seq1 = pF1KB4066.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KB4066/gi568815593f_36052768.tfa (gi568815593f:36052768_36282028), 229261 bp

>pF1KB4066 1272
>gi568815593f:36052768_36282028 (Chr5)

1-280  (99998-100275)   98% ->
281-392  (110878-110989)   100% ->
393-536  (113752-113895)   100% ->
537-671  (115546-115680)   100% ->
672-770  (117577-117675)   100% ->
771-901  (118836-118966)   100% ->
902-953  (124198-124249)   100% ->
954-1061  (124418-124525)   100% ->
1062-1272  (129051-129261)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAGGAAGCACCTCCAGGAGATTCCAGACCTGAGTAGCAACGTTGC
         ||--|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CTG  CAGGAAGCACCTCCAGGAGATTCCAGACCTGAGTAGCAACGTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCAGCTTCACGTGGGGATGGGATTCCAGCAAGACTTCTGAACTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 CACCAGCTTCACGTGGGGATGGGATTCCAGCAAGACTTCTGAACTGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGCATGGGGGTCTCCGCCCTGGAGAAAGAGGAGCCCGACAGTGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 CAGGCATGGGGGTCTCCGCCCTGGAGAAAGAGGAGCCCGACAGTGAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCCCCAGGAACTGCTCTCAAACCTGGGCCACCCGGAGAGCCCCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 ATCCCCCAGGAACTGCTCTCAAACCTGGGCCACCCGGAGAGCCCCCCACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAACGGCTGAAGAGCAAAGGGAGTGACAAAGACTTTGTGATTGTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100196 GAAACGGCTGAAGAGCAAAGGGAGTGACAAAGACTTTGTGATTGTCCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCTAAGCTAAATCGAGAGAACTTTCCAG         GTGTTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100246 GGCCTAAGCTAAATCGAGAGAACTTTCCAGGTA...AAGGTGTTTCATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTCCCTTCCGGATGAGCTGCTCTTGGGAATCTTTTCCTGTCTGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110889 GACTCCCTTCCGGATGAGCTGCTCTTGGGAATCTTTTCCTGTCTGTGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCTGAGCTGCTAAAGGTCTCTGGTGTTTGTAAGAGGTGGTATCGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110939 CCCTGAGCTGCTAAAGGTCTCTGGTGTTTGTAAGAGGTGGTATCGCCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 C         GTCTGATGAGTCTCTATGGCAGACCTTAGACCTCACAGGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110989 CGTA...TAGGTCTGATGAGTCTCTATGGCAGACCTTAGACCTCACAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAAATCTGCACCCGGATGTGACTGGTCGGTTGCTGTCTCAAGGGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113792 AAAAATCTGCACCCGGATGTGACTGGTCGGTTGCTGTCTCAAGGGGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCCTTCCGCTGCCCACGATCATTTATGGACCAACCATTGGCTGAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113842 TGCCTTCCGCTGCCCACGATCATTTATGGACCAACCATTGGCTGAACATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAG         CCCTTTTCGTGTACAGCACATGGACCTATCGAACTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113892 TCAGGTA...TAGCCCTTTTCGTGTACAGCACATGGACCTATCGAACTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTATAGAAGTGTCCACCCTCCACGGCATACTGTCTCAGTGTTCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115583 GTTATAGAAGTGTCCACCCTCCACGGCATACTGTCTCAGTGTTCCAAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCAGAATCTAAGCCTGGAAGGCCTGCGGCTTTCGGATCCCATTGTCAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115633 GCAGAATCTAAGCCTGGAAGGCCTGCGGCTTTCGGATCCCATTGTCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672        TACTCTCGCAAAAAACTCAAATTTAGTGCGACTTAACCTTTCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115683 G...CAGTACTCTCGCAAAAAACTCAAATTTAGTGCGACTTAACCTTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGTGTTCTGGATTCTCTGAATTTGCCCTGCAGACTTTGCTAAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117620 GGGTGTTCTGGATTCTCTGAATTTGCCCTGCAGACTTTGCTAAGCAGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTCCAG         ACTGGATGAGCTGAACCTCTCCTGGTGTTTTGATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117670 TTCCAGGTA...CAGACTGGATGAGCTGAACCTCTCCTGGTGTTTTGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCACTGAAAAGCATGTACAGGTGGCTGTTGCGCATGTGTCAGAGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118871 TCACTGAAAAGCATGTACAGGTGGCTGTTGCGCATGTGTCAGAGACCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACCCAGCTGAATCTTAGCGGCTACAGAAAGAATCTCCAGAAATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118921 ACCCAGCTGAATCTTAGCGGCTACAGAAAGAATCTCCAGAAATCAGGTT.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902      ATCTCTCTACTTTAGTTAGAAGATGCCCCAATCTTGTCCATCTAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118971 ..TAGATCTCTCTACTTTAGTTAGAAGATGCCCCAATCTTGTCCATCTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTTAAG         TGATAGTGTCATGCTAAAGAATGACTGCTTTCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124243 ACTTAAGGTA...CAGTGATAGTGTCATGCTAAAGAATGACTGCTTTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAATTTTTCCAGCTCAACTACCTCCAACACCTATCACTCAGTCGGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124452 GAATTTTTCCAGCTCAACTACCTCCAACACCTATCACTCAGTCGGTGCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGATATAATACCTGAAACTTTACT         TGAACTTGGAGAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 124502 TGATATAATACCTGAAACTTTACTGTA...CAGTGAACTTGGAGAAATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCACACTAAAAACACTACAAGTTTTTGGAATCGTGCCAGATGGTACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129068 CCACACTAAAAACACTACAAGTTTTTGGAATCGTGCCAGATGGTACCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAACTGTTAAAGGAAGCCCTTCCTCATCTACAGATTAATTGCTCCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129118 CAACTGTTAAAGGAAGCCCTTCCTCATCTACAGATTAATTGCTCCCATTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACCACCATTGCCAGGCCAACTATTGGCAACAAAAAGAACCAGGAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129168 CACCACCATTGCCAGGCCAACTATTGGCAACAAAAAGAACCAGGAGATAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGGGCATCAAATGCCGACTGACACTGCAAAAGCCCAGTTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129218 GGGGCATCAAATGCCGACTGACACTGCAAAAGCCCAGTTGTCTA