seq1 = pF1KB3766.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KB3766/gi568815585f_95577256.tfa (gi568815585f:95577256_95891027), 313772 bp

>pF1KB3766 1512
>gi568815585f:95577256_95891027 (Chr13)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-193  (131972-132082)   100% ->
194-318  (145987-146111)   100% ->
319-393  (147923-147997)   100% ->
394-546  (180389-180541)   100% ->
547-728  (182785-182966)   100% ->
729-848  (183424-183543)   100% ->
849-954  (186388-186493)   100% ->
955-1075  (186578-186698)   100% ->
1076-1208  (208684-208816)   100% ->
1209-1357  (209752-209900)   100% ->
1358-1512  (213618-213772)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCCCCCGGCTCCGTGACCAGCCGGCTGGGCTCGGTATTCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCCCCCGGCTCCGTGACCAGCCGGCTGGGCTCGGTATTCCCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTAGTCCTGGTGGATCTGCAGTACGAAG         GTGCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 CCTGCTAGTCCTGGTGGATCTGCAGTACGAAGGTG...TAGGTGCTGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGAGTAAATGCAGATGTTGAGAAACATCTTGAATTGGGCAAGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131981 GTGGAGTAAATGCAGATGTTGAGAAACATCTTGAATTGGGCAAGAAATTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGCAGCTGGACAGCTAGCTGATGCTTTATCTCAGTTTCATGCTGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132031 CTTGCAGCTGGACAGCTAGCTGATGCTTTATCTCAGTTTCATGCTGCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         ATGGTGACCCTGATAACTATATTGCTTATTATCGGAGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132081 AGGTT...CAGATGGTGACCCTGATAACTATATTGCTTATTATCGGAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTACTGTCTTTTTAGCTATGGGCAAATCAAAAGCTGCACTTCCTGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146026 CTACTGTCTTTTTAGCTATGGGCAAATCAAAAGCTGCACTTCCTGATTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTAAAGTGATTCAATTGAAGATGGACTTCACTGCA         GCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 146076 ACTAAAGTGATTCAATTGAAGATGGACTTCACTGCAGTA...TAGGCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTACAGAGAGGTCACTTATTACTCAAACAAGGAAAACTTGATGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147928 ATTACAGAGAGGTCACTTATTACTCAAACAAGGAAAACTTGATGAAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGATGATTTTAAAAAAGTG         CTCAAATCTAATCCAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 147978 AAGATGATTTTAAAAAAGTGGTA...TAGCTCAAATCTAATCCAAGTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGAAGAAAAGGAAGCACAGTCTCAACTTATAAAATCTGATGAAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180410 AATGAAGAAAAGGAAGCACAGTCTCAACTTATAAAATCTGATGAAATGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCGTTTGCGTTCACAAGCACTTAACGCTTTTGGAAGTGGAGATTATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180460 GCGTTTGCGTTCACAAGCACTTAACGCTTTTGGAAGTGGAGATTATACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGCTATAGCCTTCCTTGATAAGATTTTAGAG         GTTTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 180510 CTGCTATAGCCTTCCTTGATAAGATTTTAGAGGTA...AAGGTTTGTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGGGATGCAGAACTACGGGAACTTCGAGCTGAATGTTTTATAAAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182794 TGGGATGCAGAACTACGGGAACTTCGAGCTGAATGTTTTATAAAAGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAACCTAGGAAAGCTATAAGTGACTTAAAAGCTGCGTCAAAGTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182844 AGAACCTAGGAAAGCTATAAGTGACTTAAAAGCTGCGTCAAAGTTGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGATAATACTGAAGCGTTTTATAAAATAAGCACACTGTACTACCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182894 ATGATAATACTGAAGCGTTTTATAAAATAAGCACACTGTACTACCAACTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAGACCACGAACTGTCCCTCAG         TGAAGTTCGGGAATGTCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 182944 GGAGACCACGAACTGTCCCTCAGGTC...CAGTGAAGTTCGGGAATGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAACTTGACCAGGATCATAAAAGGTGTTTTGCACACTATAAACAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183442 TAAACTTGACCAGGATCATAAAAGGTGTTTTGCACACTATAAACAAGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAAACTTAATAAGCTGATTGAGTCAGCTGAAGAGCTCATCAGAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183492 AGAAACTTAATAAGCTGATTGAGTCAGCTGAAGAGCTCATCAGAGATGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AG         ATACACAGATGCTACCAGCAAATATGAATCTGTCATGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183542 AGGTG...TAGATACACAGATGCTACCAGCAAATATGAATCTGTCATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AACAGAGCCAAGCATTGCTGAATATACAGTTCGTTCAAAGGAGAGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186427 AACAGAGCCAAGCATTGCTGAATATACAGTTCGTTCAAAGGAGAGGATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCACTGCTTTTCTAAG         GACGAGAAGCCTGTTGAAGCTATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 186477 GCCACTGCTTTTCTAAGGTA...TAGGACGAGAAGCCTGTTGAAGCTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGGGTTTGTTCTGAAGTTTTACAGATGGAACCTGACAATGTGAATGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186602 AGGGTTTGTTCTGAAGTTTTACAGATGGAACCTGACAATGTGAATGCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAAGATCGAGCAGAGGCCTATTTGATAGAGGAAATGTATGATGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 186652 GAAAGATCGAGCAGAGGCCTATTTGATAGAGGAAATGTATGATGAAGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1076       CTATTCAGGATTATGAAACTGCTCAGGAACACAATGAAAATGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186702 ...CAGCTATTCAGGATTATGAAACTGCTCAGGAACACAATGAAAATGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGCAGATTCGAGAAGGTCTAGAGAAAGCACAAAGATTATTGAAACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208728 CAGCAGATTCGAGAAGGTCTAGAGAAAGCACAAAGATTATTGAAACAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCAGAAACGAGATTATTATAAAATCTTGGGAGTAAAAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 208778 GCAGAAACGAGATTATTATAAAATCTTGGGAGTAAAAAGGTG...CAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGCCAAAAAGCAAGAAATTATTAAAGCATACCGAAAATTAGCACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209754 ATGCCAAAAAGCAAGAAATTATTAAAGCATACCGAAAATTAGCACTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGGCACCCAGATAACTTCCAGAATGAAGAAGAAAAGAAAAAAGCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209804 TGGCACCCAGATAACTTCCAGAATGAAGAAGAAAAGAAAAAAGCTGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAAGTTCATTGATATAGCAGCTGCTAAAGAAGTCCTCTCTGATCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 209854 AAAGTTCATTGATATAGCAGCTGCTAAAGAAGTCCTCTCTGATCCAGGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1358       AAATGAGAAAGAAGTTTGACGACGGAGAAGATCCTTTGGATGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209904 ...TAGAAATGAGAAAGAAGTTTGACGACGGAGAAGATCCTTTGGATGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGAGCCAGCAAGGAGGCGGCGGCAACCCTTTCCACAGAAGCTGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213662 GAGAGCCAGCAAGGAGGCGGCGGCAACCCTTTCCACAGAAGCTGGAACTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATGGCAAGGGTTCAATCCCTTCAGCTCAGGCGGACCATTTAGATTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213712 ATGGCAAGGGTTCAATCCCTTCAGCTCAGGCGGACCATTTAGATTTAAAT

   1600     .    :
   1502 TCCACTTCAAT
        |||||||||||
 213762 TCCACTTCAAT