seq1 = pF1KB3878.tfa, 1146 bp
seq2 = pF1KB3878/gi568815597f_203383185.tfa (gi568815597f:203383185_203586878), 203694 bp

>pF1KB3878 1146
>gi568815597f:203383185_203586878 (Chr1)

1-973  (100001-100973)   100% ->
974-1146  (103522-103694)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTCACCCCTCTGCTGGCTCCTCCCACTTCTCATCTTGGCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGTCACCCCTCTGCTGGCTCCTCCCACTTCTCATCTTGGCCTCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCAAGGCCAGCCAACAAGACGACCAAGACCCGGGACTGGGCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCAAGGCCAGCCAACAAGACGACCAAGACCCGGGACTGGGCCCGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGACCCAGGCCCAGGCCCAGGCCCACACCCAGCTTTCCTCAGCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGACCCAGGCCCAGGCCCAGGCCCACACCCAGCTTTCCTCAGCCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAACCAGCAGAGCCAACAGACCTGCCTCCTCCCCTCCCTCCAGGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAACCAGCAGAGCCAACAGACCTGCCTCCTCCCCTCCCTCCAGGCCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATCTATCTTCCCTGACTGTCCCCGCGAATGCTACTGCCCCCCTGATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATCTATCTTCCCTGACTGTCCCCGCGAATGCTACTGCCCCCCTGATTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CATCTGCCCTCTACTGTGATAGCCGCAACCTGCGAAAGGTCCCTGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CATCTGCCCTCTACTGTGATAGCCGCAACCTGCGAAAGGTCCCTGTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGCCCCGCATCCATTACCTCTATCTCCAGAACAACTTCATCACTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGCCCCGCATCCATTACCTCTATCTCCAGAACAACTTCATCACTGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCGGTGGAGTCCTTCCAGAATGCCACAGGCCTGCGATGGATTAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCGGTGGAGTCCTTCCAGAATGCCACAGGCCTGCGATGGATTAACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACAACAACCGAATCCGCAAGATAGACCAGAGGGTGCTGGAGAAACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACAACAACCGAATCCGCAAGATAGACCAGAGGGTGCTGGAGAAACTGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCCTGGTGTTCCTCTACATGGAGAAGAACCAGTTGGAAGAGGTCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCCTGGTGTTCCTCTACATGGAGAAGAACCAGTTGGAAGAGGTCCCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCCCTGCCCCGGAACCTGGAGCAGCTGAGGCTGAGCCAGAACCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCCCTGCCCCGGAACCTGGAGCAGCTGAGGCTGAGCCAGAACCACATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAGAATCCCGCCTGGTGTCTTCAGCAAGCTGGAGAACCTGCTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAGAATCCCGCCTGGTGTCTTCAGCAAGCTGGAGAACCTGCTGCTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GATCTCCAGCACAACAGGCTGAGCGACGGCGTCTTCAAGCCCGACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GATCTCCAGCACAACAGGCTGAGCGACGGCGTCTTCAAGCCCGACACCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCATGGCCTCAAGAACCTCATGCAGCTCAACCTGGCCCACAACATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCATGGCCTCAAGAACCTCATGCAGCTCAACCTGGCCCACAACATCCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAAAGATGCCGCCCAGGGTCCCCACCGCCATTCACCAGCTCTACCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GAAAGATGCCGCCCAGGGTCCCCACCGCCATTCACCAGCTCTACCTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGTAACAAGATTGAGACCATCCCTAACGGATACTTCAAGAGCTTTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGTAACAAGATTGAGACCATCCCTAACGGATACTTCAAGAGCTTTCCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTTGCCTTCATTCGGCTTAACTACAACAAGCTGACAGACAGGGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTTGCCTTCATTCGGCTTAACTACAACAAGCTGACAGACAGGGGACTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCAAGAACTCCTTTAATATCTCCAACCTGCTTGTGCTCCACCTGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCAAGAACTCCTTTAATATCTCCAACCTGCTTGTGCTCCACCTGTCCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACAGGATCAGCAGTGTGCCCGCCATCAACAACAGGCTGGAACACCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACAGGATCAGCAGTGTGCCCGCCATCAACAACAGGCTGGAACACCTGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTCAACAACAATAGCATCGAGA         AAATCAACGGAACCCAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100951 CCTCAACAACAATAGCATCGAGAGTG...TAGAAATCAACGGAACCCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTTGCCCCAACGACCTAGTGGCGTTCCATGACTTCTCCTCGGACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103540 TTTGCCCCAACGACCTAGTGGCGTTCCATGACTTCTCCTCGGACCTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AACGTGCCACACCTGCGCTACCTGCGGCTGGATGGAAACTACTTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103590 AACGTGCCACACCTGCGCTACCTGCGGCTGGATGGAAACTACTTGAAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GCCCATCCCGCTGGACCTCATGATGTGCTTCCGCCTCCTGCAGTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103640 GCCCATCCCGCTGGACCTCATGATGTGCTTCCGCCTCCTGCAGTCCGTGG

   1150     .
   1142 TCATC
        |||||
 103690 TCATC