seq1 = pF1KB4051.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KB4051/gi568815597f_26014309.tfa (gi568815597f:26014309_26222574), 208266 bp

>pF1KB4051 1023
>gi568815597f:26014309_26222574 (Chr1)

1-285  (100001-100285)   100% ->
286-1023  (107529-108266)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAGTAGCCAGCCAAAGTACGATCTAATACGGGAGGTAGGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAGTAGCCAGCCAAAGTACGATCTAATACGGGAGGTAGGCCGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGTTACGGTGTTGTGTATGAAGCAGTCATCAGAAAGACCTCTGCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGTTACGGTGTTGTGTATGAAGCAGTCATCAGAAAGACCTCTGCACGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCAGTGAAGAAAATTCGATGTCACGCACCTGAAAATGTTGAACTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCAGTGAAGAAAATTCGATGTCACGCACCTGAAAATGTTGAACTAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTTCGTGAGTTCTGGGCACTAAGCAGTATCAAGAGCCAACATCCAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTTCGTGAGTTCTGGGCACTAAGCAGTATCAAGAGCCAACATCCAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATTCACTTGGAGGAATGCATCCTACAAAAGGATGGGATGGTGCAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATTCACTTGGAGGAATGCATCCTACAAAAGGATGGGATGGTGCAAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCCCACGGCTCTAATTCTTCCCTTTATTTACAG         CTTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100251 TGTCCCACGGCTCTAATTCTTCCCTTTATTTACAGGTA...TAGCTTGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAACTTCATTAAAAGGAGAAATTGCCTTTGATCCCAGAAGCGCCTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107535 GAAACTTCATTAAAAGGAGAAATTGCCTTTGATCCCAGAAGCGCCTATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTGTGGTTTGTGATGGATTTTTGTGACGGAGGAGATATGAATGAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107585 TTTGTGGTTTGTGATGGATTTTTGTGACGGAGGAGATATGAATGAGTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTTGTCCAGGAAACCCAATCGTAAAACTAACACCAGCTTCATGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107635 TGTTGTCCAGGAAACCCAATCGTAAAACTAACACCAGCTTCATGCTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGAGCAGTGCCCTGGCTTTCTTGCATAAAAACCAGATCATCCACCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107685 CTGAGCAGTGCCCTGGCTTTCTTGCATAAAAACCAGATCATCCACCGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCTTAAGCCTGATAACATCCTGATTTCTCAAACCAGGTTGGATACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107735 TCTTAAGCCTGATAACATCCTGATTTCTCAAACCAGGTTGGATACCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTTGGAACCTACCCTCAAAGTGGCTGATTTTGGTCTAAGTAAAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107785 ACTTGGAACCTACCCTCAAAGTGGCTGATTTTGGTCTAAGTAAAGTTTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCAGCCTCTGGGCAGAACCCAGAAGAACCTGTCAGTGTAAACAAGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107835 TCAGCCTCTGGGCAGAACCCAGAAGAACCTGTCAGTGTAAACAAGTGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTTTCCACAGCATGTGGAACAGATTTTTACATGGCTCCTGAAGTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107885 CCTTTCCACAGCATGTGGAACAGATTTTTACATGGCTCCTGAAGTTTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAGGACATTACACAGCAAAAGCTGACATCTTTGCTCTGGGGATTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107935 AAGGACATTACACAGCAAAAGCTGACATCTTTGCTCTGGGGATTATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGGCAATGCTGGAAAGGATCACATTCATAGACACAGAGACAAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 TGGGCAATGCTGGAAAGGATCACATTCATAGACACAGAGACAAAGAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACTCTTGGGGAGTTATGTAAAACAAGGAACTGAGATTGTGCCTGTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108035 ACTCTTGGGGAGTTATGTAAAACAAGGAACTGAGATTGTGCCTGTTGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGGCACTTCTGGAAAATCCCAAAATGGAACTTCTCATTCCTGTGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108085 AGGCACTTCTGGAAAATCCCAAAATGGAACTTCTCATTCCTGTGAAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAATCTATGAATGGGCGAATGAAACAACTGATTAAGGAAATGCTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108135 AAATCTATGAATGGGCGAATGAAACAACTGATTAAGGAAATGCTGGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AAACCCTCAGGATCGTCCAGATGCTTTTGAACTAGAACTCAGATTAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108185 AAACCCTCAGGATCGTCCAGATGCTTTTGAACTAGAACTCAGATTAGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :
    992 AAATTGCATTTAAAGATAGCAGCTGGGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 108235 AAATTGCATTTAAAGATAGCAGCTGGGAAACG