seq1 = pF1KB3684.tfa, 1791 bp
seq2 = pF1KB3684/gi568815597r_160117595.tfa (gi568815597r:160117595_160344008), 226414 bp

>pF1KB3684 1791
>gi568815597r:160117595_160344008 (Chr1)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-723  (103639-104312)   100% ->
724-864  (105262-105402)   100% ->
865-959  (106780-106874)   100% ->
960-1070  (112602-112712)   100% ->
1071-1143  (118346-118418)   100% ->
1144-1201  (118890-118947)   100% ->
1202-1309  (119460-119567)   100% ->
1310-1440  (121228-121358)   100% ->
1441-1560  (125041-125160)   100% ->
1561-1677  (125569-125685)   100% ->
1678-1791  (126301-126414)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAGCAAAGGGAGCAGCACAGATGGCAGAACAGACTTAGCTAATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGTCCAGCAAAGGGAGCAGCACAGATGGCAGAACAGACTTAGCTAATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GAAGCCTGTCTAGCAGTCCAGAGGAGATGTCTGGAGCTGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGAAGCCTGTCTAGCAGTCCAGAGGAGATGTCTGGAGCTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGGGAGGGAGACATCCTCAGGCATTGAAGTGGAGGCCTCAGACCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103681 AGGGGAGGGAGACATCCTCAGGCATTGAAGTGGAGGCCTCAGACCTGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGAGCTTGACTGGGGATGATGGTGGCCCCAACCGCACCAGCACAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103731 TTGAGCTTGACTGGGGATGATGGTGGCCCCAACCGCACCAGCACAGAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGAGGCACAGACACAGAGAGCTCAGGTGAAGATAAGGACTCTGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103781 TCGAGGCACAGACACAGAGAGCTCAGGTGAAGATAAGGACTCTGACAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGGACACTGGTCATTACTCCATTAATGATGAAAATCGAGTCCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 TGGAGGACACTGGTCATTACTCCATTAATGATGAAAATCGAGTCCATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCTCAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 CGCTCAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAGCAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCGGCGCCGTGTACAGCGCAAGCGGGCTAACCGTGACCAGGACTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 TCGGCGCCGTGTACAGCGCAAGCGGGCTAACCGTGACCAGGACTCATCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGATGAGCGGGCCCTAGAGGACTGGGTGTCCTCAGAAACATCAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103981 ATGATGAGCGGGCCCTAGAGGACTGGGTGTCCTCAGAAACATCAGCTCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCCGACCTCGCTGGCAAGCCCTCCCTGCCCTTCGGGAGCGGGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104031 CCCCGACCTCGCTGGCAAGCCCTCCCTGCCCTTCGGGAGCGGGAGCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTCAAGTGCCCGCTTTGTCTATGAGGCCTGTGGGGCAAGAGTCTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104081 TTCAAGTGCCCGCTTTGTCTATGAGGCCTGTGGGGCAAGAGTCTTTGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCGTTTCCGCCTGCAGCATGGGCTTGAGGGCCATACTGGTTGTGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104131 AGCGTTTCCGCCTGCAGCATGGGCTTGAGGGCCATACTGGTTGTGTCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACCCTGCACTTTAACCAGCGCGGCACCTGGCTGGCCAGTGGCAGCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104181 ACCCTGCACTTTAACCAGCGCGGCACCTGGCTGGCCAGTGGCAGCGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTGAAGGTGGTGGTGTGGGATTGGGTACGGCGGCAGCCAGTACTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104231 CCTGAAGGTGGTGGTGTGGGATTGGGTACGGCGGCAGCCAGTACTGGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTGAGAGTGGCCACAAAAGTAATGTGTTCCAG         GCCAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104281 TTGAGAGTGGCCACAAAAGTAATGTGTTCCAGGTG...CAGGCCAAGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTTCCTAACAGTGGTGATTCTACTCTGGCCATGTGTGCCCGTGACGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105271 CTTCCTAACAGTGGTGATTCTACTCTGGCCATGTGTGCCCGTGACGGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGTTCGAGTAGCAGAACTGTCTGCCACACAGTGTTGCAAGAATACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105321 GGTTCGAGTAGCAGAACTGTCTGCCACACAGTGTTGCAAGAATACAAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGTGGCCCAGCACAAGGGAGCGTCCCACAAG         TTGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105371 GTGTGGCCCAGCACAAGGGAGCGTCCCACAAGGTA...CAGTTGGCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAACCAGACTCTCCCTGTACGTTCTTATCTGCAGGTGAAGATGCAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106789 GAACCAGACTCTCCCTGTACGTTCTTATCTGCAGGTGAAGATGCAGTTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TTTCACCATTGACCTGAGACAAGACCGCCCAGCGTC         GAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106839 TTTCACCATTGACCTGAGACAAGACCGCCCAGCGTCGTA...AAGGAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGGTGGTGACAAAAGAGAAAGAGAAGAAAGTGGGGCTGTATACGATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112607 TGGTGGTGACAAAAGAGAAAGAGAAGAAAGTGGGGCTGTATACGATCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTGAATCCTGCCAATACCCACCAGTTTGCAGTGGGTGGACGAGATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112657 GTGAATCCTGCCAATACCCACCAGTTTGCAGTGGGTGGACGAGATCAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGTAAG         GATTTATGACCAGAGGAAAATTGATGAGAATGAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112707 TGTAAGGTG...TAGGATTTATGACCAGAGGAAAATTGATGAGAATGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACAATGGAGTACTCAAGAAGTTCTGTCCTCATCACCTG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118381 ACAATGGAGTACTCAAGAAGTTCTGTCCTCATCACCTGGTA...CAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AACAGTGAGTCCAAAGCAAACATCACCTGTCTTGTGTACAGCCACGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118893 AACAGTGAGTCCAAAGCAAACATCACCTGTCTTGTGTACAGCCACGACGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CACAG         AGCTCCTGGCCAGTTACAATGATGAAGACATTTACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118943 CACAGGTA...CAGAGCTCCTGGCCAGTTACAATGATGAAGACATTTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCTTCAACTCCTCTCACAGTGATGGGGCCCAGTATGTTAAGAGATACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119496 TCTTCAACTCCTCTCACAGTGATGGGGCCCAGTATGTTAAGAGATACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGCCACAGAAATAATGCCACAG         TAAAAGGCGTCAATTTCTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 119546 GGCCACAGAAATAATGCCACAGGTG...CAGTAAAAGGCGTCAATTTCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGGCCCCAAGAGTGAGTTTGTGGTGAGCGGTAGTGACTGTGGGCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121247 TGGCCCCAAGAGTGAGTTTGTGGTGAGCGGTAGTGACTGTGGGCACATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCCTCTGGGAGAAATCATCCTGCCAGATTATTCAGTTCATGGAGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121297 TCCTCTGGGAGAAATCATCCTGCCAGATTATTCAGTTCATGGAGGGGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAGGGAGGCGTG         GTAAACTGTCTTGAGCCCCACCCTCACCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 121347 AAGGGAGGCGTGGTG...CAGGTAAACTGTCTTGAGCCCCACCCTCACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCCTGTGCTGGCAACCAGTGGCCTAGACCATGATGTGAAGATCTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125070 GCCTGTGCTGGCAACCAGTGGCCTAGACCATGATGTGAAGATCTGGGCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCACAGCTGAAGCTTCCACTGAGCTGACAGGGTTAAAAGAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125120 CCACAGCTGAAGCTTCCACTGAGCTGACAGGGTTAAAAGATGTA...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTGATTAAGAAGAACAAGCGGGAGCGGGATGAAGATAGCTTGCACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125569 GTGATTAAGAAGAACAAGCGGGAGCGGGATGAAGATAGCTTGCACCAAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGACCTGTTTGATAGTCACATGCTGTGGTTCCTTATGCATCACCTGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125619 TGACCTGTTTGATAGTCACATGCTGTGGTTCCTTATGCATCACCTGAGAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGAGACGCCATCACCGG         CGCTGGCGAGAACCTGGGGTTGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 125669 AGAGACGCCATCACCGGGTA...CAGCGCTGGCGAGAACCTGGGGTTGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GCCACAGACGCGGACTCTGATGAGTCTCCCAGCTCCTCAGACACATCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126325 GCCACAGACGCGGACTCTGATGAGTCTCCCAGCTCCTCAGACACATCGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CGAGGAGGAGGGCCCTGACCGGGTGCAGTGCATGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126375 CGAGGAGGAGGGCCCTGACCGGGTGCAGTGCATGCCATCT