seq1 = pF1KB3682.tfa, 2256 bp
seq2 = pF1KB3682/gi568815596r_190874830.tfa (gi568815596r:190874830_191110005), 235176 bp

>pF1KB3682 2256
>gi568815596r:190874830_191110005 (Chr2)

(complement)

1-134  (99998-100130)   98% ->
135-279  (100899-101043)   100% ->
280-378  (102345-102443)   100% ->
379-468  (108843-108932)   100% ->
469-547  (110302-110380)   100% ->
548-639  (111698-111789)   100% ->
640-791  (111999-112150)   100% ->
792-950  (114787-114945)   100% ->
951-1043  (118686-118778)   100% ->
1044-1103  (120332-120391)   100% ->
1104-1133  (122938-122967)   100% ->
1134-1227  (123059-123152)   100% ->
1228-1269  (124346-124387)   100% ->
1270-1353  (125613-125696)   100% ->
1354-1452  (126266-126364)   100% ->
1453-1588  (127488-127623)   100% ->
1589-1638  (129337-129386)   100% ->
1639-1733  (130140-130234)   100% ->
1734-1879  (131005-131150)   100% ->
1880-2065  (132981-133166)   100% ->
2066-2141  (134119-134194)   100% ->
2142-2252  (135074-135184)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGATGTCTCAGTGGTACGAACTTCAGCAGCTTGACTCAAAATTCCT
        || -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ATA GGATGTCTCAGTGGTACGAACTTCAGCAGCTTGACTCAAAATTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCAGGTTCACCAGCTTTATGATGACAGTTTTCCCATGGAAATCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 GGAGCAGGTTCACCAGCTTTATGATGACAGTTTTCCCATGGAAATCAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTACCTGGCACAGTGGTTAGAAAAGCAAGACTG         GGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100097 AGTACCTGGCACAGTGGTTAGAAAAGCAAGACTGGTA...TAGGGAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCCAATGATGTTTCATTTGCCACCATCCGTTTTCATGACCTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100906 GCTGCCAATGATGTTTCATTTGCCACCATCCGTTTTCATGACCTCCTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGCTGGATGATCAATATAGTCGCTTTTCTTTGGAGAATAACTTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100956 ACAGCTGGATGATCAATATAGTCGCTTTTCTTTGGAGAATAACTTCTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TACAGCATAACATAAGGAAAAGCAAGCGTAATCTTCAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101006 TACAGCATAACATAAGGAAAAGCAAGCGTAATCTTCAGGTA...TAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATTTTCAGGAAGACCCAATCCAGATGTCTATGATCATTTACAGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102348 AATTTTCAGGAAGACCCAATCCAGATGTCTATGATCATTTACAGCTGTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGGAAGAAAGGAAAATTCTGGAAAACGCCCAGAGATTTAATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102398 GAAGGAAGAAAGGAAAATTCTGGAAAACGCCCAGAGATTTAATCAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      GCTCAGTCGGGGAATATTCAGAGCACAGTGATGTTAGACAAACAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102448 ..CAGGCTCAGTCGGGGAATATTCAGAGCACAGTGATGTTAGACAAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGAGCTTGACAGTAAAGTCAGAAATGTGAAGGACAAGGTTATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108888 AAAGAGCTTGACAGTAAAGTCAGAAATGTGAAGGACAAGGTTATGGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     TGTATAGAGCATGAAATCAAGAGCCTGGAAGATTTACAAGATGAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108938 .TAGTGTATAGAGCATGAAATCAAGAGCCTGGAAGATTTACAAGATGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGACTTCAAATGCAAAACCTTGCAGAACAGAG         AACACGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110348 ATGACTTCAAATGCAAAACCTTGCAGAACAGAGGTA...TAGAACACGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCAATGGTGTGGCAAAGAGTGATCAGAAACAAGAACAGCTGTTACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111706 ACCAATGGTGTGGCAAAGAGTGATCAGAAACAAGAACAGCTGTTACTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAGATGTATTTAATGCTTGACAATAAGAGAAAG         GAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111756 GAAGATGTATTTAATGCTTGACAATAAGAGAAAGGTA...TAGGAAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCACAAAATAATAGAGTTGCTGAATGTCACTGAACTTACCCAGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112006 TTCACAAAATAATAGAGTTGCTGAATGTCACTGAACTTACCCAGAATGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGATTAATGATGAACTAGTGGAGTGGAAGCGGAGACAGCAGAGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112056 CTGATTAATGATGAACTAGTGGAGTGGAAGCGGAGACAGCAGAGCGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATTGGGGGGCCGCCCAATGCTTGCTTGGATCAGCTGCAGAACTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112106 TATTGGGGGGCCGCCCAATGCTTGCTTGGATCAGCTGCAGAACTGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792     GTTCACTATAGTTGCGGAGAGTCTGCAGCAAGTTCGGCAGCAGCTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112156 .CAGGTTCACTATAGTTGCGGAGAGTCTGCAGCAAGTTCGGCAGCAGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAAAAGTTGGAGGAATTGGAACAGAAATACACCTACGAACATGACCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114833 AAAAAGTTGGAGGAATTGGAACAGAAATACACCTACGAACATGACCCTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CACAAAAAACAAACAAGTGTTATGGGACCGCACCTTCAGTCTTTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114883 CACAAAAAACAAACAAGTGTTATGGGACCGCACCTTCAGTCTTTTCCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCTCATTCAGAG         CTCGTTTGTGGTGGAAAGACAGCCCTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114933 AGCTCATTCAGAGGTA...CAGCTCGTTTGTGGTGGAAAGACAGCCCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGCCAACGCACCCTCAGAGGCCGCTGGTCTTGAAGACAGGGGTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118714 ATGCCAACGCACCCTCAGAGGCCGCTGGTCTTGAAGACAGGGGTCCAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CACTGTGAAGTTGAG         ACTGTTGGTGAAATTGCAAGAGCTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118764 CACTGTGAAGTTGAGGTA...CAGACTGTTGGTGAAATTGCAAGAGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATTATAATTTGAAAGTCAAAGTCTTATTTGATAA         AGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120358 ATTATAATTTGAAAGTCAAAGTCTTATTTGATAAGTA...CAGAGATGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AATGAGAGAAATACAGTAAAAGG         ATTTAGGAAGTTCAACAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122945 AATGAGAGAAATACAGTAAAAGGGTA...TAGATTTAGGAAGTTCAACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TTTGGGCACGCACACAAAAGTGATGAACATGGAGGAGTCCACCAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123077 TTTGGGCACGCACACAAAAGTGATGAACATGGAGGAGTCCACCAATGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTCTGGCGGCTGAATTTCGGCACCTG         CAATTGAAAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 123127 GTCTGGCGGCTGAATTTCGGCACCTGGTA...TAGCAATTGAAAGAACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAAAATGCTGGCACCAGAACGAATGAG         GGTCCTCTCATCGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 124361 AAAAATGCTGGCACCAGAACGAATGAGGTG...AAGGGTCCTCTCATCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TACTGAAGAGCTTCACTCCCTTAGTTTTGAAACCCAATTGTGCCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125627 TACTGAAGAGCTTCACTCCCTTAGTTTTGAAACCCAATTGTGCCAGCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GTTTGGTAATTGACCTCGAG         ACGACCTCTCTGCCCGTTGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125677 GTTTGGTAATTGACCTCGAGGTA...TAGACGACCTCTCTGCCCGTTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GTGATCTCCAACGTCAGCCAGCTCCCGAGCGGTTGGGCCTCCATCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126287 GTGATCTCCAACGTCAGCCAGCTCCCGAGCGGTTGGGCCTCCATCCTTTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GTACAACATGCTGGTGGCGGAACCCAGG         AATCTGTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126337 GTACAACATGCTGGTGGCGGAACCCAGGGTA...TAGAATCTGTCCTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TCCTGACTCCACCATGTGCACGATGGGCTCAGCTTTCAGAAGTGCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127501 TCCTGACTCCACCATGTGCACGATGGGCTCAGCTTTCAGAAGTGCTGAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TGGCAGTTTTCTTCTGTCACCAAAAGAGGTCTCAATGTGGACCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127551 TGGCAGTTTTCTTCTGTCACCAAAAGAGGTCTCAATGTGGACCAGCTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CATGTTGGGAGAGAAGCTTCTTG         GTCCTAACGCCAGCCCCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127601 CATGTTGGGAGAGAAGCTTCTTGGTA...TAGGTCCTAACGCCAGCCCCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 ATGGTCTCATTCCGTGGACGAGGTTTTGTAAG         GAAAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 129355 ATGGTCTCATTCCGTGGACGAGGTTTTGTAAGGTG...CAGGAAAATATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 AATGATAAAAATTTTCCCTTCTGGCTTTGGATTGAAAGCATCCTAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130149 AATGATAAAAATTTTCCCTTCTGGCTTTGGATTGAAAGCATCCTAGAACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CATTAAAAAACACCTGCTCCCTCTCTGGAATGATGG         GTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130199 CATTAAAAAACACCTGCTCCCTCTCTGGAATGATGGGTA...CAGGTGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 TCATGGGCTTCATCAGCAAGGAGCGAGAGCGTGCCCTGTTGAAGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131010 TCATGGGCTTCATCAGCAAGGAGCGAGAGCGTGCCCTGTTGAAGGACCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CAGCCGGGGACCTTCCTGCTGCGGTTCAGTGAGAGCTCCCGGGAAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131060 CAGCCGGGGACCTTCCTGCTGCGGTTCAGTGAGAGCTCCCGGGAAGGGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CATCACATTCACATGGGTGGAGCGGTCCCAGAACGGAGGCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 131110 CATCACATTCACATGGGTGGAGCGGTCCCAGAACGGAGGCGGTG...TAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 AACCTGACTTCCATGCGGTTGAACCCTACACGAAGAAAGAACTTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132981 AACCTGACTTCCATGCGGTTGAACCCTACACGAAGAAAGAACTTTCTGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 GTTACTTTCCCTGACATCATTCGCAATTACAAAGTCATGGCTGCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133031 GTTACTTTCCCTGACATCATTCGCAATTACAAAGTCATGGCTGCTGAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 TATTCCTGAGAATCCCCTGAAGTATCTGTATCCAAATATTGACAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133081 TATTCCTGAGAATCCCCTGAAGTATCTGTATCCAAATATTGACAAAGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 ATGCCTTTGGAAAGTATTACTCCAGGCCAAAGGAAG         CACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 133131 ATGCCTTTGGAAAGTATTACTCCAGGCCAAAGGAAGGTA...TAGCACCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 GAGCCAATGGAACTTGATGGCCCTAAAGGAACTGGATATATCAAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134124 GAGCCAATGGAACTTGATGGCCCTAAAGGAACTGGATATATCAAGACTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 GTTGATTTCTGTGTCTGAAGT         TCACCCTTCTAGACTTCAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 134174 GTTGATTTCTGTGTCTGAAGTGTA...TAGTCACCCTTCTAGACTTCAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 CCACAGACAACCTGCTCCCCATGTCTCCTGAGGAGTTTGACGAGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135094 CCACAGACAACCTGCTCCCCATGTCTCCTGAGGAGTTTGACGAGGTGTCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 CGGATAGTGGGCTCTGTAGAATTCGACAGTATGATGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||
 135144 CGGATAGTGGGCTCTGTAGAATTCGACAGTATGGTGAGTAC