seq1 = pF1KB3987.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KB3987/gi568815591r_2631184.tfa (gi568815591r:2631184_2944161), 312978 bp

>pF1KB3987 1143
>gi568815591r:2631184_2944161 (Chr7)

(complement)

1-309  (100001-100309)   100% ->
310-525  (149019-149234)   100% ->
526-576  (210661-210711)   100% ->
577-1143  (212412-212978)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGGGGTGGTGCGGACCCTCAGCCGCTGCCTGCTGCCGGCCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGGGGTGGTGCGGACCCTCAGCCGCTGCCTGCTGCCGGCCGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGGGCCCGCGAGCGCAGGGCGGGCAGCGGCGCGCGCGACGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCGGGGCCCGCGAGCGCAGGGCGGGCAGCGGCGCGCGCGACGCGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGGCCCGGAGGCGTAGCCGCGACATCGACGCGCTGCTGGCCCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAGGCCCGGAGGCGTAGCCGCGACATCGACGCGCTGCTGGCCCGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGCGCGCGGTCCGGCGCCTGGTGAAGATCCTGCTGCTGGGCGCGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGCGCGCGGTCCGGCGCCTGGTGAAGATCCTGCTGCTGGGCGCGGGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCGGCAAGTCCACGTTCCTCAAGCAGATGCGCATCATCCACGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCGGCAAGTCCACGTTCCTCAAGCAGATGCGCATCATCCACGGCCGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTTCGACCAGAAGGCGCTGCTGGAGTTCCGCGACACCATCTTCGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTTCGACCAGAAGGCGCTGCTGGAGTTCCGCGACACCATCTTCGACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCTCAAG         GGCTCAAGGGTTCTTGTTGATGCACGAGATAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCTCAAGGTG...TAGGGCTCAAGGGTTCTTGTTGATGCACGAGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTTGGCATTCCTTGGCAGTATTCTGAAAATGAGAAGCATGGGATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149051 GCTTGGCATTCCTTGGCAGTATTCTGAAAATGAGAAGCATGGGATGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGATGGCCTTCGAGAACAAGGCGGGGCTGCCTGTGGAGCCGGCCACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149101 TGATGGCCTTCGAGAACAAGGCGGGGCTGCCTGTGGAGCCGGCCACCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGCTGTACGTCCCGGCCCTGAGCGCACTCTGGAGGGATTCTGGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149151 CAGCTGTACGTCCCGGCCCTGAGCGCACTCTGGAGGGATTCTGGCATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGAGGCTTTCAGCCGGAGAAGCGAGTTTCAGCTG         GGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 149201 GGAGGCTTTCAGCCGGAGAAGCGAGTTTCAGCTGGTG...CAGGGGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGTGAAGTACTTCCTGGACAACTTGGACCGGATCGGCCAGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 210668 CGGTGAAGTACTTCCTGGACAACTTGGACCGGATCGGCCAGCTGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577    AATTACTTTCCTAGTAAGCAAGATATCCTGCTGGCTAGGAAAGCCAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212409 CAGAATTACTTTCCTAGTAAGCAAGATATCCTGCTGGCTAGGAAAGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAGGGAATTGTGGAGCATGACTTCGTTATTAAGAAGATCCCCTTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212459 CAAGGGAATTGTGGAGCATGACTTCGTTATTAAGAAGATCCCCTTTAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGTGGATGTGGGCGGCCAGCGGTCCCAGCGCCAGAAGTGGTTCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212509 TGGTGGATGTGGGCGGCCAGCGGTCCCAGCGCCAGAAGTGGTTCCAGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCGACGGGATCACGTCCATCCTGTTCATGGTCTCCTCCAGCGAGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212559 TTCGACGGGATCACGTCCATCCTGTTCATGGTCTCCTCCAGCGAGTACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCAGGTCCTCATGGAGGACAGGCGCACCAACCGGCTGGTGGAGTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212609 CCAGGTCCTCATGGAGGACAGGCGCACCAACCGGCTGGTGGAGTCCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACATCTTCGAGACCATCGTCAACAACAAGCTCTTCTTCAACGTCTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212659 ACATCTTCGAGACCATCGTCAACAACAAGCTCTTCTTCAACGTCTCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATTCTCTTCCTCAACAAGATGGACCTCCTGGTGGAGAAGGTGAAGACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212709 ATTCTCTTCCTCAACAAGATGGACCTCCTGGTGGAGAAGGTGAAGACCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GAGCATCAAGAAGCACTTCCCGGACTTCAGGGGCGACCCGCACAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212759 GAGCATCAAGAAGCACTTCCCGGACTTCAGGGGCGACCCGCACAGGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGACGTCCAGCGCTACCTGGTCCAGTGCTTCGACAGGAAGAGACGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212809 AGGACGTCCAGCGCTACCTGGTCCAGTGCTTCGACAGGAAGAGACGGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGCAGCAAGCCACTCTTCCACCACTTCACCACCGCCATCGACACCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212859 CGCAGCAAGCCACTCTTCCACCACTTCACCACCGCCATCGACACCGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CGTCCGCTTCGTGTTCCATGCTGTGAAAGACACCATCCTGCAGGAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212909 CGTCCGCTTCGTGTTCCATGCTGTGAAAGACACCATCCTGCAGGAGAACC

   1150     .    :    .    :
   1124 TGAAGGACATCATGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||
 212959 TGAAGGACATCATGCTGCAG