seq1 = pF1KB3824.tfa, 3108 bp
seq2 = pF1KB3824/gi568815596f_36256293.tfa (gi568815596f:36256293_36648698), 392406 bp

>pF1KB3824 3108
>gi568815596f:36256293_36648698 (Chr2)

1-331  (100001-100331)   100% ->
332-505  (140322-140495)   100% ->
506-748  (184966-185208)   100% ->
749-869  (186323-186443)   100% ->
870-991  (208242-208363)   100% ->
992-1174  (220597-220779)   100% ->
1175-1372  (223205-223402)   99% ->
1373-1501  (242927-243055)   100% ->
1502-1658  (253691-253847)   100% ->
1659-1780  (255981-256102)   100% ->
1781-1990  (257264-257473)   100% ->
1991-2206  (261035-261250)   100% ->
2207-2428  (265800-266021)   100% ->
2429-2623  (281060-281254)   100% ->
2624-2746  (288084-288206)   100% ->
2747-2934  (290692-290879)   100% ->
2935-3108  (292233-292406)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACTTGGTGGCGGGGGACAGGGGGTTGGCCGGCTGCGGGCACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACTTGGTGGCGGGGGACAGGGGGTTGGCCGGCTGCGGGCACCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCTCGCTGCTGGGGCTGCTGCTGCTGCTGGCGCGCTCCGGCACCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCTCGCTGCTGGGGCTGCTGCTGCTGCTGGCGCGCTCCGGCACCCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGGTCTGCCTGCCCTGTGACGAGTCCAAGTGCGAGGAGCCCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGGTCTGCCTGCCCTGTGACGAGTCCAAGTGCGAGGAGCCCAGGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCCGGGGAGCATCGTGCAGGGCGTCTGCGGCTGCTGCTACACGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCCGGGGAGCATCGTGCAGGGCGTCTGCGGCTGCTGCTACACGTGCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCAGAGGAACGAGAGCTGCGGCGGCACCTTCGGGATTTACGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCAGAGGAACGAGAGCTGCGGCGGCACCTTCGGGATTTACGGAACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGACCGGGGGCTGCGTTGTGTCATCCGCCCCCCGCTCAATGGCGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGACCGGGGGCTGCGTTGTGTCATCCGCCCCCCGCTCAATGGCGACTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCACCGAGTACGAAGCGGGCGTTTGCGAAG         ATGAGAACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100301 CTCACCGAGTACGAAGCGGGCGTTTGCGAAGGTA...CAGATGAGAACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACTGATGACCAACTGCTTGGTTTTAAACCATGCAATGAAAACCTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140332 GACTGATGACCAACTGCTTGGTTTTAAACCATGCAATGAAAACCTTATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGCTGCAATATAATCAATGGGAAATGTGAATGTAACACCATTCGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140382 CTGGCTGCAATATAATCAATGGGAAATGTGAATGTAACACCATTCGAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGCAGCAATCCCTTTGAGTTTCCAAGTCAGGATATGTGCCTTTCAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140432 TGCAGCAATCCCTTTGAGTTTCCAAGTCAGGATATGTGCCTTTCAGCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAAGAGAATTGAAG         AAGAGAAGCCAGATTGCTCCAAGGCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 140482 AAAGAGAATTGAAGGTA...TAGAAGAGAAGCCAGATTGCTCCAAGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCTGTGAAGTCCAGTTCTCTCCACGTTGTCCTGAAGATTCTGTTCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184993 GCTGTGAAGTCCAGTTCTCTCCACGTTGTCCTGAAGATTCTGTTCTGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGGGTTATGCTCCTCCTGGGGAGTGCTGTCCCTTACCCAGCCGCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185043 GAGGGTTATGCTCCTCCTGGGGAGTGCTGTCCCTTACCCAGCCGCTGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTGCAACCCCGCAGGCTGTCTGCGCAAAGTCTGCCAGCCGGGAAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185093 GTGCAACCCCGCAGGCTGTCTGCGCAAAGTCTGCCAGCCGGGAAACCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACATACTAGTGTCAAAAGCCTCAGGGAAGCCGGGAGAGTGCTGTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185143 ACATACTAGTGTCAAAAGCCTCAGGGAAGCCGGGAGAGTGCTGTGACCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TATGAGTGCAAACCAG         TTTTCGGCGTGGACTGCAGGACTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 185193 TATGAGTGCAAACCAGGTA...CAGTTTTCGGCGTGGACTGCAGGACTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAATGCCCTCCTGTTCAGCAGACCGCGTGTCCCCCGGACAGCTATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186348 GGAATGCCCTCCTGTTCAGCAGACCGCGTGTCCCCCGGACAGCTATGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTCAAGTCAGACTAACTGCAGATGGTTGCTGTACTTTGCCAACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 186398 CTCAAGTCAGACTAACTGCAGATGGTTGCTGTACTTTGCCAACAAGGTT.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870      ATGCGAGTGTCTCTCTGGCTTATGTGGTTTCCCCGTGTGTGAGGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186448 ..CAGATGCGAGTGTCTCTCTGGCTTATGTGGTTTCCCCGTGTGTGAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGGATCCACTCCCCGCATAGTCTCTCGTGGCGATGGGACACCTGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208287 GGGATCCACTCCCCGCATAGTCTCTCGTGGCGATGGGACACCTGGAAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCTGTGATGTCTTTGAATGTGTTAATG         ATACAAAGCCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 208337 GCTGTGATGTCTTTGAATGTGTTAATGGTA...CAGATACAAAGCCAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGCGTATTTAACAATGTGGAATATTATGATGGAGACATGTTTCGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220611 TGCGTATTTAACAATGTGGAATATTATGATGGAGACATGTTTCGAATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAACTGTCGGTTCTGTCGATGCCAAGGGGGCGTTGCCATCTGCTTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220661 CAACTGTCGGTTCTGTCGATGCCAAGGGGGCGTTGCCATCTGCTTCACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCCAGTGTGGTGAGATAAACTGCGAGAGGTACTACGTGCCCGAAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220711 CCCAGTGTGGTGAGATAAACTGCGAGAGGTACTACGTGCCCGAAGGAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGCTGCCCAGTGTGTGAAG         ATCCAGTGTATCCTTTTAATAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 220761 TGCTGCCCAGTGTGTGAAGGTA...TAGATCCAGTGTATCCTTTTAATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCCCGCTGGCTGCTATGCCAATGGCCTGATCCTTGCCCACGGAGACCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223227 TCCCGCTGGCTGCTATGCCAATGGCCTGATCCTTGCCCACGGAGACCGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGCGGGAAGACGACTGCACATTCTGCCAGTGCGTCAACGGTGAACGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223277 GGCGGGAAGACGACTGCACATTCTGCCAGTGCGTCAACGGTGAACGCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTCGTTGCGACCGTCTGCGGACAGACCTGCACAAACCCTGTGAAAGTGCC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223327 TGCGTTGCGACCGTCTGCGGACAGACCTGCACAAACCCTGTGAAAGTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGGGGAGTGTTGCCCTGTGTGCGAAG         AACCAACCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 223377 TGGGGAGTGTTGCCCTGTGTGCGAAGGTA...TAGAACCAACCATCATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CAGTTGATCCACCTGCATGTGGGGAGTTATCAAACTGCACTCTGACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242942 CAGTTGATCCACCTGCATGTGGGGAGTTATCAAACTGCACTCTGACAGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGGACTGCATTAATGGTTTCAAACGCGATCACAATGGTTGTCGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242992 AAGGACTGCATTAATGGTTTCAAACGCGATCACAATGGTTGTCGGACCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TCAGTGCATAAACA         CCGAGGAACTATGTTCAGAACGTAAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 243042 TCAGTGCATAAACAGTG...CAGCCGAGGAACTATGTTCAGAACGTAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AAGGCTGCACCTTGAACTGTCCCTTCGGTTTCCTTACTGATGCCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253718 AAGGCTGCACCTTGAACTGTCCCTTCGGTTTCCTTACTGATGCCCAAAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TGTGAGATCTGTGAGTGCCGCCCAAGGCCCAAGAAGTGCAGACCCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253768 TGTGAGATCTGTGAGTGCCGCCCAAGGCCCAAGAAGTGCAGACCCATAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CTGTGACAAGTATTGTCCACTTGGATTGCT         GAAGAATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 253818 CTGTGACAAGTATTGTCCACTTGGATTGCTGTA...CAGGAAGAATAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACGGCTGTGACATCTGTCGCTGTAAGAAATGTCCAGAGCTCTCATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255992 ACGGCTGTGACATCTGTCGCTGTAAGAAATGTCCAGAGCTCTCATGCAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AAGATCTGCCCCTTGGGTTTCCAGCAGGACAGTCACGGCTGTCTTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256042 AAGATCTGCCCCTTGGGTTTCCAGCAGGACAGTCACGGCTGTCTTATCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CAAGTGCAGAG         AGGCCTCTGCTTCAGCTGGGCCACCCATCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 256092 CAAGTGCAGAGGTA...CAGAGGCCTCTGCTTCAGCTGGGCCACCCATCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGTCGGGCACTTGTCTCACCGTGGATGGTCATCATCATAAAAATGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257294 TGTCGGGCACTTGTCTCACCGTGGATGGTCATCATCATAAAAATGAGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 AGCTGGCACGATGGGTGCCGGGAATGCTACTGTCTCAATGGACGGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257344 AGCTGGCACGATGGGTGCCGGGAATGCTACTGTCTCAATGGACGGGAAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GTGTGCCCTGATCACCTGCCCGGTGCCTGCCTGTGGCAACCCCACCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257394 GTGTGCCCTGATCACCTGCCCGGTGCCTGCCTGTGGCAACCCCACCATTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 ACCCTGGACAGTGCTGCCCATCATGTGCAG         ATGACTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 257444 ACCCTGGACAGTGCTGCCCATCATGTGCAGGTA...CAGATGACTTTGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GTGCAGAAGCCAGAGCTCAGTACTCCCTCCATTTGCCACGCCCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261046 GTGCAGAAGCCAGAGCTCAGTACTCCCTCCATTTGCCACGCCCCTGGAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 AGAATACTTTGTGGAAGGAGAAACGTGGAACATTGACTCCTGTACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261096 AGAATACTTTGTGGAAGGAGAAACGTGGAACATTGACTCCTGTACTCAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 GCACCTGCCACAGCGGACGGGTGCTGTGTGAGACAGAGGTGTGCCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261146 GCACCTGCCACAGCGGACGGGTGCTGTGTGAGACAGAGGTGTGCCCACCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 CTGCTCTGCCAGAACCCCTCACGCACCCAGGATTCCTGCTGCCCACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261196 CTGCTCTGCCAGAACCCCTCACGCACCCAGGATTCCTGCTGCCCACAGTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TACAG         ATCAACCTTTTCGGCCTTCCTTGTCCCGCAATAACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261246 TACAGGTA...CAGATCAACCTTTTCGGCCTTCCTTGTCCCGCAATAACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 GCGTACCTAATTACTGCAAAAATGATGAAGGGGATATATTCCTGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265836 GCGTACCTAATTACTGCAAAAATGATGAAGGGGATATATTCCTGGCAGCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GAGTCCTGGAAGCCTGACGTTTGTACCAGCTGCATCTGCATTGATAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265886 GAGTCCTGGAAGCCTGACGTTTGTACCAGCTGCATCTGCATTGATAGCGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 AATTAGCTGTTTCTCTGAGTCCTGCCCTTCTGTATCCTGTGAAAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265936 AATTAGCTGTTTCTCTGAGTCCTGCCCTTCTGTATCCTGTGAAAGACCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TCTTGAGAAAAGGCCAGTGTTGTCCCTACTGCATAG         AAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 265986 TCTTGAGAAAAGGCCAGTGTTGTCCCTACTGCATAGGTA...TAGAAGAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 ACAATTCCAAAGAAGGTGGTGTGCCACTTCAGTGGGAAGGCCTATGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281065 ACAATTCCAAAGAAGGTGGTGTGCCACTTCAGTGGGAAGGCCTATGCCGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 CGAGGAGCGGTGGGACCTTGACAGCTGCACCCACTGCTACTGCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281115 CGAGGAGCGGTGGGACCTTGACAGCTGCACCCACTGCTACTGCCTGCAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 GCCAGACCCTCTGCTCGACCGTCAGCTGCCCCCCTCTGCCCTGTGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281165 GCCAGACCCTCTGCTCGACCGTCAGCTGCCCCCCTCTGCCCTGTGTTGAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 CCCATCAACGTGGAAGGAAGTTGCTGCCCAATGTGTCCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 281215 CCCATCAACGTGGAAGGAAGTTGCTGCCCAATGTGTCCAGGTA...TAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 AATGTATGTCCCAGAACCAACCAATATACCCATTGAGAAGACAAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288085 AATGTATGTCCCAGAACCAACCAATATACCCATTGAGAAGACAAACCATC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2675 GAGGAGAGGTTGACCTGGAGGTTCCCCTGTGGCCCACGCCTAGTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288135 GAGGAGAGGTTGACCTGGAGGTTCCCCTGTGGCCCACGCCTAGTGAAAAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 GATATCGTCCATCTCCCTAGAG         ATATGGGTCACCTCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 288185 GATATCGTCCATCTCCCTAGAGGTA...TAGATATGGGTCACCTCCAGGT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 AGATTACAGAGATAACAGGCTGCACCCAAGTGAAGATTCTTCACTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290711 AGATTACAGAGATAACAGGCTGCACCCAAGTGAAGATTCTTCACTGGACT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 CCATTGCCTCAGTTGTGGTTCCCATAATTATATGCCTCTCTATTATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290761 CCATTGCCTCAGTTGTGGTTCCCATAATTATATGCCTCTCTATTATAATA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2866 GCATTCCTATTCATCAATCAGAAGAAACAGTGGATACCACTGCTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290811 GCATTCCTATTCATCAATCAGAAGAAACAGTGGATACCACTGCTTTGCTG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2916 GTATCGAACACCAACTAAG         CCTTCTTCCTTAAATAATCAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 290861 GTATCGAACACCAACTAAGGTA...TAGCCTTCTTCCTTAAATAATCAGC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2957 TAGTATCTGTGGACTGCAAGAAAGGAACCAGAGTCCAGGTGGACAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292255 TAGTATCTGTGGACTGCAAGAAAGGAACCAGAGTCCAGGTGGACAGTTCC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3007 CAGAGAATGCTAAGAATTGCAGAACCAGATGCAAGATTCAGTGGCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292305 CAGAGAATGCTAAGAATTGCAGAACCAGATGCAAGATTCAGTGGCTTCTA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3057 CAGCATGCAAAAACAGAACCATCTACAGGCAGACAATTTCTACCAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292355 CAGCATGCAAAAACAGAACCATCTACAGGCAGACAATTTCTACCAAACAG

   3250 
   3107 TG
        ||
 292405 TG