seq1 = pF1KB3758.tfa, 1782 bp
seq2 = pF1KB3758/gi568815581r_41624704.tfa (gi568815581r:41624704_41834634), 209931 bp

>pF1KB3758 1782
>gi568815581r:41624704_41834634 (Chr17)

(complement)

1-469  (100001-100469)   99% ->
470-549  (101837-101916)   100% ->
550-714  (102241-102405)   100% ->
715-896  (102517-102698)   100% ->
897-1002  (102892-102997)   100% ->
1003-1069  (103076-103142)   100% ->
1070-1200  (106304-106434)   99% ->
1201-1292  (107491-107582)   100% ->
1293-1331  (108738-108776)   100% ->
1332-1782  (109481-109931)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCGAGGAGGTTGGGCCGGTGCTGCGCGGGGAGCCGGCTCGGACC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCCCGAAGAGGTTGGGCCGGTGCTGCGCGGGGAGCCGGCTCGGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGACCCAGCAGCACTCACCTGTGCACCTTCGCCCTCAGCCAGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGACCCAGCAGCACTCACCTGTGCACCTTCGCCCTCAGCCAGTCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCGGAGCCCTCTGCGCAGCCGCAGGCACGGGGCACTGGACAGAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCCGGAGCCCTCTGCGCAGCCGCAGGCACGGGGCACTGGACAGAGAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGATCCCGAGCCACCTCTGGAACCCAGTTCCTCTCGGAAGCCCGCACCGG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGATCCCGAGCCACCTCTGGATCCCAGTTCCTCTCGGAAGCCCGCACCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCTCGCCCGGCCTCGGAGGCTGGAGCCAAGGCAGGAGCCCGGCGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCTCGCCCGGCCTCGGAGGCTGGAGCCAAGGCAGGAGCCCGGCGCCCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGCATTCTCGGCCATCCAAGGGGATGTCCGGTCTATGCCCGACAATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGCATTCTCGGCCATCCAAGGGGATGTCCGGTCTATGCCCGACAATTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACGCGCCGTGGACCCGCTTCGTATTCCAAGGGCCGTTTGGTTCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACGCGCCGTGGACCCGCTTCGTATTCCAAGGGCCGTTTGGTTCCCGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACTGGCCGGGGGACTGGAAAGGCAGCGGGCATCTGGAAGACGCCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACTGGCCGGGGGACTGGAAAGGCAGCGGGCATCTGGAAGACGCCAGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTACGTTGGCCGGCGACCCGGGGTGTCCGGCCCTGAGCGCGCCGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTACGTTGGCCGGCGACCCGGGGTGTCCGGCCCTGAGCGCGCCGCCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTCGGGAGCTGGAGGAAG         CACTGTGTCCTAACCTACCTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100451 ATTCGGGAGCTGGAGGAAGGTA...CAGCACTGTGTCCTAACCTACCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCAGTCAAAAAGATCACCCAGGAAGACGTCAAAGTGATGTTATATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101859 GCCAGTCAAAAAGATCACCCAGGAAGACGTCAAAGTGATGTTATATTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGAGGAG         CTTCTCCCACCTGTCTGGGAGAGCGTTACCTAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101909 TGGAGGAGGTG...CAGCTTCTCCCACCTGTCTGGGAGAGCGTTACCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGATGGTCCTGCAGAGAGAGAGGGACCTGAACACTGCAGCTCGCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102274 GGGATGGTCCTGCAGAGAGAGAGGGACCTGAACACTGCAGCTCGCATCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGTCCCTGGTGAAACAGAACAGTGTTTTGATGGAGGAGAACAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102324 CCAGTCCCTGGTGAAACAGAACAGTGTTTTGATGGAGGAGAACAGCAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGGAAGCCCTGCTGGGCTCAGCCAAGGAGGAG         ATTTTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102374 TGGAAGCCCTGCTGGGCTCAGCCAAGGAGGAGGTA...CAGATTTTATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTCAGACACCAGGTGAACTTGCGGGATGAGCTCCTCCAGCTCTACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102526 CTCAGACACCAGGTGAACTTGCGGGATGAGCTCCTCCAGCTCTACTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTCTGATGAGGAGGATGAGGATGAAGAAGAGGAGGAGGAAGAAAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102576 TTCTGATGAGGAGGATGAGGATGAAGAAGAGGAGGAGGAAGAAAAGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGAAGAGGAACAGGAAGAAGAAGAAGCAGAGGAAGACCTGCAGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102626 CAGAAGAGGAACAGGAAGAAGAAGAAGCAGAGGAAGACCTGCAGTGTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CATCCCTGTGATGCCCCTAAGCT         GATTTCGCAGGAGGCATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102676 CATCCCTGTGATGCCCCTAAGCTGTG...TAGGATTTCGCAGGAGGCATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTGCACCAGCACCACTGCCCACAGCTGGAAGCCTTGCAGGAGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102910 GCTGCACCAGCACCACTGCCCACAGCTGGAAGCCTTGCAGGAGAAGCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGCTGCTGGAGGAGGAGAATCATCAGCTGAGAGAAGAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102960 GGCTGCTGGAGGAGGAGAATCATCAGCTGAGAGAAGAGGTG...CAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TCTCAACTCGACACTCTTGAGGATGAGGAACAGATGCTCATTCTGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103079 TCTCAACTCGACACTCTTGAGGATGAGGAACAGATGCTCATTCTGGAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGTGGAGCAGTTTT         TGGAGGCCAGCCAACAGATGGCTGAGC
        ||||||||||||||>>>...>>> ||||||||||||||||||||||||||
 103129 TGTGGAGCAGTTTTGTA...CAGCGGAGGCCAGCCAACAGATGGCTGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGTCGGAGGTGCTGGTGCTCAGGCTGGAAAACTATGAACGGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106331 TGTCGGAGGTGCTGGTGCTCAGGCTGGAAAACTATGAACGGCAGCAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAGGTCGCTCGGCTGCAGGCCCAGGTGCTGAAGCTGCAGCAGCGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106381 GAGGTCGCTCGGCTGCAGGCCCAGGTGCTGAAGCTGCAGCAGCGCTGCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GATG         GAGACTCTTCCTGGTTTCCAGGAGACGCTGGCTGAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106431 GATGGTG...TAGGAGACTCTTCCTGGTTTCCAGGAGACGCTGGCTGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGCTCAGAACGTCTCTAAGGAGGATGATCTCAGACCCTGTGTATTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107528 AGCTCAGAACGTCTCTAAGGAGGATGATCTCAGACCCTGTGTATTTTATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGAG         GAATTATGAGATGCCCAGAGGGGACACATCCAGCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107578 GAGAGGTG...AAGGAATTATGAGATGCCCAGAGGGGACACATCCAGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAG         GTATGATTTTCGCTACAGTGAGGATCGAGAGCAGGTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108774 AAGGTA...CAGGTATGATTTTCGCTACAGTGAGGATCGAGAGCAGGTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GGGGGTTTGAGGCTGAGGAAGGGTTGATGCTGGCAGCGGATATCATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109519 GGGGGTTTGAGGCTGAGGAAGGGTTGATGCTGGCAGCGGATATCATGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGGGAAGATTTCACGCCTGCGGAGGAGTTGGTGCCCCAGGAGGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 109569 GGGGAAGATTTCACGCCTGCGGAGGAGTTCGTGCCCCAGGAGGAGCTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGCTGCCAAGAAGGTGCCGGCTGAGGAAGGGGTGATGGAAGAGGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109619 GGCTGCCAAGAAGGTGCCGGCTGAGGAAGGGGTGATGGAAGAGGCAGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGGTGTCAGAGGAGACCGAGGGCTGGGAGGAGGTGGAACTGGAGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109669 TGGTGTCAGAGGAGACCGAGGGCTGGGAGGAGGTGGAACTGGAGCTGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GAGGCAACGCGGATGAACGTGGTGACATCAGCCCTGGAGGCCAGCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109719 GAGGCAACGCGGATGAACGTGGTGACATCAGCCCTGGAGGCCAGCGGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GGGCCCTTCACACCTGGACATGAATTATGTCCTCCAGCAGCTGGCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109769 GGGCCCTTCACACCTGGACATGAATTATGTCCTCCAGCAGCTGGCCAACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GGCAAGATGCCCATTACAGGCGGCAGCTGAGGTGGAAGATGCTCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109819 GGCAAGATGCCCATTACAGGCGGCAGCTGAGGTGGAAGATGCTCCAGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GGTGAGTGCCCCCACGGGGCCCTCCCTGCCGCCAGCCGGACAAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109869 GGTGAGTGCCCCCACGGGGCCCTCCCTGCCGCCAGCCGGACAAGCTGCAG

   1850     .    :
   1770 ATCGTCGTGCCGA
        |||||||||||||
 109919 ATCGTCGTGCCGA