seq1 = pF1KB3702.tfa, 3114 bp
seq2 = pF1KB3702/gi568815596f_202277475.tfa (gi568815596f:202277475_202659943), 382469 bp

>pF1KB3702 3114
>gi568815596f:202277475_202659943 (Chr2)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-247  (187335-187505)   100% ->
248-418  (190045-190215)   100% ->
419-529  (236245-236355)   100% ->
530-621  (237414-237505)   100% ->
622-852  (241348-241578)   100% ->
853-967  (242613-242727)   100% ->
968-1128  (253320-253480)   100% ->
1129-1276  (255111-255258)   100% ->
1277-1413  (264837-264973)   100% ->
1414-1586  (275242-275414)   100% ->
1587-2866  (277778-279057)   100% ->
2867-3114  (282222-282469)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTCCTCGCTGCAGCGGCCCTGGCGGGTGCCCTGGCTACCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTCCTCGCTGCAGCGGCCCTGGCGGGTGCCCTGGCTACCATGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCTGCTGGTCAGCACTGCGGCTG         CTTCGCAGAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CATCCTGCTGGTCAGCACTGCGGCTGGTG...TAGCTTCGCAGAATCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACGGCTATGTGCGTTTAAAGATCCGTATCAGCAAGACCTTGGGATAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187350 AACGGCTATGTGCGTTTAAAGATCCGTATCAGCAAGACCTTGGGATAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAGTAGAATCTCTCATGAAAATGGGACAATATTATGCTCGAAAGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187400 GAGAGTAGAATCTCTCATGAAAATGGGACAATATTATGCTCGAAAGGTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCTGCTATGGCCTTTGGGAGAAATCAAAAGGGGACATAAATCTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187450 CACCTGCTATGGCCTTTGGGAGAAATCAAAAGGGGACATAAATCTTGTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACAAG         GATGTTGGTCTCACATTGGAGATCCCCAAGAGTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187500 AACAAGGCA...TAGGATGTTGGTCTCACATTGGAGATCCCCAAGAGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACTATGAAGAATGTGTAGTAACTACCACTCCTCCCTCAATTCAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190080 CACTATGAAGAATGTGTAGTAACTACCACTCCTCCCTCAATTCAGAATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACATACCGTTTCTGCTGTTGTAGCACAGATTTATGTAATGTCAACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190130 AACATACCGTTTCTGCTGTTGTAGCACAGATTTATGTAATGTCAACTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGAGAATTTTCCACCTCCTGACACAACACCACTCA         GTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 190180 CTGAGAATTTTCCACCTCCTGACACAACACCACTCAGTA...TAGGTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTCATTCATTTAACCGAGATGAGACAATAATCATTGCTTTGGCATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236250 CCTCATTCATTTAACCGAGATGAGACAATAATCATTGCTTTGGCATCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCTGTATTAGCTGTTTTGATAGTTGCCTTATGCTTTGGATACAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236300 CTCTGTATTAGCTGTTTTGATAGTTGCCTTATGCTTTGGATACAGAATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGACAG         GAGACCGTAAACAAGGTCTTCACAGTATGAACATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236350 TGACAGGTA...TAGGAGACCGTAAACAAGGTCTTCACAGTATGAACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGGAGGCAGCAGCATCCGAACCCTCTCTTGATCTAGATAATCTGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237449 ATGGAGGCAGCAGCATCCGAACCCTCTCTTGATCTAGATAATCTGAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTTGGAG         CTGATTGGCCGAGGTCGATATGGAGCAGTATATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237499 GTTGGAGGTA...CAGCTGATTGGCCGAGGTCGATATGGAGCAGTATATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGGCTCCTTGGATGAGCGTCCAGTTGCTGTAAAAGTGTTTTCCTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241382 AAGGCTCCTTGGATGAGCGTCCAGTTGCTGTAAAAGTGTTTTCCTTTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACCGTCAGAATTTTATCAACGAAAAGAACATTTACAGAGTGCCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241432 AACCGTCAGAATTTTATCAACGAAAAGAACATTTACAGAGTGCCTTTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAACATGACAACATTGCCCGCTTTATAGTTGGAGATGAGAGAGTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241482 GGAACATGACAACATTGCCCGCTTTATAGTTGGAGATGAGAGAGTCACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGATGGACGCATGGAATATTTGCTTGTGATGGAGTACTATCCCAAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 241532 CAGATGGACGCATGGAATATTTGCTTGTGATGGAGTACTATCCCAATGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853       GGATCTTTATGCAAGTATTTAAGTCTCCACACAAGTGACTGGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241582 ...TAGGGATCTTTATGCAAGTATTTAAGTCTCCACACAAGTGACTGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAGCTCTTGCCGTCTTGCTCATTCTGTTACTAGAGGACTGGCTTATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242657 AAGCTCTTGCCGTCTTGCTCATTCTGTTACTAGAGGACTGGCTTATCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACACAGAATTACCACGAGGAG         ATCATTATAAACCTGCAATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 242707 ACACAGAATTACCACGAGGAGGTA...CAGATCATTATAAACCTGCAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCCCATCGAGATTTAAACAGCAGAAATGTCCTAGTGAAAAATGATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253340 TCCCATCGAGATTTAAACAGCAGAAATGTCCTAGTGAAAAATGATGGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTGTGTTATTAGTGACTTTGGACTGTCCATGAGGCTGACTGGAAATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253390 CTGTGTTATTAGTGACTTTGGACTGTCCATGAGGCTGACTGGAAATAGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGTGCGCCCAGGGGAGGAAGATAATGCAGCCATAAGCGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 253440 TGGTGCGCCCAGGGGAGGAAGATAATGCAGCCATAAGCGAGGTG...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTTGGCACTATCAGATATATGGCACCAGAAGTGCTAGAAGGAGCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255111 GTTGGCACTATCAGATATATGGCACCAGAAGTGCTAGAAGGAGCTGTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTGAGGGACTGTGAATCAGCTTTGAAACAAGTAGACATGTATGCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255161 CTTGAGGGACTGTGAATCAGCTTTGAAACAAGTAGACATGTATGCTCTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GACTAATCTATTGGGAGATATTTATGAGATGTACAGACCTCTTCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 255211 GACTAATCTATTGGGAGATATTTATGAGATGTACAGACCTCTTCCCAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277        GGGAATCCGTACCAGAGTACCAGATGGCTTTTCAGACAGAGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255261 A...CAGGGGAATCCGTACCAGAGTACCAGATGGCTTTTCAGACAGAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGGAAACCATCCCACTTTTGAGGATATGCAGGTTCTCGTGTCTAGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264880 TGGAAACCATCCCACTTTTGAGGATATGCAGGTTCTCGTGTCTAGGGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AACAGAGACCCAAGTTCCCAGAAGCCTGGAAAGAAAATAGCCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 264930 AACAGAGACCCAAGTTCCCAGAAGCCTGGAAAGAAAATAGCCTGGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1414    GCAGTGAGGTCACTCAAGGAGACAATCGAAGACTGTTGGGACCAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275239 CAGGCAGTGAGGTCACTCAAGGAGACAATCGAAGACTGTTGGGACCAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGCAGAGGCTCGGCTTACTGCACAGTGTGCTGAGGAAAGGATGGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275289 TGCAGAGGCTCGGCTTACTGCACAGTGTGCTGAGGAAAGGATGGCTGAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTATGATGATTTGGGAAAGAAACAAATCTGTGAGCCCAACAGTCAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275339 TTATGATGATTTGGGAAAGAAACAAATCTGTGAGCCCAACAGTCAATCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATGTCTACTGCTATGCAGAATGAACG         CAACCTGTCACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 275389 ATGTCTACTGCTATGCAGAATGAACGGTA...AAGCAACCTGTCACATAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TAGGCGTGTGCCAAAAATTGGTCCTTATCCAGATTATTCTTCCTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277793 TAGGCGTGTGCCAAAAATTGGTCCTTATCCAGATTATTCTTCCTCCTCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ACATTGAAGACTCTATCCATCATACTGACAGCATCGTGAAGAATATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277843 ACATTGAAGACTCTATCCATCATACTGACAGCATCGTGAAGAATATTTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TCTGAGCATTCTATGTCCAGCACACCTTTGACTATAGGGGAAAAAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277893 TCTGAGCATTCTATGTCCAGCACACCTTTGACTATAGGGGAAAAAAACCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AAATTCAATTAACTATGAACGACAGCAAGCACAAGCTCGAATCCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277943 AAATTCAATTAACTATGAACGACAGCAAGCACAAGCTCGAATCCCCAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CTGAAACAAGTGTCACCAGCCTCTCCACCAACACAACAACCACAAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277993 CTGAAACAAGTGTCACCAGCCTCTCCACCAACACAACAACCACAAACACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ACAGGACTCACGCCAAGTACTGGCATGACTACTATATCTGAGATGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278043 ACAGGACTCACGCCAAGTACTGGCATGACTACTATATCTGAGATGCCATA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CCCAGATGAAACAAATCTGCATACCACAAATGTTGCACAGTCAATTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278093 CCCAGATGAAACAAATCTGCATACCACAAATGTTGCACAGTCAATTGGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CAACCCCTGTCTGCTTACAGCTGACAGAAGAAGACTTGGAAACCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278143 CAACCCCTGTCTGCTTACAGCTGACAGAAGAAGACTTGGAAACCAACAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 CTAGACCCAAAAGAAGTTGATAAGAACCTCAAGGAAAGCTCTGATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278193 CTAGACCCAAAAGAAGTTGATAAGAACCTCAAGGAAAGCTCTGATGAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TCTCATGGAGCACTCTCTTAAACAGTTCAGTGGCCCAGACCCACTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278243 TCTCATGGAGCACTCTCTTAAACAGTTCAGTGGCCCAGACCCACTGAGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 GTACTAGTTCTAGCTTGCTTTACCCACTCATAAAACTTGCAGTAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278293 GTACTAGTTCTAGCTTGCTTTACCCACTCATAAAACTTGCAGTAGAAGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 ACTGGACAGCAGGACTTCACACAGACTGCAAATGGCCAAGCATGTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278343 ACTGGACAGCAGGACTTCACACAGACTGCAAATGGCCAAGCATGTTTGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TCCTGATGTTCTGCCTACTCAGATCTATCCTCTCCCCAAGCAGCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278393 TCCTGATGTTCTGCCTACTCAGATCTATCCTCTCCCCAAGCAGCAGAACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TTCCCAAGAGACCTACTAGTTTGCCTTTGAACACCAAAAATTCAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278443 TTCCCAAGAGACCTACTAGTTTGCCTTTGAACACCAAAAATTCAACAAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GAGCCCCGGCTAAAATTTGGCAGCAAGCACAAATCAAACTTGAAACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278493 GAGCCCCGGCTAAAATTTGGCAGCAAGCACAAATCAAACTTGAAACAAGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CGAAACTGGAGTTGCCAAGATGAATACAATCAATGCAGCAGAACCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278543 CGAAACTGGAGTTGCCAAGATGAATACAATCAATGCAGCAGAACCTCATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 TGGTGACAGTCACCATGAATGGTGTGGCAGGTAGAAACCACAGTGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278593 TGGTGACAGTCACCATGAATGGTGTGGCAGGTAGAAACCACAGTGTTAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2452 TCCCATGCTGCCACAACCCAATATGCCAATGGGACAGTACTATCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278643 TCCCATGCTGCCACAACCCAATATGCCAATGGGACAGTACTATCTGGCCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 AACAACCAACATAGTGACACATAGGGCCCAAGAAATGTTGCAGAATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278693 AACAACCAACATAGTGACACATAGGGCCCAAGAAATGTTGCAGAATCAGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2552 TTATTGGTGAGGACACCCGGCTGAATATTAATTCCAGTCCTGATGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278743 TTATTGGTGAGGACACCCGGCTGAATATTAATTCCAGTCCTGATGAGCAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2602 GAGCCTTTACTGAGACGAGAGCAACAAGCTGGCCATGATGAAGGTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278793 GAGCCTTTACTGAGACGAGAGCAACAAGCTGGCCATGATGAAGGTGTTCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2652 GGATCGTCTTGTGGACAGGAGGGAACGGCCACTAGAAGGTGGCCGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278843 GGATCGTCTTGTGGACAGGAGGGAACGGCCACTAGAAGGTGGCCGAACTA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2702 ATTCCAATAACAACAACAGCAATCCATGTTCAGAACAAGATGTTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278893 ATTCCAATAACAACAACAGCAATCCATGTTCAGAACAAGATGTTCTTGCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2752 CAGGGTGTTCCAAGCACAGCAGCAGATCCTGGGCCATCAAAGCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278943 CAGGGTGTTCCAAGCACAGCAGCAGATCCTGGGCCATCAAAGCCCAGAAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2802 AGCACAGAGGCCTAATTCTCTGGATCTTTCAGCCACAAATGTCCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278993 AGCACAGAGGCCTAATTCTCTGGATCTTTCAGCCACAAATGTCCTGGATG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2852 GCAGCAGTATACAGA         TAGGTGAGTCAACACAAGATGGCAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 279043 GCAGCAGTATACAGAGTA...CAGTAGGTGAGTCAACACAAGATGGCAAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2893 TCAGGATCAGGTGAAAAGATCAAGAAACGTGTGAAAACTCCCTATTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282248 TCAGGATCAGGTGAAAAGATCAAGAAACGTGTGAAAACTCCCTATTCTCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2943 TAAGCGGTGGCGCCCCTCCACCTGGGTCATCTCCACTGAATCGCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282298 TAAGCGGTGGCGCCCCTCCACCTGGGTCATCTCCACTGAATCGCTGGACT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2993 GTGAAGTCAACAATAATGGCAGTAACAGGGCAGTTCATTCCAAATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282348 GTGAAGTCAACAATAATGGCAGTAACAGGGCAGTTCATTCCAAATCCAGC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3043 ACTGCTGTTTACCTTGCAGAAGGAGGCACTGCTACAACCATGGTGTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282398 ACTGCTGTTTACCTTGCAGAAGGAGGCACTGCTACAACCATGGTGTCTAA

   3200     .    :    .    :
   3093 AGATATAGGAATGAACTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||
 282448 AGATATAGGAATGAACTGTCTG