seq1 = pF1KB4046.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KB4046/gi568815593r_180691637.tfa (gi568815593r:180691637_180857866), 166230 bp

>pF1KB4046 1335
>gi568815593r:180691637_180857866 (Chr5)

(complement)

1-1335  (64896-66230)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAAGAAGCAGTCTGCAGGGCTTGTGCTGTGGGGCGCTATCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  64896 ATGCTGAAGAAGCAGTCTGCAGGGCTTGTGCTGTGGGGCGCTATCCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGCCTGGAATGCCCTGCTGCTCCTCTTCTTCTGGACGCGCCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  64946 TGTGGCCTGGAATGCCCTGCTGCTCCTCTTCTTCTGGACGCGCCCAGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGCAGGCCACCCTCAGTCAGCGCTCTCGATGGCGACCCCGCCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  64996 CTGGCAGGCCACCCTCAGTCAGCGCTCTCGATGGCGACCCCGCCAGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCGGGAAGTGATTCGCCTGGCCCAAGACGCCGAGGTGGAGCTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65046 ACCCGGGAAGTGATTCGCCTGGCCCAAGACGCCGAGGTGGAGCTGGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCGTGGGCTGCTGCAGCAGATCGGGGATGCCCTGTCGAGCCAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65096 GCAGCGTGGGCTGCTGCAGCAGATCGGGGATGCCCTGTCGAGCCAGCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAGGGTGCCCACCGCGGCCCCTCCCGCCCAGCCGCGTGTGCCTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65146 GGAGGGTGCCCACCGCGGCCCCTCCCGCCCAGCCGCGTGTGCCTGTGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCGCGCCGGCGGTGATTCCCATCCTGGTCATCGCCTGTGACCGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65196 CCCGCGCCGGCGGTGATTCCCATCCTGGTCATCGCCTGTGACCGCAGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTTCGGCGCTGCCTGGACAAGCTGCTGCATTATCGGCCCTCGGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65246 TGTTCGGCGCTGCCTGGACAAGCTGCTGCATTATCGGCCCTCGGCTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTTCCCCATCATCGTTAGCCAGGACTGCGGGCACGAGGAGACGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65296 TCTTCCCCATCATCGTTAGCCAGGACTGCGGGCACGAGGAGACGGCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCATCGCCTCCTACGGCAGCGCGGTCACGCACATCCGGCAGCCCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65346 GCCATCGCCTCCTACGGCAGCGCGGTCACGCACATCCGGCAGCCCGACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAGCAGCATTGCGGTGCCGCCGGACCACCGCAAGTTCCAGGGCTACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65396 GAGCAGCATTGCGGTGCCGCCGGACCACCGCAAGTTCCAGGGCTACTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGATCGCGCGCCACTACCGCTGGGCGCTGGGCCAGGTCTTCCGGCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65446 AGATCGCGCGCCACTACCGCTGGGCGCTGGGCCAGGTCTTCCGGCAGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCTTCCCCGCGGCCGTGGTGGTGGAGGATGACCTGGAGGTGGCCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65496 CGCTTCCCCGCGGCCGTGGTGGTGGAGGATGACCTGGAGGTGGCCCCGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTCTTCGAGTACTTTCGGGCCACCTATCCGCTGCTGAAGGCCGACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65546 CTTCTTCGAGTACTTTCGGGCCACCTATCCGCTGCTGAAGGCCGACCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTGTGGTGCGTCTCGGCCTGGAATGACAACGGCAAGGAGCAGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65596 CCCTGTGGTGCGTCTCGGCCTGGAATGACAACGGCAAGGAGCAGATGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GACGCCAGCAGGCCTGAGCTGCTCTACCGCACCGACTTTTTCCCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65646 GACGCCAGCAGGCCTGAGCTGCTCTACCGCACCGACTTTTTCCCTGGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGGCTGGCTGCTGTTGGCCGAGCTCTGGGCTGAGCTGGAGCCCAAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65696 GGGCTGGCTGCTGTTGGCCGAGCTCTGGGCTGAGCTGGAGCCCAAGTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAAAGGCCTTCTGGGACGACTGGATGCGGCGGCCGGAGCAGCGGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65746 CAAAGGCCTTCTGGGACGACTGGATGCGGCGGCCGGAGCAGCGGCAGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGGGCCTGCATACGCCCTGAGATCTCAAGAACGATGACCTTTGGCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65796 CGGGCCTGCATACGCCCTGAGATCTCAAGAACGATGACCTTTGGCCGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGGTGTGAGCCACGGGCAGTTCTTTGACCAGCACCTCAAGTTTATCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65846 GGGTGTGAGCCACGGGCAGTTCTTTGACCAGCACCTCAAGTTTATCAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGAACCAGCAGTTTGTGCACTTCACCCAGCTGGACCTGTCTTACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65896 TGAACCAGCAGTTTGTGCACTTCACCCAGCTGGACCTGTCTTACCTGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CGGGAGGCCTATGACCGAGATTTCCTCGCCCGCGTCTACGGTGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65946 CGGGAGGCCTATGACCGAGATTTCCTCGCCCGCGTCTACGGTGCTCCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCTGCAGGTGGAGAAAGTGAGGACCAATGACCGGAAGGAGCTGGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65996 GCTGCAGGTGGAGAAAGTGAGGACCAATGACCGGAAGGAGCTGGGGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TGCGGGTGCAGTATACGGGCAGGGACAGCTTCAAGGCTTTCGCCAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66046 TGCGGGTGCAGTATACGGGCAGGGACAGCTTCAAGGCTTTCGCCAAGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTGGGTGTCATGGATGACCTTAAGTCGGGGGTTCCGAGAGCTGGCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66096 CTGGGTGTCATGGATGACCTTAAGTCGGGGGTTCCGAGAGCTGGCTACCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGGTATTGTCACCTTCCAGTTCCGGGGCCGCCGTGTCCACCTGGCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66146 GGGTATTGTCACCTTCCAGTTCCGGGGCCGCCGTGTCCACCTGGCGCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1301 CACTGACGTGGGAGGGCTATGATCCTAGCTGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66196 CACTGACGTGGGAGGGCTATGATCCTAGCTGGAAT