seq1 = pF1KB3738.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KB3738/gi568815583r_44727059.tfa (gi568815583r:44727059_44947563), 220505 bp

>pF1KB3738 1071
>gi568815583r:44727059_44947563 (Chr15)

(complement)

1-66  (85714-85779)   92% ->
67-100  (97177-97210)   100% ->
101-265  (100002-100166)   100% ->
266-425  (108034-108193)   96% ->
426-544  (112264-112382)   98% ->
545-610  (115172-115237)   93% ->
611-786  (115861-116035)   98% ->
787-908  (118993-119114)   100% ->
909-1071  (120343-120505)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCCAAGCCCAACAACCTTTCCCTGGTGGTGCACGGACC
        ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
  85714 ATGGCGGCGGCGGCCAAGCCCAAGAACCTCTCCCTGGTGGTGCATGGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGACTTGCGCCTG         GAGAACTATCCTATCCCTGAACCAG
         || ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  85764 AGGTGACTTGCGCCTGATA...TAGGAGAACTATCCTATCCCTGAACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCAAATG         AGGTCTTGCTGAGGATGCATTCTGTTGGAATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  97202 GCCCAAATGGTA...CAGAGGTCTTGCTGAGGATGCATTCTGTTGGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTGGCTCAGATGTCCACTACTGGGAGTATGGTCGAATTGGGAATTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100034 TGTGGCTCAGATGTCCACTACTGGGAGTATGGTCGAATTGGGAATTTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGAAAAAGCCCATGGTGCTGGGACATGAAGCTTCGGGAACAGTCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100084 TGTGAAAAAGCCCATGGTGCTGGGACATGAAGCTTCGGGAACAGTCGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGTGGGATCATCGGTAAAGCACCTAAAACCAG         GTGATCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100134 AAGTGGGATCATCGGTAAAGCACCTAAAACCAGGTC...CAGGTGATCGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTTGCCATCGAGCCTGGTGCTCCCCGAGAAAATGATGAATTCTGCAAGAT
        |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108042 GTTGCCATCGAATCTGGTGCTCCCCGAGAAAATGATGAATTCTGCAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGCCGATACAATCTGTCACCTTCCATCTTCTTCTGTGCCACACCCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 108092 GGGCCGATACAATCTGTCACCTTCCATCTTCTTCTGTGCCACACCCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGACGGGAACCTCTGCCGGTTCTATAAGCACAATGCAGCCTTTTGTTAC
        |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 108142 ATGATGGGAACCTCTGCCAGTTCTATAAGCACAATGCAGCCTTTTGTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AA         GCTTCCTGACAATGTCACCTTTGAGGAAGGCGCCCTGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108192 AAGTT...CAGGCTTCCTGACAATGTCACCTTTGAGGAAGGCGCCCTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAGCCACTTTCTGTGGGGATCCATGCCTGCAGGAGAGGCGGAGTTACCC
         || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112303 TGATCCACTTTCTGTGGGGATCCATGCCTGCAGGAGAGGCGGAGTTACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGGACACAAGGTCCTTGTGTGTGGAGCTG         GGCCAATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|| ||||||||
 112353 TGGGACACAAGGTCCTTGTGTGTGGAGCTGGTA...TAGGGGCAATCGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGTCACTTTGCTCGTGGCCAAAGCAATGGGAGCAGCTCAAGTAGTGGT
         | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 115183 GTAGTCACTTTGCTCGTGGCCAAGGCAATGGGAGCAGCTCAAGTAGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACTG         ATCTGTCTGCTACCCGATTGTCCAAAGCCAAGGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115233 GACTGGTA...CAGATCTGTCTGCTACCCGATTGTCCAAAGCCAAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGGGGCTGATTTAGTCCTCCAGATCTCCAAGGAGAGCCCTCAGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115897 TTGGGGCTGATTTAGTCCTCCAGATCTCCAAGGAGAGCCCTCAGGAAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCAGGAAAGTAGAAGGTCAGCTGGGGTGCAAGCCGGAAGTCACCATCGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 115947 GCCAGGAAAGTAGAAGGTCTGCTGGGGTGCAAGCCGGAAGTCACCATCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTGCACGGGGGCAGAGGCCTCCATCCAGGCGGGCATCTAC         G
        ||||||||||-||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>|
 115997 GTGCACGGGG CAGAGGCCTCCATCCAGGCAGGCATCTACGTG...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCACTCGCTCTGGTGGGACCCTCGTGCTTGTGGGGCTGGGCTCTGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118994 CCACTCGCTCTGGTGGGACCCTCGTGCTTGTGGGGCTGGGCTCTGAGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCACCGTACCCCTACTGCATGCAGCCATCCGGGAGGTGGATATCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119044 ACCACCGTACCCCTACTGCATGCAGCCATCCGGGAGGTGGATATCAAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGTGTTTCGATACTGCAACAC         GTGGCCAGTGGCGATTTCGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 119094 CGTGTTTCGATACTGCAACACGTG...CAGGTGGCCAGTGGCGATTTCGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCTTGCGTCCAAGTCTGTGAATGTAAAACCCCTCGTCACCCATAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120363 TGCTTGCGTCCAAGTCTGTGAATGTAAAACCCCTCGTCACCCATAGGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTCTGGAGAAAGCTCTGGAGGCCTTTGAAACATTTAAAAAGGGATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120413 CCTCTGGAGAAAGCTCTGGAGGCCTTTGAAACATTTAAAAAGGGATTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTTGAAAATCATGCTCAAGTGTGACCCCAGTGACCAGAATCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120463 GTTGAAAATCATGCTCAAGTGTGACCCCAGTGACCAGAATCCC