seq1 = pF1KB3755.tfa, 1770 bp
seq2 = pF1KB3755/gi568815597f_239807452.tfa (gi568815597f:239807452_240009221), 201770 bp

>pF1KB3755 1770
>gi568815597f:239807452_240009221 (Chr1)

1-1770  (100001-101770)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTTGCACAATAACAGTACAACCTCGCCTTTGTTTCCAAACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTTGCACAATAACAGTACAACCTCGCCTTTGTTTCCAAACATCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTCCTGGATACACAGCCCCTCCGATGCAGGGCTGCCCCCGGGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTCCTGGATACACAGCCCCTCCGATGCAGGGCTGCCCCCGGGAACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACTCATTTCGGCAGCTACAATGTTTCTCGAGCAGCTGGCAATTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACTCATTTCGGCAGCTACAATGTTTCTCGAGCAGCTGGCAATTTCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTCCAGACGGTACCACCGATGACCCTCTGGGAGGTCATACCGTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTCCAGACGGTACCACCGATGACCCTCTGGGAGGTCATACCGTCTGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTGGTCTTCATCGCTTTCTTAACGGGCATCCTGGCCTTGGTGACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTGGTCTTCATCGCTTTCTTAACGGGCATCCTGGCCTTGGTGACCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGGCAACATCCTGGTAATTGTGTCATTTAAGGTCAACAAGCAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGGCAACATCCTGGTAATTGTGTCATTTAAGGTCAACAAGCAGCTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACGGTCAACAACTACTTCCTCTTAAGCCTGGCCTGTGCCGATCTGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACGGTCAACAACTACTTCCTCTTAAGCCTGGCCTGTGCCGATCTGATTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGGGTCATTTCAATGAATCTGTTTACGACCTACATCATCATGAATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGGGTCATTTCAATGAATCTGTTTACGACCTACATCATCATGAATCGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGCCTTAGGGAACTTGGCCTGTGACCTCTGGCTTGCCATTGACTACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGCCTTAGGGAACTTGGCCTGTGACCTCTGGCTTGCCATTGACTACGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAGCAATGCCTCTGTTATGAATCTTCTGGTCATCAGCTTTGACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAGCAATGCCTCTGTTATGAATCTTCTGGTCATCAGCTTTGACAGATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTTTCCATCACGAGGCCGCTCACGTACCGAGCCAAACGAACAACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTTTCCATCACGAGGCCGCTCACGTACCGAGCCAAACGAACAACAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GAGCCGGTGTGATGATCGGTCTGGCTTGGGTCATCTCCTTTGTCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GAGCCGGTGTGATGATCGGTCTGGCTTGGGTCATCTCCTTTGTCCTTTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTCCTGCCATCTTGTTCTGGCAATACTTTGTTGGAAAGAGAACTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTCCTGCCATCTTGTTCTGGCAATACTTTGTTGGAAAGAGAACTGTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCCGGGAGAGTGCTTCATTCAGTTCCTCAGTGAGCCCACCATTACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCCGGGAGAGTGCTTCATTCAGTTCCTCAGTGAGCCCACCATTACTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCACAGCCATCGCTGCTTTTTATATGCCTGTCACCATTATGACTATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCACAGCCATCGCTGCTTTTTATATGCCTGTCACCATTATGACTATTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACTGGAGGATCTATAAGGAAACTGAAAAGCGTACCAAAGAGCTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACTGGAGGATCTATAAGGAAACTGAAAAGCGTACCAAAGAGCTTGCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTGCAAGCCTCTGGGACAGAGGCAGAGACAGAAAACTTTGTCCACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTGCAAGCCTCTGGGACAGAGGCAGAGACAGAAAACTTTGTCCACCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGGGCAGTTCTCGAAGCTGCAGCAGTTACGAACTTCAACAGCAAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGGGCAGTTCTCGAAGCTGCAGCAGTTACGAACTTCAACAGCAAAGCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAACGCTCCAACAGGAGGAAGTATGGCCGCTGCCACTTCTGGTTCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAACGCTCCAACAGGAGGAAGTATGGCCGCTGCCACTTCTGGTTCACAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAAGAGCTGGAAACCCAGCTCCGAGCAGATGGACCAAGACCACAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAAGAGCTGGAAACCCAGCTCCGAGCAGATGGACCAAGACCACAGCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GTGACAGTTGGAACAACAATGATGCTGCTGCCTCCCTGGAGAACTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GTGACAGTTGGAACAACAATGATGCTGCTGCCTCCCTGGAGAACTCCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCCTCCGACGAGGAGGACATTGGCTCCGAGACGAGAGCCATCTACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCCTCCGACGAGGAGGACATTGGCTCCGAGACGAGAGCCATCTACTCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGTGCTCAAGCTTCCGGGTCACAGCACCATCCTCAACTCCACCAAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGTGCTCAAGCTTCCGGGTCACAGCACCATCCTCAACTCCACCAAGTTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCTCATCGGACAACCTGCAGGTGCCTGAGGAGGAGCTGGGGATGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCTCATCGGACAACCTGCAGGTGCCTGAGGAGGAGCTGGGGATGGTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TTGGAGAGGAAAGCCGACAAGCTGCAGGCCCAGAAGAGCGTGGACGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TTGGAGAGGAAAGCCGACAAGCTGCAGGCCCAGAAGAGCGTGGACGATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AGGCAGTTTTCCAAAAAGCTTCTCCAAGCTTCCCATCCAGCTAGAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AGGCAGTTTTCCAAAAAGCTTCTCCAAGCTTCCCATCCAGCTAGAGTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCGTGGACACAGCTAAGACTTCTGACGTCAACTCCTCAGTGGGTAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCGTGGACACAGCTAAGACTTCTGACGTCAACTCCTCAGTGGGTAAGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACGGCCACTCTACCTCTGTCCTTCAAGGAAGCCACTCTGGCCAAGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ACGGCCACTCTACCTCTGTCCTTCAAGGAAGCCACTCTGGCCAAGAGGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TGCTCTGAAGACCAGAAGTCAGATCACTAAGCGGAAAAGGATGTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TGCTCTGAAGACCAGAAGTCAGATCACTAAGCGGAAAAGGATGTCCCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TCAAGGAGAAGAAAGCGGCCCAGACCCTCAGTGCGATCTTGCTTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TCAAGGAGAAGAAAGCGGCCCAGACCCTCAGTGCGATCTTGCTTGCCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ATCATCACTTGGACCCCATACAACATCATGGTTCTGGTGAACACCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 ATCATCACTTGGACCCCATACAACATCATGGTTCTGGTGAACACCTTTTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TGACAGCTGCATACCCAAAACCTTTTGGAATCTGGGCTACTGGCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TGACAGCTGCATACCCAAAACCTTTTGGAATCTGGGCTACTGGCTGTGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACATCAACAGCACCGTGAACCCCGTGTGCTATGCTCTGTGCAACAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ACATCAACAGCACCGTGAACCCCGTGTGCTATGCTCTGTGCAACAAAACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TTCAGAACCACTTTCAAGATGCTGCTGCTGTGCCAGTGTGACAAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TTCAGAACCACTTTCAAGATGCTGCTGCTGTGCCAGTGTGACAAAAAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GAGGCGCAAGCAGCAGTACCAGCAGAGACAGTCGGTCATTTTTCACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GAGGCGCAAGCAGCAGTACCAGCAGAGACAGTCGGTCATTTTTCACAAGC

   1750     .    :    .    :
   1751 GCGCACCCGAGCAGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||
 101751 GCGCACCCGAGCAGGCCTTG