seq1 = pF1KB3985.tfa, 1008 bp
seq2 = pF1KB3985/gi568815597f_76768496.tfa (gi568815597f:76768496_77163203), 394708 bp

>pF1KB3985 1008
>gi568815597f:76768496_77163203 (Chr1)

1-15  (99181-99195)   100% ->
16-261  (100002-100247)   100% ->
262-671  (275709-276118)   100% ->
672-779  (281763-281870)   100% ->
780-1008  (294480-294708)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGACCCTGATG         CGCCATGGTCTGGCAGTGTGTTTAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  99181 ATGAAGACCCTGATGGTG...CAGCGCCATGGTCTGGCAGTGTGTTTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTCACCACCATGTGCACCAGCTTGTTGCTAGTGTACAGCAGCCTCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 GCTCACCACCATGTGCACCAGCTTGTTGCTAGTGTACAGCAGCCTCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAGAAGGAGCGGCCCCCGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 GCCAGAAGGAGCGGCCCCCGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCAGGCGTCGGCCACCGGCAGCTCGCAGCCGGCGGCGGAGAGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100128 CAGCAGGCGTCGGCCACCGGCAGCTCGCAGCCGGCGGCGGAGAGCAGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGCAGCGCCCCGGGGTCCCCGCGGGACCGCGGCCACTGGACGGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100178 CCAGCAGCGCCCCGGGGTCCCCGCGGGACCGCGGCCACTGGACGGATACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCGGAGTGGCGGACCACAAG         CCCCTGAAAATGCACTGCAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100228 TCGGAGTGGCGGACCACAAGGTG...CAGCCCCTGAAAATGCACTGCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTGTGCCCTGGTGACCAGCTCAGGGCATCTGCTGCACAGTCGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275730 GACTGTGCCCTGGTGACCAGCTCAGGGCATCTGCTGCACAGTCGGCAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCCAGATTGACCAGACAGAGTGTGTCATCCGCATGAATGACGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275780 CTCCCAGATTGACCAGACAGAGTGTGTCATCCGCATGAATGACGCCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACGCGGCTATGGGCGTGACGTGGGCAATCGCACCAGCCTGAGGGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275830 CACGCGGCTATGGGCGTGACGTGGGCAATCGCACCAGCCTGAGGGTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCGCATTCCAGCATCCAGAGGATCCTCCGCAACCGCCATGACCTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275880 GCGCATTCCAGCATCCAGAGGATCCTCCGCAACCGCCATGACCTGCTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGTGAGCCAGGGCACCGTGTTCATCTTCTGGGGCCCCAGCAGCTACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275930 CGTGAGCCAGGGCACCGTGTTCATCTTCTGGGGCCCCAGCAGCTACATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGCGGGACGGCAAGGGCCAGGTCTACAACAACCTGCATCTCCTGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275980 GGCGGGACGGCAAGGGCCAGGTCTACAACAACCTGCATCTCCTGAGCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGCTGCCCCGGCTGAAGGCCTTCATGATTACTCGCCACAAGATGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276030 GTGCTGCCCCGGCTGAAGGCCTTCATGATTACTCGCCACAAGATGCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTTTGATGAGCTCTTCAAGCAGGAGACTGGCAAAGACAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 276080 GTTTGATGAGCTCTTCAAGCAGGAGACTGGCAAAGACAGGTA...CAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGATATCCAACACTTGGCTCAGCACTGGCTGGTTTACAATGACAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281765 AGATATCCAACACTTGGCTCAGCACTGGCTGGTTTACAATGACAATTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGGAGCTCTGTGACAGGATCAATGTTTATGGCATGGTGCCCCCAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281815 CTGGAGCTCTGTGACAGGATCAATGTTTATGGCATGGTGCCCCCAGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTGCAG         GGATCCCAATCACCCTTCAGTACCTTATCATTATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281865 CTGCAGGTA...CAGGGATCCCAATCACCCTTCAGTACCTTATCATTATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATGAACCTTTTGGACCTGATGAATGTACAATGTACCTCTCCCATGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294515 ATGAACCTTTTGGACCTGATGAATGTACAATGTACCTCTCCCATGAGCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGACGCAAGGGCAGTCATCACCGCTTTATCACAGAGAAACGAGTCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294565 GGACGCAAGGGCAGTCATCACCGCTTTATCACAGAGAAACGAGTCTTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GAACTGGGCACGGACATTCAATATTCACTTTTTTCAACCAGACTGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294615 GAACTGGGCACGGACATTCAATATTCACTTTTTTCAACCAGACTGGAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CAGAATCACTTGCTATAAATCATCCTGAGAATAAACCTGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294665 CAGAATCACTTGCTATAAATCATCCTGAGAATAAACCTGTGTTC