seq1 = pF1KB3698.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KB3698/gi568815591f_991729.tfa (gi568815591f:991729_1192853), 201125 bp

>pF1KB3698 1125
>gi568815591f:991729_1192853 (Chr7)

1-1125  (100001-101125)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTGACTTCCCAAGCCCGGGGCGTGGGCCTGGAGATGTACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTGACTTCCCAAGCCCGGGGCGTGGGCCTGGAGATGTACCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGCGCAGCCTGCGGCCCCCAACACCACCTCCCCCGAGCTCAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGCGCAGCCTGCGGCCCCCAACACCACCTCCCCCGAGCTCAACCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCACCCGCTCCTGGGCACCGCCCTGGCCAATGGGACAGGTGAGCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCACCCGCTCCTGGGCACCGCCCTGGCCAATGGGACAGGTGAGCTCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCACCAGCAGTACGTGATCGGCCTGTTCCTCTCGTGCCTCTACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCACCAGCAGTACGTGATCGGCCTGTTCCTCTCGTGCCTCTACACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCTCTTCCCCATCGGCTTTGTGGGCAACATCCTGATCCTGGTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCCTCTTCCCCATCGGCTTTGTGGGCAACATCCTGATCCTGGTGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATCAGCTTCCGCGAGAAGATGACCATCCCCGACCTGTACTTCATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATCAGCTTCCGCGAGAAGATGACCATCCCCGACCTGTACTTCATCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGCGGTGGCGGACCTCATCCTGGTGGCCGACTCCCTCATTGAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGCGGTGGCGGACCTCATCCTGGTGGCCGACTCCCTCATTGAGGTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAACCTGCACGAGCGGTACTACGACATCGCCGTCCTGTGCACCTTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAACCTGCACGAGCGGTACTACGACATCGCCGTCCTGTGCACCTTCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCTCTTCCTGCAGGTCAACATGTACAGCAGCGTCTTCTTCCTCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCTCTTCCTGCAGGTCAACATGTACAGCAGCGTCTTCTTCCTCACCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGAGCTTCGACCGCTACATCGCCCTGGCCAGGGCCATGCGCTGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGAGCTTCGACCGCTACATCGCCCTGGCCAGGGCCATGCGCTGCAGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTCCGCACCAAGCACCACGCCCGGCTGAGCTGTGGCCTCATCTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTTCCGCACCAAGCACCACGCCCGGCTGAGCTGTGGCCTCATCTGGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CATCCGTGTCAGCCACGCTGGTGCCCTTCACCGCCGTGCACCTGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CATCCGTGTCAGCCACGCTGGTGCCCTTCACCGCCGTGCACCTGCAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCGACGAGGCCTGCTTCTGTTTCGCGGATGTCCGGGAGGTGCAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCGACGAGGCCTGCTTCTGTTTCGCGGATGTCCGGGAGGTGCAGTGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGAGGTCACGCTGGGCTTCATCGTGCCCTTCGCCATCATCGGCCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGAGGTCACGCTGGGCTTCATCGTGCCCTTCGCCATCATCGGCCTGTGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACTCCCTCATTGTCCGGGTGCTGGTCAGGGCGCACCGGCACCGTGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACTCCCTCATTGTCCGGGTGCTGGTCAGGGCGCACCGGCACCGTGGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGCCCCGGCGGCAGAAGGCGCTCCGCATGATCCTCGCGGTGGTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGCCCCGGCGGCAGAAGGCGCTCCGCATGATCCTCGCGGTGGTGCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCTTCGTCTGCTGGCTGCCGGAGAACGTCTTCATCAGCGTGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCTTCGTCTGCTGGCTGCCGGAGAACGTCTTCATCAGCGTGCACCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCAGCGGACGCAGCCTGGGGCCGCTCCCTGCAAGCAGTCTTTCCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCAGCGGACGCAGCCTGGGGCCGCTCCCTGCAAGCAGTCTTTCCGCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCCACCCCCTCACGGGCCACATTGTCAACCTCGCCGCCTTCTCCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCCACCCCCTCACGGGCCACATTGTCAACCTCGCCGCCTTCTCCAACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTGCCTAAACCCCCTCATCTACAGCTTTCTCGGGGAGACCTTCAGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTGCCTAAACCCCCTCATCTACAGCTTTCTCGGGGAGACCTTCAGGGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGCTGAGGCTGTACATTGAGCAGAAAACAAATTTGCCGGCCCTGAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGCTGAGGCTGTACATTGAGCAGAAAACAAATTTGCCGGCCCTGAACCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TTCTGTCACGCTGCCCTGAAGGCCGTCATTCCAGACAGCACCGAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TTCTGTCACGCTGCCCTGAAGGCCGTCATTCCAGACAGCACCGAGCAGTC

   1100     .    :    .    :    .
   1101 GGATGTGAGGTTCAGCAGTGCCGTG
        |||||||||||||||||||||||||
 101101 GGATGTGAGGTTCAGCAGTGCCGTG