seq1 = pF1KB3736.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KB3736/gi568815597f_109443023.tfa (gi568815597f:109443023_109644375), 201353 bp

>pF1KB3736 1353
>gi568815597f:109443023_109644375 (Chr1)

1-1353  (100001-101353)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCCTCACCCATCCCCCAGTCATCAGGGAACTCTTCCACTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCCTCACCCATCCCCCAGTCATCAGGGAACTCTTCCACTTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGGTCCCTCAAACCCCAGGTCCCTCTACTGCCAGTGGGGTCCCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGGTCCCTCAAACCCCAGGTCCCTCTACTGCCAGTGGGGTCCCGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGCTACGGGATGTTGCTTCGGAATCTGTGGCCCTCTTCTTCATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGCTACGGGATGTTGCTTCGGAATCTGTGGCCCTCTTCTTCATGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTGGACTTGACTGCTGTGGCTGGCAATGCCGCTGTGATGGCCGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCTGGACTTGACTGCTGTGGCTGGCAATGCCGCTGTGATGGCCGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCAAGACGCCTGCCCTCCGAAAATTTGTCTTCGTCTTCCACCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCCAAGACGCCTGCCCTCCGAAAATTTGTCTTCGTCTTCCACCTCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTGGACCTGCTGGCTGCCCTGACCCTCATGCCCCTGGCCATGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTGGACCTGCTGGCTGCCCTGACCCTCATGCCCCTGGCCATGCTCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCTCTGCCCTCTTTGACCACGCCCTCTTTGGGGAGGTGGCCTGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCTCTGCCCTCTTTGACCACGCCCTCTTTGGGGAGGTGGCCTGCCGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACTTGTTTCTGAGCGTGTGCTTTGTCAGCCTGGCCATCCTCTCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACTTGTTTCTGAGCGTGTGCTTTGTCAGCCTGGCCATCCTCTCGGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCCATCAATGTGGAGCGCTACTATTACGTAGTCCACCCCATGCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGCCATCAATGTGGAGCGCTACTATTACGTAGTCCACCCCATGCGCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGTGCGCATGACGCTGGGGCTGGTGGCCTCTGTGCTGGTGGGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGGTGCGCATGACGCTGGGGCTGGTGGCCTCTGTGCTGGTGGGTGTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTGAAGGCCTTGGCCATGGCTTCTGTGCCAGTGTTGGGAAGGGTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTGAAGGCCTTGGCCATGGCTTCTGTGCCAGTGTTGGGAAGGGTCTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGGAGGAAGGAGCTCCCAGTGTCCCCCCAGGCTGTTCACTCCAGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGGAGGAAGGAGCTCCCAGTGTCCCCCCAGGCTGTTCACTCCAGTGGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACAGTGCCTACTGCCAGCTTTTTGTGGTGGTCTTTGCTGTCCTTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACAGTGCCTACTGCCAGCTTTTTGTGGTGGTCTTTGCTGTCCTTTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCTGTTGCCCCTGCTCCTCATACTTGTGGTCTACTGCAGCATGTTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCTGTTGCCCCTGCTCCTCATACTTGTGGTCTACTGCAGCATGTTCCGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGCCCGCGTGGCTGCCATGCAGCACGGGCCGCTGCCCACGTGGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGCCCGCGTGGCTGCCATGCAGCACGGGCCGCTGCCCACGTGGATGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACACCCCGGCAACGCTCCGAATCTCTCAGCAGCCGCTCCACGATGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACACCCCGGCAACGCTCCGAATCTCTCAGCAGCCGCTCCACGATGGTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCTCAGGGGCCCCCCAGACCACCCCACACCGGACGTTTGGGGGAGGGA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCTCGGGGGCCCCCCAGACCACCCCACACCGGACGTTTGGGGGAGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGCAGCAGTGGTTCTCCTGGCTGTGGGGGGACAGTTCCTGCTCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAGCAGCAGTGGTTCTCCTGGCTGTGGGGGGACAGTTCCTGCTCTGTTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGCCCTACTTCTCTTTCCACCTCTATGTTGCCCTGAGTGCTCAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGCCCTACTTCTCTTTCCACCTCTATGTTGCCCTGAGTGCTCAGCCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTCAACTGGGCAGGTGGAGAGTGTGGTCACCTGGATTGGCTACTTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTCAACTGGGCAGGTGGAGAGTGTGGTCACCTGGATTGGCTACTTTTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCACTTCCAACCCTTTCTTCTATGGATGTCTCAACCGGCAGATCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCACTTCCAACCCTTTCTTCTATGGATGTCTCAACCGGCAGATCCGGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGCTCAGCAAGCAGTTTGTCTGCTTCTTCAAGCCAGCTCCAGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGCTCAGCAAGCAGTTTGTCTGCTTCTTCAAGCCAGCTCCAGAGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCTGAGGCTGCCTAGCCGGGAGGGCTCCATTGAGGAGAACTTCCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCTGAGGCTGCCTAGCCGGGAGGGCTCCATTGAGGAGAACTTCCTGCAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCCTTCAGGGGACTGGCTGTCCTTCTGAGTCCTGGGTTTCCCGACCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCCTTCAGGGGACTGGCTGTCCTTCTGAGTCCTGGGTTTCCCGACCCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCCAGCCCCAAGCAGGAGCCACCTGCTGTTGACTTTCGAATCCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCCAGCCCCAAGCAGGAGCCACCTGCTGTTGACTTTCGAATCCCAGGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GATAGCTGAGGAGACCTCTGAGTTCCTGGAGCAGCAACTCACCAGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GATAGCTGAGGAGACCTCTGAGTTCCTGGAGCAGCAACTCACCAGCGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TCATCATGTCAGACAGCTACCTCCGTCCTGCCGCCTCACCCCGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TCATCATGTCAGACAGCTACCTCCGTCCTGCCGCCTCACCCCGGCTGGAG

   1350 
   1351 TCA
        |||
 101351 TCA