seq1 = pF1KB4088.tfa, 2280 bp
seq2 = pF1KB4088/gi568815595r_195951945.tfa (gi568815595r:195951945_196175361), 223417 bp

>pF1KB4088 2280
>gi568815595r:195951945_196175361 (Chr3)

(complement)

1-36  (98263-98298)   100% ->
37-238  (100002-100203)   100% ->
239-434  (101237-101432)   100% ->
435-584  (103210-103359)   100% ->
585-687  (103864-103966)   100% ->
688-801  (105794-105907)   100% ->
802-900  (107232-107330)   100% ->
901-1040  (107705-107844)   100% ->
1041-1198  (109762-109919)   100% ->
1199-1318  (110934-111053)   100% ->
1319-1404  (112423-112508)   100% ->
1405-1468  (112717-112780)   100% ->
1469-1536  (115115-115182)   100% ->
1537-1595  (116730-116788)   100% ->
1596-1677  (116997-117078)   100% ->
1678-1899  (120061-120282)   100% ->
1900-2040  (121804-121944)   100% ->
2041-2280  (123178-123417)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGATCAAGCTAGATCAGCATTCTCTAACTTG         TTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  98263 ATGATGGATCAAGCTAGATCAGCATTCTCTAACTTGGTA...CAGTTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGAGAACCATTGTCATATACCCGGTTCAGCCTGGCTCGGCAAGTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 TGGAGAACCATTGTCATATACCCGGTTCAGCCTGGCTCGGCAAGTAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGATAACAGTCATGTGGAGATGAAACTTGCTGTAGATGAAGAAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 GCGATAACAGTCATGTGGAGATGAAACTTGCTGTAGATGAAGAAGAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGACAATAACACAAAGGCCAATGTCACAAAACCAAAAAGGTGTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100107 GCTGACAATAACACAAAGGCCAATGTCACAAAACCAAAAAGGTGTAGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTATCTGCTATGGGACTATTGCTGTGATCGTCTTTTTCTTGATTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100157 AAGTATCTGCTATGGGACTATTGCTGTGATCGTCTTTTTCTTGATTGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GATTTATGATTGGCTACTTGGGCTATTGTAAAGGGGTAGAACCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100207 ...TAGGATTTATGATTGGCTACTTGGGCTATTGTAAAGGGGTAGAACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAACTGAGTGTGAGAGACTGGCAGGAACCGAGTCTCCAGTGAGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101281 AAAACTGAGTGTGAGAGACTGGCAGGAACCGAGTCTCCAGTGAGGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCAGGAGAGGACTTCCCTGCAGCACGTCGCTTATATTGGGATGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101331 GCCAGGAGAGGACTTCCCTGCAGCACGTCGCTTATATTGGGATGACCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAGAAAGTTGTCGGAGAAACTGGACAGCACAGACTTCACCGGCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101381 AGAGAAAGTTGTCGGAGAAACTGGACAGCACAGACTTCACCGGCACCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AA         GCTGCTGAATGAAAATTCATATGTCCCTCGTGAGGCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101431 AAGTG...CAGGCTGCTGAATGAAAATTCATATGTCCCTCGTGAGGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCTCAAAAAGATGAAAATCTTGCGTTGTATGTTGAAAATCAATTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103249 ATCTCAAAAAGATGAAAATCTTGCGTTGTATGTTGAAAATCAATTTCGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATTTAAACTCAGCAAAGTCTGGCGTGATCAACATTTTGTTAAGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103299 AATTTAAACTCAGCAAAGTCTGGCGTGATCAACATTTTGTTAAGATTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCAAAGACAG         CGCTCAAAACTCGGTGATCATAGTTGATAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103349 GTCAAAGACAGGTA...CAGCGCTCAAAACTCGGTGATCATAGTTGATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAACGGTAGACTTGTTTACCTGGTGGAGAATCCTGGGGGTTATGTGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103894 GAACGGTAGACTTGTTTACCTGGTGGAGAATCCTGGGGGTTATGTGGCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATAGTAAGGCTGCAACAGTTACT         GGTAAACTGGTCCATGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103944 ATAGTAAGGCTGCAACAGTTACTGTA...TAGGGTAAACTGGTCCATGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATTTTGGTACTAAAAAAGATTTTGAGGATTTATACACTCCTGTGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105812 AATTTTGGTACTAAAAAAGATTTTGAGGATTTATACACTCCTGTGAATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCTATAGTGATTGTCAGAGCAGGGAAAATCACCTTTGCAGAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105862 ATCTATAGTGATTGTCAGAGCAGGGAAAATCACCTTTGCAGAAAAGGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      GTTGCAAATGCTGAAAGCTTAAATGCAATTGGTGTGTTGATATAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105912 ..TAGGTTGCAAATGCTGAAAGCTTAAATGCAATTGGTGTGTTGATATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGACCAGACTAAATTTCCCATTGTTAACGCAGAACTTTCATTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107277 ATGGACCAGACTAAATTTCCCATTGTTAACGCAGAACTTTCATTCTTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACAT         GCTCATCTGGGGACAGGTGACCCTTACACACCTGGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107327 ACATGTG...TAGGCTCATCTGGGGACAGGTGACCCTTACACACCTGGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCCTTCCTTCAATCACACTCAGTTTCCACCATCTCGGTCATCAGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107742 TCCCTTCCTTCAATCACACTCAGTTTCCACCATCTCGGTCATCAGGATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTAATATACCTGTCCAGACAATCTCCAGAGCTGCTGCAGAAAAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107792 CCTAATATACCTGTCCAGACAATCTCCAGAGCTGCTGCAGAAAAGCTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGG         GAATATGGAAGGAGACTGTCCCTCTGACTGGAAAACAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107842 TGGGTA...TAGGAATATGGAAGGAGACTGTCCCTCTGACTGGAAAACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTCTACATGTAGGATGGTAACCTCAGAAAGCAAGAATGTGAAGCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109800 ACTCTACATGTAGGATGGTAACCTCAGAAAGCAAGAATGTGAAGCTCACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGAGCAATGTGCTGAAAGAGATAAAAATTCTTAACATCTTTGGAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109850 GTGAGCAATGTGCTGAAAGAGATAAAAATTCTTAACATCTTTGGAGTTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TAAAGGCTTTGTAGAACCAG         ATCACTATGTTGTAGTTGGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109900 TAAAGGCTTTGTAGAACCAGGTA...AAGATCACTATGTTGTAGTTGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCCAGAGAGATGCATGGGGCCCTGGAGCTGCAAAATCCGGTGTAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110955 CCCAGAGAGATGCATGGGGCCCTGGAGCTGCAAAATCCGGTGTAGGCACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCTCTCCTATTGAAACTTGCCCAGATGTTCTCAGATATGGTCTTAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111005 GCTCTCCTATTGAAACTTGCCCAGATGTTCTCAGATATGGTCTTAAAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319         ATGGGTTTCAGCCCAGCAGAAGCATTATCTTTGCCAGTTGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111055 TA...CAGATGGGTTTCAGCCCAGCAGAAGCATTATCTTTGCCAGTTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GTGCTGGAGACTTTGGATCGGTTGGTGCCACTGAATGGCTAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112465 GTGCTGGAGACTTTGGATCGGTTGGTGCCACTGAATGGCTAGAGGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1405    GGATACCTTTCGTCCCTGCATTTAAAGGCTTTCACTTATATTAATCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112714 TAGGGATACCTTTCGTCCCTGCATTTAAAGGCTTTCACTTATATTAATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGATAAAGCGGTTCTTG         GTACCAGCAACTTCAAGGTTTCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112764 GGATAAAGCGGTTCTTGGTA...CAGGTACCAGCAACTTCAAGGTTTCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCAGCCCACTGTTGTATACGCTTATTGAGAAAACAATGCAAAAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115139 CCAGCCCACTGTTGTATACGCTTATTGAGAAAACAATGCAAAATGTG...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1537    GTGAAGCATCCGGTTACTGGGCAATTTCTATATCAGGACAGCAACTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116727 CAGGTGAAGCATCCGGTTACTGGGCAATTTCTATATCAGGACAGCAACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGCCAGCAAAGT         TGAGAAACTCACTTTAGACAATGCTGCTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116777 GGCCAGCAAAGTGTA...CAGTGAGAAACTCACTTTAGACAATGCTGCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCCCTTTCCTTGCATATTCTGGAATCCCAGCAGTTTCTTTCTGTTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117026 TCCCTTTCCTTGCATATTCTGGAATCCCAGCAGTTTCTTTCTGTTTTTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAG         GACACAGATTATCCTTATTTGGGTACCACCATGGACAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117076 GAGGTA...CAGGACACAGATTATCCTTATTTGGGTACCACCATGGACAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CTATAAGGAACTGATTGAGAGGATTCCTGAGTTGAACAAAGTGGCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120099 CTATAAGGAACTGATTGAGAGGATTCCTGAGTTGAACAAAGTGGCACGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CAGCTGCAGAGGTCGCTGGTCAGTTCGTGATTAAACTAACCCATGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120149 CAGCTGCAGAGGTCGCTGGTCAGTTCGTGATTAAACTAACCCATGATGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GAATTGAACCTGGACTATGAGAGGTACAACAGCCAACTGCTTTCATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120199 GAATTGAACCTGGACTATGAGAGGTACAACAGCCAACTGCTTTCATTTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GAGGGATCTGAACCAATACAGAGCAGACATAAAG         GAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120249 GAGGGATCTGAACCAATACAGAGCAGACATAAAGGTG...CAGGAAATGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 GCCTGAGTTTACAGTGGCTGTATTCTGCTCGTGGAGACTTCTTCCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121811 GCCTGAGTTTACAGTGGCTGTATTCTGCTCGTGGAGACTTCTTCCGTGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 ACTTCCAGACTAACAACAGATTTCGGGAATGCTGAGAAAACAGACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121861 ACTTCCAGACTAACAACAGATTTCGGGAATGCTGAGAAAACAGACAGATT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TGTCATGAAGAAACTCAATGATCGTGTCATGAGA         GTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121911 TGTCATGAAGAAACTCAATGATCGTGTCATGAGAGTA...TAGGTGGAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 ATCACTTCCTCTCTCCCTACGTATCTCCAAAAGAGTCTCCTTTCCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123185 ATCACTTCCTCTCTCCCTACGTATCTCCAAAAGAGTCTCCTTTCCGACAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GTCTTCTGGGGCTCCGGCTCTCACACGCTGCCAGCTTTACTGGAGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123235 GTCTTCTGGGGCTCCGGCTCTCACACGCTGCCAGCTTTACTGGAGAACTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GAAACTGCGTAAACAAAATAACGGTGCTTTTAATGAAACGCTGTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123285 GAAACTGCGTAAACAAAATAACGGTGCTTTTAATGAAACGCTGTTCAGAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 ACCAGTTGGCTCTAGCTACTTGGACTATTCAGGGAGCTGCAAATGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123335 ACCAGTTGGCTCTAGCTACTTGGACTATTCAGGGAGCTGCAAATGCCCTC

   2400     .    :    .    :    .    :
   2248 TCTGGTGACGTTTGGGACATTGACAATGAGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 123385 TCTGGTGACGTTTGGGACATTGACAATGAGTTT