seq1 = pF1KB3765.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KB3765/gi568815584f_73048020.tfa (gi568815584f:73048020_73319286), 271267 bp

>pF1KB3765 1401
>gi568815584f:73048020_73319286 (Chr14)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-338  (122778-123028)   100% ->
339-480  (125547-125688)   100% ->
481-548  (138834-138901)   100% ->
549-769  (144625-144845)   100% ->
770-868  (150012-150110)   100% ->
869-955  (158367-158453)   100% ->
956-1129  (163750-163923)   100% ->
1130-1248  (169107-169225)   100% ->
1249-1401  (171115-171267)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGAGTTACCTGCACCGTTGTCCTACTTCCAGAATGCACAGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGAGTTACCTGCACCGTTGTCCTACTTCCAGAATGCACAGATGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGACAACCACCTGAGCAATACTGTACGTAGCCAG         AATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 TGAGGACAACCACCTGAGCAATACTGTACGTAGCCAGGTA...TAGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAATAGAGAACGGCAGGAGCACAACGACAGACGGAGCCTTGGCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122782 ACAATAGAGAACGGCAGGAGCACAACGACAGACGGAGCCTTGGCCACCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCCATTATCTAATGGACGACCCCAGGGTAACTCCCGGCAGGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122832 GAGCCATTATCTAATGGACGACCCCAGGGTAACTCCCGGCAGGTGGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAAGATGAGGAAGAAGATGAGGAGCTGACATTGAAATATGGCGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122882 GCAAGATGAGGAAGAAGATGAGGAGCTGACATTGAAATATGGCGCCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGATCATGCTCTTTGTCCCTGTGACTCTCTGCATGGTGGTGGTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122932 ATGTGATCATGCTCTTTGTCCCTGTGACTCTCTGCATGGTGGTGGTCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTACCATTAAGTCAGTCAGCTTTTATACCCGGAAGGATGGGCAGCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 122982 GCTACCATTAAGTCAGTCAGCTTTTATACCCGGAAGGATGGGCAGCTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339       AATCTATACCCCATTCACAGAAGATACCGAGACTGTGGGCCAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123032 ...TAGAATCTATACCCCATTCACAGAAGATACCGAGACTGTGGGCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGCCCTGCACTCAATTCTGAATGCTGCCATCATGATCAGTGTCATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125591 GAGCCCTGCACTCAATTCTGAATGCTGCCATCATGATCAGTGTCATTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCATGACTATCCTCCTGGTGGTTCTGTATAAATACAGGTGCTATAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 125641 GTCATGACTATCCTCCTGGTGGTTCTGTATAAATACAGGTGCTATAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481        GTCATCCATGCCTGGCTTATTATATCATCTCTATTGTTGCTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125691 G...TAGGTCATCCATGCCTGGCTTATTATATCATCTCTATTGTTGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTTTTTTCATTCATTTACTTGGG         GGAAGTGTTTAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 138877 TCTTTTTTTCATTCATTTACTTGGGGTA...CAGGGAAGTGTTTAAAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATAACGTTGCTGTGGACTACATTACTGTTGCACTCCTGATCTGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144641 TATAACGTTGCTGTGGACTACATTACTGTTGCACTCCTGATCTGGAATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGTGTGGTGGGAATGATTTCCATTCACTGGAAAGGTCCACTTCGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144691 TGGTGTGGTGGGAATGATTTCCATTCACTGGAAAGGTCCACTTCGACTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCAGGCATATCTCATTATGATTAGTGCCCTCATGGCCCTGGTGTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144741 AGCAGGCATATCTCATTATGATTAGTGCCCTCATGGCCCTGGTGTTTATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGTACCTCCCTGAATGGACTGCGTGGCTCATCTTGGCTGTGATTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144791 AAGTACCTCCCTGAATGGACTGCGTGGCTCATCTTGGCTGTGATTTCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATATG         ATTTAGTGGCTGTTTTGTGTCCGAAAGGTCCACTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144841 ATATGGTA...TAGATTTAGTGGCTGTTTTGTGTCCGAAAGGTCCACTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTATGCTGGTTGAAACAGCTCAGGAGAGAAATGAAACGCTTTTTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150048 GTATGCTGGTTGAAACAGCTCAGGAGAGAAATGAAACGCTTTTTCCAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTCATTTACTCCT         CAACAATGGTGTGGTTGGTGAATATGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 150098 CTCATTTACTCCTGTA...CAGCAACAATGGTGTGGTTGGTGAATATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAGGAGACCCGGAAGCTCAAAGGAGAGTATCCAAAAATTCCAAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158395 AGAAGGAGACCCGGAAGCTCAAAGGAGAGTATCCAAAAATTCCAAGTATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGCAGAAA         GCACAGAAAGGGAGTCACAAGACACTGTTGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 158445 ATGCAGAAAGTA...AAGGCACAGAAAGGGAGTCACAAGACACTGTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGAATGATGATGGCGGGTTCAGTGAGGAATGGGAAGCCCAGAGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163782 GAGAATGATGATGGCGGGTTCAGTGAGGAATGGGAAGCCCAGAGGGACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCATCTAGGGCCTCATCGCTCTACACCTGAGTCACGAGCTGCTGTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163832 TCATCTAGGGCCTCATCGCTCTACACCTGAGTCACGAGCTGCTGTCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AACTTTCCAGCAGTATCCTCGCTGGTGAAGACCCAGAGGAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 163882 AACTTTCCAGCAGTATCCTCGCTGGTGAAGACCCAGAGGAAAGTA...TA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130  GGGGAGTAAAACTTGGATTGGGAGATTTCATTTTCTACAGTGTTCTGGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169106 GGGGGAGTAAAACTTGGATTGGGAGATTTCATTTTCTACAGTGTTCTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGTAAAGCCTCAGCAACAGCCAGTGGAGACTGGAACACAACCATAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169156 TGGTAAAGCCTCAGCAACAGCCAGTGGAGACTGGAACACAACCATAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTTTCGTAGCCATATTAATT         GGTTTGTGCCTTACATTATTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 169206 GTTTCGTAGCCATATTAATTGTA...CAGGGTTTGTGCCTTACATTATTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCCTTGCCATTTTCAAGAAAGCATTGCCAGCTCTTCCAATCTCCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171136 CTCCTTGCCATTTTCAAGAAAGCATTGCCAGCTCTTCCAATCTCCATCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTTTGGGCTTGTTTTCTACTTTGCCACAGATTATCTTGTACAGCCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171186 CTTTGGGCTTGTTTTCTACTTTGCCACAGATTATCTTGTACAGCCTTTTA

   1450     .    :    .    :    .    :
   1370 TGGACCAATTAGCATTCCATCAATTTTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 171236 TGGACCAATTAGCATTCCATCAATTTTATATC