seq1 = pF1KB4091.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KB4091/gi568815593r_83843422.tfa (gi568815593r:83843422_84484374), 640953 bp

>pF1KB4091 1440
>gi568815593r:83843422_84484374 (Chr5)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-196  (230163-230291)   100% ->
197-226  (254491-254520)   100% ->
227-355  (303854-303982)   100% ->
356-469  (347021-347134)   100% ->
470-651  (377545-377726)   100% ->
652-807  (417769-417924)   100% ->
808-952  (419531-419675)   100% ->
953-1137  (423891-424075)   100% ->
1138-1293  (521015-521170)   100% ->
1294-1440  (540807-540953)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCGCTCGGTAGCCGTCTGGCTCTTGGTCGGGCTCAGCCTCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCGCTCGGTAGCCGTCTGGCTCTTGGTCGGGCTCAGCCTCGGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCCAGTTCGGCAAAG         GTGATATTTGTGATCCCAATCCAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCCAGTTCGGCAAAGGTA...TAGGTGATATTTGTGATCCCAATCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAAAATGGAGGTATCTGTTTGCCAGGATTGGCTGATGGTTCCTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230187 GTGAAAATGGAGGTATCTGTTTGCCAGGATTGGCTGATGGTTCCTTTTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTGAGTGTCCAGATGGCTTCACAGACCCCAACTGTTCTAGTGTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230237 TGTGAGTGTCCAGATGGCTTCACAGACCCCAACTGTTCTAGTGTTGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTG         CATCAGATGAAGAAGAACCAACTTCAGCAG      
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 230287 GGTTGGTA...TAGCATCAGATGAAGAAGAACCAACTTCAGCAGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    227    GTCCCTGCACTCCTAATCCATGCCATAATGGAGGAACCTGTGAAATA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303851 CAGGTCCCTGCACTCCTAATCCATGCCATAATGGAGGAACCTGTGAAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGTGAAGCATACCGAGGGGATACATTCATAGGCTATGTTTGTAAATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303901 AGTGAAGCATACCGAGGGGATACATTCATAGGCTATGTTTGTAAATGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGAGGATTTAATGGGATTCACTGTCAGCACA         ACATAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 303951 CCGAGGATTTAATGGGATTCACTGTCAGCACAGTA...TAGACATAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATGCGAAGTTGAGCCTTGCAAAAATGGTGGAATATGTACAGATCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347030 AATGCGAAGTTGAGCCTTGCAAAAATGGTGGAATATGTACAGATCTTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCTAACTATTCCTGTGAGTGCCCAGGCGAATTTATGGGAAGAAATTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347080 GCTAACTATTCCTGTGAGTGCCCAGGCGAATTTATGGGAAGAAATTGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATACA         AATGCTCAGGCCCACTGGGAATTGAAGGTGGAATTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347130 ATACAGTA...CAGAATGCTCAGGCCCACTGGGAATTGAAGGTGGAATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TATCAAACCAGCAAATCACAGCTTCCTCTACTCACCGAGCTCTTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 377581 TATCAAACCAGCAAATCACAGCTTCCTCTACTCACCGAGCTCTTTTTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCCAAAAATGGTATCCCTACTATGCACGTCTTAATAAGAAGGGGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 377631 CTCCAAAAATGGTATCCCTACTATGCACGTCTTAATAAGAAGGGGCTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAATGCGTGGACAGCTGCAGAAAATGACAGATGGCCGTGGATTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 377681 AAATGCGTGGACAGCTGCAGAAAATGACAGATGGCCGTGGATTCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652      ATAAATTTGCAAAGGAAAATGAGAGTTACTGGTGTGATTACCCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 377731 ..CAGATAAATTTGCAAAGGAAAATGAGAGTTACTGGTGTGATTACCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGAGCCAAGAGGATTGGAAGCCCAGAGTATATAAAATCCTACAAAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417814 GGAGCCAAGAGGATTGGAAGCCCAGAGTATATAAAATCCTACAAAATTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTACAGTAATGATGGAAAGACTTGGGCAATGTACAAAGTGAAAGGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417864 CTACAGTAATGATGGAAAGACTTGGGCAATGTACAAAGTGAAAGGCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGAAGACATG         GTGTTTCGTGGAAACATTGATAACAACACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 417914 ATGAAGACATGGTA...CAGGTGTTTCGTGGAAACATTGATAACAACACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCATATGCTAACTCTTTCACACCCCCCATAAAAGCTCAGTATGTAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419561 CCATATGCTAACTCTTTCACACCCCCCATAAAAGCTCAGTATGTAAGACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTATCCCCAAGTTTGTCGAAGACATTGCACTTTGCGAATGGAACTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419611 CTATCCCCAAGTTTGTCGAAGACATTGCACTTTGCGAATGGAACTTCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCTGTGAACTGTCGG         GTTGTTCTGAGCCTCTGGGTATGAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 419661 GCTGTGAACTGTCGGGTA...CAGGTTGTTCTGAGCCTCTGGGTATGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCAGGACATATACAAGACTATCAGATCACTGCCTCCAGCATCTTCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423917 TCAGGACATATACAAGACTATCAGATCACTGCCTCCAGCATCTTCAGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTCAACATGGACATGTTCACTTGGGAACCAAGGAAAGCTCGGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423967 GCTCAACATGGACATGTTCACTTGGGAACCAAGGAAAGCTCGGCTGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCAAGGCAAAGTGAATGCCTGGACCTCTGGCCACAATGACCAGTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 424017 AGCAAGGCAAAGTGAATGCCTGGACCTCTGGCCACAATGACCAGTCACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGGTTACAG         GTGGATCTTCTTGTTCCAACCAAAGTGACTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 424067 TGGTTACAGGTA...AAGGTGGATCTTCTTGTTCCAACCAAAGTGACTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATCATTACACAAGGAGCTAAAGATTTTGGTCATGTACAGTTTGTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 521047 CATCATTACACAAGGAGCTAAAGATTTTGGTCATGTACAGTTTGTTGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCTACAAACTGGCTTACAGCAATGATGGAGAACACTGGACTGTATACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 521097 CCTACAAACTGGCTTACAGCAATGATGGAGAACACTGGACTGTATACCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GATGAAAAGCAAAGAAAAGATAAG         GTTTTCCAGGGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 521147 GATGAAAAGCAAAGAAAAGATAAGGTA...TAGGTTTTCCAGGGAAATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGACAATGACACTCACAGAAAAAATGTCATCGACCCTCCCATCTATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 540824 TGACAATGACACTCACAGAAAAAATGTCATCGACCCTCCCATCTATGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GACACATAAGAATCCTTCCTTGGTCCTGGTACGGGAGGATCACATTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 540874 GACACATAAGAATCCTTCCTTGGTCCTGGTACGGGAGGATCACATTGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :
   1411 TCAGAGCTGCTGGGCTGCACAGAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 540924 TCAGAGCTGCTGGGCTGCACAGAGGAGGAA