seq1 = pF1KB3700.tfa, 1920 bp
seq2 = pF1KB3700/gi568815587f_76984887.tfa (gi568815587f:76984887_77223867), 238981 bp

>pF1KB3700 1920
>gi568815587f:76984887_77223867 (Chr11)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-297  (108796-108927)   100% ->
298-506  (127703-127911)   100% ->
507-699  (129356-129548)   100% ->
700-893  (130509-130702)   100% ->
894-971  (131340-131417)   100% ->
972-1167  (133271-133466)   100% ->
1168-1290  (134144-134266)   100% ->
1291-1487  (135827-136023)   99% ->
1488-1603  (137048-137163)   100% ->
1604-1740  (137690-137826)   100% ->
1741-1920  (138802-138981)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCTCGTGTGTGAAGCCCTATGAGGACCAGAACTACTCAGCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCTCGTGTGTGAAGCCCTATGAGGACCAGAACTACTCAGCCCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGACTGCCGGCGCAGGAAGGTGCTCTTCGAGGACCCCCTCTTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGACTGCCGGCGCAGGAAGGTGCTCTTCGAGGACCCCCTCTTCCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACTGACGACTCACTCTACTATAAGGGCACGCCGGGGCCCGCCGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACTGACGACTCACTCTACTATAAGGGCACGCCGGGGCCCGCCGTCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGAAGCGACCCAAG         GGCATCTGCGAGGACCCCCGCCTCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGAAGCGACCCAAGGTC...CAGGGCATCTGCGAGGACCCCCGCCTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGATGGCATCAGCTCCCACGACCTGCACCAGGGCCAGGTGGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108822 TGTGGATGGCATCAGCTCCCACGACCTGCACCAGGGCCAGGTGGGCAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTGGTTTGTGGCAGCCTGCTCGTCACTTGCCTCCCGGGAGTCGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108872 GCTGGTTTGTGGCAGCCTGCTCGTCACTTGCCTCCCGGGAGTCGCTGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAAAAG         GTCATCCCAGACTGGAAGGAGCAGGAATGGGACCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108922 CAAAAGGTG...CAGGTCATCCCAGACTGGAAGGAGCAGGAATGGGACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGAAAAGCCCAACGCCTACGCGGGCATCTTCCACTTCCACTTCTGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127738 CGAAAAGCCCAACGCCTACGCGGGCATCTTCCACTTCCACTTCTGGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCGGGGAATGGGTGGACGTGGTCATCGATGACCGGCTGCCCACAGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127788 TCGGGGAATGGGTGGACGTGGTCATCGATGACCGGCTGCCCACAGTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACCAGCTCATCTACTGCCACTCCAACTCCCGCAATGAGTTTTGGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127838 AACCAGCTCATCTACTGCCACTCCAACTCCCGCAATGAGTTTTGGTGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTAGTGGAGAAGGCCTATGCCAA         ACTGGCAGGCTGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 127888 CCTAGTGGAGAAGGCCTATGCCAAGTA...CAGACTGGCAGGCTGTTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGCCCTGGATGGAGGCAACACAGCAGACGCACTGGTGGACTTCACGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129373 AGGCCCTGGATGGAGGCAACACAGCAGACGCACTGGTGGACTTCACGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGTGTTTCTGAGCCCATCGACCTGACCGAGGGTGACTTTGCCAACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129423 GGTGTTTCTGAGCCCATCGACCTGACCGAGGGTGACTTTGCCAACGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GACTAAGAGGAACCAGCTCTTTGAGCGCATGTTAAAGGTGCACAGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129473 GACTAAGAGGAACCAGCTCTTTGAGCGCATGTTAAAGGTGCACAGCCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCGGCCTCATCAGTGCCTCCATCAAG         GCAGTGACAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 129523 GCGGCCTCATCAGTGCCTCCATCAAGGTG...CAGGCAGTGACAGCAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACATGGAGGCCCGCCTGGCGTGCGGCCTGGTAAAGGGCCACGCATACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130524 GACATGGAGGCCCGCCTGGCGTGCGGCCTGGTAAAGGGCCACGCATACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGTCACTGATGTGCGCAAGGTGCGCCTGGGCCACGGCCTACTGGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130574 CGTCACTGATGTGCGCAAGGTGCGCCTGGGCCACGGCCTACTGGCCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCAAGTCAGAGAAGTTGGACATGATCCGCCTGCGCAACCCCTGGGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130624 TCAAGTCAGAGAAGTTGGACATGATCCGCCTGCGCAACCCCTGGGGCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CGGGAGTGGAACGGGCCCTGGAGTGACAC         CTCGGAGGAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 130674 CGGGAGTGGAACGGGCCCTGGAGTGACACGTG...CAGCTCGGAGGAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCAGAAAGTGAGCAAGAGTGAGCGGGAGAAGATGGGTGTGACCGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131352 GCAGAAAGTGAGCAAGAGTGAGCGGGAGAAGATGGGTGTGACCGTGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACGACGGTGAGTTCTG         GATGACCTTCGAGGACGTGTGCCGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131402 ACGACGGTGAGTTCTGGTG...CAGGATGACCTTCGAGGACGTGTGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TACTTCACGGACATCATCAAGTGCCGCGTGATCAACACATCCCACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133296 TACTTCACGGACATCATCAAGTGCCGCGTGATCAACACATCCCACCTGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CATCCACAAGACGTGGGAGGAGGCCCGGCTGCATGGCGCCTGGACGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133346 CATCCACAAGACGTGGGAGGAGGCCCGGCTGCATGGCGCCTGGACGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGAGGACCCGCGACAGAACCGCGGTGGCGGCTGCATCAACCACAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133396 ATGAGGACCCGCGACAGAACCGCGGTGGCGGCTGCATCAACCACAAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACCTTCTTCCAGAACCCACAG         TACATCTTCGAAGTCAAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 133446 ACCTTCTTCCAGAACCCACAGGTG...CAGTACATCTTCGAAGTCAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCCAGAAGATGAAGTCCTGATCTGCATCCAGCAGCGGCCAAAGCGGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134164 GCCAGAAGATGAAGTCCTGATCTGCATCCAGCAGCGGCCAAAGCGGTCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CGCGCCGGGAGGGCAAGGGTGAGAACCTGGCCATTGGCTTTGACATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134214 CGCGCCGGGAGGGCAAGGGTGAGAACCTGGCCATTGGCTTTGACATCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AAG         GTGGAGGAGAACCGCCAGTACCGCATGCACAGCCTGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134264 AAGGTG...CAGGTGGAGGAGAACCGCCAGTACCGCATGCACAGCCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCACAAGGCCGCCGGCTCCATCTACATCAACTCACGCAGCGTCTTCCTGC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135865 GCACAAGGCCGCCAGCTCCATCTACATCAACTCACGCAGCGTCTTCCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCACCGACCAGCCCGAGGGCCGCTATGTCATCATCCCCACAACCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135915 GCACCGACCAGCCCGAGGGCCGCTATGTCATCATCCCCACAACCTTCGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCAGGCCACACTGGCGAGTTCCTGCTCCGAGTCTTCACTGATGTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135965 CCAGGCCACACTGGCGAGTTCCTGCTCCGAGTCTTCACTGATGTGCCCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CAACTGCCG         GGAGCTGCGCCTGGATGAGCCCCCACACACCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 136015 CAACTGCCGGTA...CAGGGAGCTGCGCCTGGATGAGCCCCCACACACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCTGGAGCTCCCTCTGTGGCTACCCCCAGCTGGTGACCCAGGTACATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137080 GCTGGAGCTCCCTCTGTGGCTACCCCCAGCTGGTGACCCAGGTACATGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CTGGGAGCTGCTGGCCTCAAGGACTCCCCAACAG         GGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 137130 CTGGGAGCTGCTGGCCTCAAGGACTCCCCAACAGGTG...TAGGGGCTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTCTTATGTGATCATCAAGTGTGAGGGAGACAAAGTCCGCTCGGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137697 CTCTTATGTGATCATCAAGTGTGAGGGAGACAAAGTCCGCTCGGCTGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGAAGGGCACCTCCACACCAGAGTACAATGTGAAAGGCATCTTCTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137747 AGAAGGGCACCTCCACACCAGAGTACAATGTGAAAGGCATCTTCTACCGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AAGAAGCTGAGCCAGCCCATCACTGTACAG         GTCTGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 137797 AAGAAGCTGAGCCAGCCCATCACTGTACAGGTG...CAGGTCTGGAACCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCGAGTGCTGAAGGATGAATTTCTGGGCCAGGTGCACCTAAAGGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138813 CCGAGTGCTGAAGGATGAATTTCTGGGCCAGGTGCACCTAAAGGCTGACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CGGACAACCTCCAGGCCCTGCATACCCTCCACCTCCGGGACCGAAATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138863 CGGACAACCTCCAGGCCCTGCATACCCTCCACCTCCGGGACCGAAATAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CGGCAGCCCAGCAACCTGCCAGGCACTGTGGCCGTGCACATTCTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138913 CGGCAGCCCAGCAACCTGCCAGGCACTGTGGCCGTGCACATTCTCAGCAG

   2000     .    :    .
   1902 CACCTCCCTCATGGCTGTC
        |||||||||||||||||||
 138963 CACCTCCCTCATGGCTGTC