seq1 = pF1KB3720.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KB3720/gi568815595f_9650287.tfa (gi568815595f:9650287_9856840), 206554 bp

>pF1KB3720 972
>gi568815595f:9650287_9856840 (Chr3)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-385  (100659-100906)   100% ->
386-565  (101484-101663)   100% ->
566-747  (104418-104599)   100% ->
748-898  (106185-106335)   100% ->
899-972  (106481-106554)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGCCCGCGCGCTTCTGCCCAGGCGCATGGGGCATCGTACTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGCCCGCGCGCTTCTGCCCAGGCGCATGGGGCATCGTACTCTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCACTCCTGCCCTGTGGGCCTCCATCCCGTGCCCTCGCTCTGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCACTCCTGCCCTGTGGGCCTCCATCCCGTGCCCTCGCTCTGAGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGGACCTGGTTCTGCCTTCTGGACAATCTTTCCG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 GCCTGGACCTGGTTCTGCCTTCTGGACAATCTTTCCGGTG...CAGGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGGAGCAAAGTCCTGCACACTGGAGTGGTGTACTAGCGGATCAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100663 AGGGAGCAAAGTCCTGCACACTGGAGTGGTGTACTAGCGGATCAAGTATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACACTGACTCAGACTGAGGAGCAGCTCCACTGCACTGTGTACCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100713 GACACTGACTCAGACTGAGGAGCAGCTCCACTGCACTGTGTACCGAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAGAGCCAGGCTAGCAGGCCCACACCAGACGAGCTGGAGGCCGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100763 ACAAGAGCCAGGCTAGCAGGCCCACACCAGACGAGCTGGAGGCCGTGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGTACTTCCAGCTAGATGTTACCCTGGCTCAACTGTATCACCACTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100813 AAGTACTTCCAGCTAGATGTTACCCTGGCTCAACTGTATCACCACTGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCCGTGGACTCCCACTTCCAAGAGGTGGCTCAGAAATTCCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100863 TTCCGTGGACTCCCACTTCCAAGAGGTGGCTCAGAAATTCCAAGGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386    GTGTGCGACTGCTGCGACAAGACCCCATCGAATGCCTTTTCTCTTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101481 CAGGTGTGCGACTGCTGCGACAAGACCCCATCGAATGCCTTTTCTCTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCTGTTCCTCCAACAACAACATCGCCCGCATCACTGGCATGGTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101531 ATCTGTTCCTCCAACAACAACATCGCCCGCATCACTGGCATGGTGGAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGTGCCAGGCTTTTGGACCTCGGCTCATCCAGCTTGATGATGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101581 GCTGTGCCAGGCTTTTGGACCTCGGCTCATCCAGCTTGATGATGTCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCATGGCTTCCCCAGCCTGCAGGCCCTGGCTG         GGCCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101631 ACCATGGCTTCCCCAGCCTGCAGGCCCTGGCTGGTG...CAGGGCCAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGGAGGCTCATCTCAGGAAGCTGGGCCTGGGCTATCGTGCCCGTTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104426 GTGGAGGCTCATCTCAGGAAGCTGGGCCTGGGCTATCGTGCCCGTTACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGTGCCAGTGCCCGAGCCATCCTGGAAGAACAGGGCGGGCTAGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104476 GAGTGCCAGTGCCCGAGCCATCCTGGAAGAACAGGGCGGGCTAGCCTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCAGCAGCTACGAGAGTCCTCATATGAGGAGGCCCACAAGGCCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104526 TGCAGCAGCTACGAGAGTCCTCATATGAGGAGGCCCACAAGGCCCTCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCCTGCCTGGAGTGGGCACCAAG         GTGGCTGACTGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104576 ATCCTGCCTGGAGTGGGCACCAAGGTG...AAGGTGGCTGACTGCATCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGATGGCCCTAGACAAGCCCCAGGCTGTGCCCGTGGATGTCCATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106202 CCTGATGGCCCTAGACAAGCCCCAGGCTGTGCCCGTGGATGTCCATATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGCACATTGCCCAACGTGACTACAGCTGGCACCCTACCACGTCCCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106252 GGCACATTGCCCAACGTGACTACAGCTGGCACCCTACCACGTCCCAGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGGGACCGAGCCCCCAGACCAACAAGGAACTGG         GAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106302 AAGGGACCGAGCCCCCAGACCAACAAGGAACTGGGTG...TAGGAAACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTTCCGGAGCCTGTGGGGACCTTATGCTGGCTGGGCCCAAGCGGTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106488 TTTCCGGAGCCTGTGGGGACCTTATGCTGGCTGGGCCCAAGCGGTGAGTG

   1000     .    :    .
    956 TACCTAGGTGTCCTCCC
        |||||||||||||||||
 106538 TACCTAGGTGTCCTCCC