seq1 = pF1KB3998.tfa, 573 bp
seq2 = pF1KB3998/gi568815597f_21978479.tfa (gi568815597f:21978479_22190029), 211551 bp

>pF1KB3998 573
>gi568815597f:21978479_22190029 (Chr1)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-178  (103244-103316)   100% ->
179-288  (107961-108070)   100% ->
289-486  (108191-108388)   100% ->
487-573  (111465-111551)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGACAATTAAGTGTGTTGTTGTGGGCGATGGTGCTGTTGGTAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGACAATTAAGTGTGTTGTTGTGGGCGATGGTGCTGTTGGTAAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGTCTCCTGATATCCTACACAACAAACAAATTTCCATCGGAATATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGTCTCCTGATATCCTACACAACAAACAAATTTCCATCGGAATATGTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGACT         GTTTTTGACAACTATGCAGTCACAGTTATGATTGGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGACTGTA...TAGGTTTTTGACAACTATGCAGTCACAGTTATGATTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGAACCATATACTCTTGGACTTTTTGATACTGCAG         GGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103280 GGAGAACCATATACTCTTGGACTTTTTGATACTGCAGGTG...TAGGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGGATTATGACAGATTACGACCGCTGAGTTATCCACAAACAGATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107965 AGAGGATTATGACAGATTACGACCGCTGAGTTATCCACAAACAGATGTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCTAGTCTGTTTTTCAGTGGTCTCTCCATCTTCATTTGAAAACGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108015 TTCTAGTCTGTTTTTCAGTGGTCTCTCCATCTTCATTTGAAAACGTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAG         TGGGTGCCTGAGATAACTCACCACTGTCCAAAGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108065 GAAAAGGTA...TAGTGGGTGCCTGAGATAACTCACCACTGTCCAAAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCTTTCTTGCTTGTTGGGACTCAAATTGATCTCAGAGATGACCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108226 TCCTTTCTTGCTTGTTGGGACTCAAATTGATCTCAGAGATGACCCCTCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTATTGAGAAACTTGCCAAGAACAAACAGAAGCCTATCACTCCAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108276 CTATTGAGAAACTTGCCAAGAACAAACAGAAGCCTATCACTCCAGAGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGAAAAGCTGGCCCGTGACCTGAAGGCTGTCAAGTATGTGGAGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108326 GCTGAAAAGCTGGCCCGTGACCTGAAGGCTGTCAAGTATGTGGAGTGTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCACTTACACAG         AGAGGTCTGAAGAATGTGTTTGATGAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108376 TGCACTTACACAGGTA...TAGAGAGGTCTGAAGAATGTGTTTGATGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTATCCTAGCTGCCCTCGAGCCTCCGGAAACTCAACCCAAAAGGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111493 CTATCCTAGCTGCCCTCGAGCCTCCGGAAACTCAACCCAAAAGGAAGTGC

    600     .
    565 TGTATATTC
        |||||||||
 111543 TGTATATTC