seq1 = pF1KB3690.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KB3690/gi568815593r_180136387.tfa (gi568815593r:180136387_180380561), 244175 bp

>pF1KB3690 1272
>gi568815593r:180136387_180380561 (Chr5)

(complement)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-252  (111153-111282)   100% ->
253-311  (115723-115781)   100% ->
312-450  (118740-118878)   100% ->
451-616  (131424-131589)   100% ->
617-688  (132636-132707)   100% ->
689-871  (137807-137989)   100% ->
872-996  (139407-139531)   100% ->
997-1060  (140575-140638)   100% ->
1061-1132  (142159-142230)   100% ->
1133-1272  (144036-144175)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGACAGTAAATGTGACAGTCAGTTTTATAGTGTGCAAGTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGACAGTAAATGTGACAGTCAGTTTTATAGTGTGCAAGTGGCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAACCTTCACTGTCCTAAAACGTTACCAGCAGCTGAAACCAATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAACCTTCACTGTCCTAAAACGTTACCAGCAGCTGAAACCAATTGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGGGCCCAAGGGATTGTTTG         TGCTGCATTTGATACAGTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 CTGGGGCCCAAGGGATTGTTTGGTA...TAGTGCTGCATTTGATACAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGGGATAAATGTTGCAGTCAAGAAACTAAGCCGTCCTTTTCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111172 CTTGGGATAAATGTTGCAGTCAAGAAACTAAGCCGTCCTTTTCAGAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACTCATGCAAAGAGAGCTTATCGTGAACTTGTCCTCTTAAAATGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111222 AACTCATGCAAAGAGAGCTTATCGTGAACTTGTCCTCTTAAAATGTGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCATAAAAAT         ATAATTAGTTTGTTAAATGTGTTTACACCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111272 ATCATAAAAATGTA...CAGATAATTAGTTTGTTAAATGTGTTTACACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAAAAACTCTAGAAGAATTTCAAGATGT         GTATTTGGTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115753 CAAAAAACTCTAGAAGAATTTCAAGATGTGTA...CAGGTATTTGGTTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAATTAATGGATGCTAACTTATGTCAGGTTATTCACATGGAGCTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118752 GGAATTAATGGATGCTAACTTATGTCAGGTTATTCACATGGAGCTGGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAAAGAATGTCCTACCTTCTTTACCAGATGCTTTGTGGTATTAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118802 ATGAAAGAATGTCCTACCTTCTTTACCAGATGCTTTGTGGTATTAAACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCATTCAGCTGGTATAATTCATAGA         GATTTGAAGCCTAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 118852 CTGCATTCAGCTGGTATAATTCATAGAGTA...TAGGATTTGAAGCCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAACATTGTTGTGAAATCAGACTGCACCCTGAAGATCCTTGACTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131438 CAACATTGTTGTGAAATCAGACTGCACCCTGAAGATCCTTGACTTTGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGCCCGGACAGCGTGCACTAACTTCATGATGACCCCTTACGTGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131488 TGGCCCGGACAGCGTGCACTAACTTCATGATGACCCCTTACGTGGTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGTACTACCGGGCGCCCGAAGTCATCCTGGGTATGGGCTACAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131538 CGGTACTACCGGGCGCCCGAAGTCATCCTGGGTATGGGCTACAAAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CG         TGGACATCTGGTCTGTCGGGTGCATCATGGCAGAAATGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131588 CGGTG...TAGTGGACATCTGGTCTGTCGGGTGCATCATGGCAGAAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCTCCATAAAGTCCTGTTCCCGGGAAGAGACT         ATATTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 132675 TCCTCCATAAAGTCCTGTTCCCGGGAAGAGACTGTA...TAGATATTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGTGGAATAAAGTTATTGAGCAGCTGGGAACACCATCAGCAGAGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137815 CAGTGGAATAAAGTTATTGAGCAGCTGGGAACACCATCAGCAGAGTTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAGAAACTTCAGCCAACTGTGAGGAATTATGTCGAAAACAGACCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137865 GAAGAAACTTCAGCCAACTGTGAGGAATTATGTCGAAAACAGACCAAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCCTGGAATCAAATTTGAAGAACTCTTTCCAGATTGGATATTCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137915 ATCCTGGAATCAAATTTGAAGAACTCTTTCCAGATTGGATATTCCCATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAATCTGAGCGAGACAAAATAAAAA         CAAGTCAAGCCAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 137965 GAATCTGAGCGAGACAAAATAAAAAGTA...TAGCAAGTCAAGCCAGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCTGTTATCAAAAATGTTAGTGATTGATCCTGACAAGCGGATCTCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139423 TCTGTTATCAAAAATGTTAGTGATTGATCCTGACAAGCGGATCTCTGTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGAAGCTCTGCGTCACCCATACATCACTGTTTGGTATGACCCCGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139473 ACGAAGCTCTGCGTCACCCATACATCACTGTTTGGTATGACCCCGCCGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCAGAAGCC         CCACCACCTCAAATTTATGATGCCCAGTTGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 139523 GCAGAAGCCGTG...TAGCCACCACCTCAAATTTATGATGCCCAGTTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGAAAGAGAACATGCAATTGAAGAATGGAAAG         AGCTAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 140607 AGAAAGAGAACATGCAATTGAAGAATGGAAAGGTA...AAGAGCTAATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAAAGAAGTCATGGATTGGGAAGAAAGAAGCAAGAATGGTGTTGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142168 ACAAAGAAGTCATGGATTGGGAAGAAAGAAGCAAGAATGGTGTTGTAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATCAGCCTTCAG         ATGCAGCAGTAAGTAGCAACGCCACTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 142218 GATCAGCCTTCAGGTT...CAGATGCAGCAGTAAGTAGCAACGCCACTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTCTCAGTCTTCATCGATCAATGACATTTCATCCATGTCCACTGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144064 TTCTCAGTCTTCATCGATCAATGACATTTCATCCATGTCCACTGAGCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CGCTGGCCTCAGACACAGACAGCAGTCTTGATGCCTCGACGGGACCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144114 CGCTGGCCTCAGACACAGACAGCAGTCTTGATGCCTCGACGGGACCCCTT

   1350     .    :
   1261 GAAGGCTGTCGA
        ||||||||||||
 144164 GAAGGCTGTCGA