCACGGCCCCACCAGATCCGCTGCAACTGTGTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139722 ACGGGTCACTATCCCACGGCCCCACCAGATCCGCTGCAACTGTGTGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGTGTCTAGTTCAGAGGTAGACAGCCTGCGCCACTCTCGCTCCCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139772 GTGTGTCTAGTTCAGAGGTAGACAGCCTGCGCCACTCTCGCTCCCGACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AACATCTATAAGGCTCTGGCAAGCCCCTCACTCATTGCCTTATCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139822 AACATCTATAAGGCTCTGGCAAGCCCCTCACTCATTGCCTTATCAAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGACCCCATCCTAACTGCCTTCCGTCTGGGCTGGGAGCTCAAGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139872 GGACCCCATCCTAACTGCCTTCCGTCTGGGCTGGGAGCTCAAGGAGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCAAGGTGGAGAATGAGTTCAAGGCCGAGTATGAGGAGCTCTCTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139922 GCAAGGTGGAGAATGAGTTCAAGGCCGAGTATGAGGAGCTCTCTCAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGCAAGCTCTTTGCCAAAGACCTGCTGGACCAAGCTCGGAGCTCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139972 TGCAAGCTCTTTGCCAAAGACCTGCTGGACCAAGCTCGGAGCTCCAGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACTGGAGATCATCCTCAACCATCGAGATGACCACAGTGAAGAGCTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140022 ACTGGAGATCATCCTCAACCATCGAGATGACCACAGTGAAGAGCTTGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTCAGAAGTACCATGACCTGGCCAAGTTGAAGGTGGCAATCAAATACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140072 CTCAGAAGTACCATGACCTGGCCAAGTTGAAGGTGGCAATCAAATACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGAAAGAG         TTTGTTGCTCAGCCCAACTGCCAACAGTTGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 140122 CAGAAAGAGGTA...CAGTTTGTTGCTCAGCCCAACTGCCAACAGTTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGCCACCCTGTGGTATGATGGCTTCCCTGGATGGCGGCGGAAACACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198347 TGCCACCCTGTGGTATGATGGCTTCCCTGGATGGCGGCGGAAACACTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TAGTCAAGCTTCTAACCTGCATGACCATTGGGTTCCTGTTTCCCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198397 TAGTCAAGCTTCTAACCTGCATGACCATTGGGTTCCTGTTTCCCATGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCTATAGCCTACCTGATCTCACCCAGGAGCAACCTTGGGCTGTTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198447 TCTATAGCCTACCTGATCTCACCCAGGAGCAACCTTGGGCTGTTCATCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GAAACCCTTTATCAAGTTTATCTGCCACACAGCATCCTATTTGACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198497 GAAACCCTTTATCAAGTTTATCTGCCACACAGCATCCTATTTGACCTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TCTTTATGCTTCTCCTGGCTTCTCAGCACATTGTCAGGACAGACCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198547 TCTTTATGCTTCTCCTGGCTTCTCAGCACATTGTCAGGACAGACCTTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GTACAGGGGCCTCCCCCAACTGTCGTGGAATGGATGATATTGCCTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198597 GTACAGGGGCCTCCCCCAACTGTCGTGGAATGGATGATATTGCCTTGGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TCTAG         GTTTCATTTGGGGTGAGATTAAGGAAATGTGGGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198647 TCTAGGTA...CAGGTTTCATTTGGGGTGAGATTAAGGAAATGTGGGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GTGGATTTACTGAATACATCCATGACTGGTGGAACCTGATGGATTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200020 GTGGATTTACTGAATACATCCATGACTGGTGGAACCTGATGGATTTTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 ATGAACTCCCTCTACCTGGCAACTATTTCCCTGAAGATTGTGGCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200070 ATGAACTCCCTCTACCTGGCAACTATTTCCCTGAAGATTGTGGCCTATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CAAG         TATAATGGTTCTCGTCCAAGGGAGGAATGGGAAATGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200120 CAAGGTA...CAGTATAATGGTTCTCGTCCAAGGGAGGAATGGGAAATGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GGCACCCGACTCTGATTGCGGAAGCACTCTTCGCAATATCCAACATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205022 GGCACCCGACTCTGATTGCGGAAGCACTCTTCGCAATATCCAACATTTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AGTTCGTTGCGTCTCATATCCCTGTTCACAGCCAACTCCCACTTAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205072 AGTTCGTTGCGTCTCATATCCCTGTTCACAGCCAACTCCCACTTAGGACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TCTGCAGATCTCTTTGGGACGCATGCTGCTTGATATCCTCAAATTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205122 TCTGCAGATCTCTTTGGGACGCATGCTGCTTGATATCCTCAAATTCCTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TTATCTACTGCCTGGTACTACTAGCTTTTGCCAATGGACTGAACCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205172 TTATCTACTGCCTGGTACTACTAGCTTTTGCCAATGGACTGAACCAGCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TACTTCTATTATGAAACCAGAGCTATCGATGAGCCTAACAACTGCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205222 TACTTCTATTATGAAACCAGAGCTATCGATGAGCCTAACAACTGCAAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GATCCGATGTGAGAAACAGAACAATGCCTTCTCCAC         GCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 205272 GATCCGATGTGAGAAACAGAACAATGCCTTCTCCACGTA...TAGGCTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TTGAGACTCTTCAGTCACTCTTCTGGTCTGTATTTGGCCTTTTAAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217310 TTGAGACTCTTCAGTCACTCTTCTGGTCTGTATTTGGCCTTTTAAATCTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 TATGTCACCAATGTGAAAGCCAGACACGAATTCACCGAGTTTGTAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217360 TATGTCACCAATGTGAAAGCCAGACACGAATTCACCGAGTTTGTAGGAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TACCATGTTTGGAACATACAATGTCATCTCCCTGGTAGTGCTGCTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217410 TACCATGTTTGGAACATACAATGTCATCTCCCTGGTAGTGCTGCTGAACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TGCTGATTGCTATGATGAACAACTCCTATCAGCTTATTGCC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 217460 TGCTGATTGCTATGATGAACAACTCCTATCAGCTTATTGCCGTG...TAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GATCATGCTGATATCGAGTGGAAGTTTGCAAGGACGAAGCTCTGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270283 GATCATGCTGATATCGAGTGGAAGTTTGCAAGGACGAAGCTCTGGATGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 TTACTTTGATGAAGGTGGCACCTTGCCACCTCCTTTCAACATCATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270333 TTACTTTGATGAAGGTGGCACCTTGCCACCTCCTTTCAACATCATCCCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 GTCCCAAGTCATTTCTATACCTTGGTAACTGGTTCAACAACACCTTCTGC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270383 GCCCCAAGTCATTTCTATACCTTGGTAACTGGTTCAACAACACCTTCTGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 CCCAAAAGAGACCCTGACGGTAGACGGAGAAGGCGCAACTTGAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270433 CCCAAAAGAGACCCTGACGGTAGACGGAGAAGGCGCAACTTGAGAAGTTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 CACA         GAACGCAATGCTGACAGCCTGATACAAAATCAACATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270483 CACAGTA...TAGGAACGCAATGCTGACAGCCTGATACAAAATCAACATT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 ATCAG         GAAGTTATCAGGAATTTAGTCAAAAGATATGTGGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271252 ATCAGGTA...CAGGAAGTTATCAGGAATTTAGTCAAAAGATATGTGGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 GCTATGATAAGAAATTCCAAAACACATGAGGGACTTACAGAAGAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273383 GCTATGATAAGAAATTCCAAAACACATGAGGGACTTACAGAAGAAAATTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 TAAG         GAATTAAAGCAAGACATCTCCAGCTTTCGGTATGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273433 TAAGGTA...CAGGAATTAAAGCAAGACATCTCCAGCTTTCGGTATGAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TGCTTGACCTCTTGGGAAATAGAAAACATCCAAGGAGCTTTTCCACTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275456 TGCTTGACCTCTTGGGAAATAGAAAACATCCAAGGAGCTTTTCCACTAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 AGCACTGAACTGTCTCAGAGAGACGATAATAATGATGGCAGTGGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275506 AGCACTGAACTGTCTCAGAGAGACGATAATAATGATGGCAGTGGTGGGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 TCGGGCCAAATCCAAGAGTGTCTCTTTTAATTTAGGCTGCAAGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275556 TCGGGCCAAATCCAAGAGTGTCTCTTTTAATTTAGGCTGCAAGAAAAAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 CTTGCCATGGGCCACCTCTCATCAGAACCATGCCAAGGTCCAGTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275606 CTTGCCATGGGCCACCTCTCATCAGAACCATGCCAAGGTCCAGTGGTGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 CAAGGAAAGTCAAAAGCTGAGTCATCAAGCAAACGCTCCTTCATGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275656 CAAGGAAAGTCAAAAGCTGAGTCATCAAGCAAACGCTCCTTCATGGGTCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2520 TTCTCTCAAGAAACTGGGTCTCCTATTCTCCAAATTTAATGGTCATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275706 TTCTCTCAAGAAACTGGGTCTCCTATTCTCCAAATTTAATGGTCATATGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2570 CTGAACCCAGTTCAGAGCCAATGTACACAATTTCTGATGGAATTGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275756 CTGAACCCAGTTCAGAGCCAATGTACACAATTTCTGATGGAATTGTTCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2620 CAGCACTGTATGTGGCAGGACATCAGATATTCTCAGATGGAGAAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275806 CAGCACTGTATGTGGCAGGACATCAGATATTCTCAGATGGAGAAAGGGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2670 AGCAGAGGCCTGTTCTCAAAGTGAAATTAACCTCAGTGAGGTAGAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275856 AGCAGAGGCCTGTTCTCAAAGTGAAATTAACCTCAGTGAGGTAGAATTAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2720 GTGAAGTCCAGGGCGCTGCTCAGAGCAGTGAATGCCCTCTAGCCTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275906 GTGAAGTCCAGGGCGCTGCTCAGAGCAGTGAATGCCCTCTAGCCTGTTCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2770 AGCTCTCTTCACTGTGCATCCAGCATCTGCTCCTCAAATTCTAAACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275956 AGCTCTCTTCACTGTGCATCCAGCATCTGCTCCTCAAATTCTAAACTTTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2820 AGACTCCTCAGAGGATGTATTTGAAACTTGGGGAGAGGCTTGTGACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276006 AGACTCCTCAGAGGATGTATTTGAAACTTGGGGAGAGGCTTGTGACTTGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2870 TCATGCACAAATGGGGTGATGGACAGGAAGAACAAGTTACAACTCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276056 TCATGCACAAATGGGGTGATGGACAGGAAGAACAAGTTACAACTCGCCTC