seq1 = pF1KB3797.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KB3797/gi568815593r_161194084.tfa (gi568815593r:161194084_161646643), 452560 bp

>pF1KB3797 1422
>gi568815593r:161194084_161646643 (Chr5)

(complement)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-169  (100231-100322)   100% ->
170-237  (101350-101417)   100% ->
238-458  (186800-187020)   100% ->
459-541  (235587-235669)   100% ->
542-679  (309875-310012)   100% ->
680-832  (311740-311892)   100% ->
833-1077  (315517-315761)   100% ->
1078-1422  (352216-352560)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAGAGTGCGGAAAAGGGGCTACTTTGGGATTTGGTCCTTCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGAGAGTGCGGAAAAGGGGCTACTTTGGGATTTGGTCCTTCCCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATAATCGCCGCTGTCTGTGCGCAGAG         TGTCAATGACCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 AATAATCGCCGCTGTCTGTGCGCAGAGGTA...TAGTGTCAATGACCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAATATGTCGCTGGTTAAAGAGACGGTGGATAGACTCCTGAAAGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100245 GTAATATGTCGCTGGTTAAAGAGACGGTGGATAGACTCCTGAAAGGCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACATTCGTCTGAGACCAGATTTTGGAG         GTCCCCCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100295 GACATTCGTCTGAGACCAGATTTTGGAGGTA...CAGGTCCCCCCGTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGGGGATGAACATTGACATTGCCAGCATCGATATGGTTTCTGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101363 TGTGGGGATGAACATTGACATTGCCAGCATCGATATGGTTTCTGAAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATATG         GATTATACCTTGACAATGTACTTTCAACAAGCCTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101413 ATATGGTG...CAGGATTATACCTTGACAATGTACTTTCAACAAGCCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAGATAAGAGGCTGTCCTATAATGTAATACCTTTAAACTTGACTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186836 AGAGATAAGAGGCTGTCCTATAATGTAATACCTTTAAACTTGACTCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACAGAGTGGCAGACCAGCTCTGGGTGCCTGATACCTATTTCCTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186886 CAACAGAGTGGCAGACCAGCTCTGGGTGCCTGATACCTATTTCCTGAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAAGAAGTCATTTGTGCACGGAGTGACTGTTAAGAACCGCATGATTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186936 ATAAGAAGTCATTTGTGCACGGAGTGACTGTTAAGAACCGCATGATTCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCATCCTGATGGCACCGTCCTTTATGGACTCAG         AATCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 186986 CTGCATCCTGATGGCACCGTCCTTTATGGACTCAGGTC...TAGAATCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACCACAGCTGCCTGCATGATGGACCTAAGGAGGTACCCACTGGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235593 AACCACAGCTGCCTGCATGATGGACCTAAGGAGGTACCCACTGGATGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAACTGCACCTTGGAAATTGAGAGCT         ATGGATACACAACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 235643 AAAACTGCACCTTGGAAATTGAGAGCTGTA...CAGATGGATACACAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGACATTGAGTTTTACTGGCGTGGCGATGATAATGCAGTAACAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309889 GATGACATTGAGTTTTACTGGCGTGGCGATGATAATGCAGTAACAGGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACGAAAATTGAACTTCCACAGTTCTCTATTGTAGATTACAAACTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309939 AACGAAAATTGAACTTCCACAGTTCTCTATTGTAGATTACAAACTTATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAAGAAGGTTGTTTTTTCCACAG         GTTCCTATCCCAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 309989 CCAAGAAGGTTGTTTTTTCCACAGGTT...TAGGTTCCTATCCCAGGTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCCTCAGCTTTAAGCTTAAGAGAAACATTGGCTACTTTATCCTGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311757 TCCCTCAGCTTTAAGCTTAAGAGAAACATTGGCTACTTTATCCTGCAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATACATGCCTTCCATCCTGATTACCATCCTCTCCTGGGTCTCCTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311807 ATACATGCCTTCCATCCTGATTACCATCCTCTCCTGGGTCTCCTTCTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTAATTACGATGCTTCAGCTGCAAGGGTGGCATTAG         GAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 311857 TTAATTACGATGCTTCAGCTGCAAGGGTGGCATTAGGTA...CAGGAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACAACTGTCCTCACAATGACCACAATCAACACCCACCTCCGGGAAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315522 ACAACTGTCCTCACAATGACCACAATCAACACCCACCTCCGGGAAACTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCTAAAATCCCCTATGTGAAGGCCATTGACATGTACCTGATGGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315572 CCCTAAAATCCCCTATGTGAAGGCCATTGACATGTACCTGATGGGGTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGTCTTCGTTTTCATGGCCCTTCTGGAATATGCCCTAGTCAACTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315622 TTGTCTTCGTTTTCATGGCCCTTCTGGAATATGCCCTAGTCAACTACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTCTTTGGGAGGGGGCCCCAACGCCAAAAGAAAGCAGCTGAGAAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315672 TTCTTTGGGAGGGGGCCCCAACGCCAAAAGAAAGCAGCTGAGAAGGCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGTGCCAACAATGAGAAGATGCGCCTGGATGTCAACAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 315722 CAGTGCCAACAATGAGAAGATGCGCCTGGATGTCAACAAGGTA...CAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGACCCCCATGAGAACATCTTACTGAGCACTCTCGAGATAAAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352217 TGGACCCCCATGAGAACATCTTACTGAGCACTCTCGAGATAAAAAATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGGCCACATCTGAGGCTGTGATGGGACTTGGAGACCCCAGAAGCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352267 ATGGCCACATCTGAGGCTGTGATGGGACTTGGAGACCCCAGAAGCACAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTAGCCTATGATGCCTCCAGCATCCAGTATCGGAAAGCTGGGTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352317 GCTAGCCTATGATGCCTCCAGCATCCAGTATCGGAAAGCTGGGTTGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGCATAGTTTTGGCCGAAATGCTCTGGAACGACATGTGGCGCAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352367 GGCATAGTTTTGGCCGAAATGCTCTGGAACGACATGTGGCGCAAAAGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGTCGCCTGAGGAGACGCGCCTCCCAACTGAAAATCACCATCCCTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352417 AGTCGCCTGAGGAGACGCGCCTCCCAACTGAAAATCACCATCCCTGACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GACTGATGTGAATGCCATAGATCGGTGGTCCCGCATATTCTTCCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352467 GACTGATGTGAATGCCATAGATCGGTGGTCCCGCATATTCTTCCCAGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TTTTTTCCTTCTTCAACATCGTCTATTGGCTTTATTATGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352517 TTTTTTCCTTCTTCAACATCGTCTATTGGCTTTATTATGTGAAC