seq1 = pF1KB3654.tfa, 3087 bp
seq2 = pF1KB3654/gi568815595f_44529155.tfa (gi568815595f:44529155_44744217), 215063 bp

>pF1KB3654 3087
>gi568815595f:44529155_44744217 (Chr3)

1-390  (100001-100390)   100% ->
391-550  (101908-102067)   100% ->
551-642  (102951-103042)   100% ->
643-769  (103319-103445)   100% ->
770-3087  (112746-115063)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAAGAGAAAATGTAGCCCACAATGCTCTGAGACAAGAGGGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAAGAGAAAATGTAGCCCACAATGCTCTGAGACAAGAGGGCCTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGGGAAGGATGATACCTGGAAATGGGGAACCAGCTTCCAAGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGGGAAGGATGATACCTGGAAATGGGGAACCAGCTTCCAAGGAAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCCTCTGTTTGGGAGACCTCCCACCTACACTTTAGACAATTACGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCTCTGTTTGGGAGACCTCCCACCTACACTTTAGACAATTACGTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATGAGACATCTGGACCCCAGGAAGCCCTGAGCCGGCTCAGGGAACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATGAGACATCTGGACCCCAGGAAGCCCTGAGCCGGCTCAGGGAACTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCGCCGGTGGCTGAGACCAGAAGCACGCACCAAGGCACAGATCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCGCCGGTGGCTGAGACCAGAAGCACGCACCAAGGCACAGATCCTGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGGTGCTGGAGCAGTTTCTGAGCATCCTGCCTGGGGAGATTCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTGGTGCTGGAGCAGTTTCTGAGCATCCTGCCTGGGGAGATTCGGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGGTACAGCTCCATCACCCTGGAAGTGGCGAGGAGGCTGTGGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGGTACAGCTCCATCACCCTGGAAGTGGCGAGGAGGCTGTGGCCCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGGAGCTGCAGAAAGACCTTGATGGACCAGCAATACAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100351 AGAGGAGCTGCAGAAAGACCTTGATGGACCAGCAATACAAGTG...CAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTCCAGTCCTTGTCAAGGATCAGGACACTCTCCAGAAGGTGGTGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101909 TTCCAGTCCTTGTCAAGGATCAGGACACTCTCCAGAAGGTGGTGAGTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCAGGAACAACACTTCCTCCTGTACTTCCTGGCAGCCACATAGCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101959 CCAGGAACAACACTTCCTCCTGTACTTCCTGGCAGCCACATAGCAGCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATTTGCCCGCATCCTCCTACTGACCTAGTGGCATTCAACCTCCAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102009 AATTTGCCCGCATCCTCCTACTGACCTAGTGGCATTCAACCTCCAGGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTCAGCATG         ATTCTCCTGCCCCTGAAGCTTCTGCCCTTTCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102059 CTCAGCATGGTA...CAGATTCTCCTGCCCCTGAAGCTTCTGCCCTTTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGGAAGAGAACCCAAGAAATCAATTAATGGCACTTATGCTCCTAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102983 CAGGAAGAGAACCCAAGAAATCAATTAATGGCACTTATGCTCCTAACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGCCCCAG         GAGTTGGTGATGTTCGAGGAGGTGTCAGTAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 CCAGCCCCAGGTA...CAGGAGTTGGTGATGTTCGAGGAGGTGTCAGTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTTCACTTCAGAGGAATGGGCATGTCTGGGCCCAATCCAGAGGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 GCTTCACTTCAGAGGAATGGGCATGTCTGGGCCCAATCCAGAGGGCCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TACTGGGATGTGATGCTGGAGAATTATGGAAATGTGACCTCCCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103400 TACTGGGATGTGATGCTGGAGAATTATGGAAATGTGACCTCCCTAGGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770      AATGGGAGACCATGACCGAGAATGAGGAGGTGACATCAAAGCCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103450 ..CAGAATGGGAGACCATGACCGAGAATGAGGAGGTGACATCAAAGCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTAGTTCTCAAAGAGCAGACTCTCATAAAGGAACATCAAAAAGACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112791 GTAGTTCTCAAAGAGCAGACTCTCATAAAGGAACATCAAAAAGACTTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGAAGTGTTCCCCAGGTCCTTGATTTTGAAGAAGAGTGTGAATGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112841 GGAAGTGTTCCCCAGGTCCTTGATTTTGAAGAAGAGTGTGAATGGCAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTGGCAAGTCAGTGGGGAAATGAAACAGATGAAAGGGCAGATACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112891 TTTGGCAAGTCAGTGGGGAAATGAAACAGATGAAAGGGCAGATACAGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGAAAGTTTCCCTTTGTGAACGAGACAAGAAGAAAAGGACTCCACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112941 AGAAAGTTTCCCTTTGTGAACGAGACAAGAAGAAAAGGACTCCACCAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAACAAGGCCAAAAGTGGAAGGAATTAGGAGACAGCTTGACTTTCGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112991 AAACAAGGCCAAAAGTGGAAGGAATTAGGAGACAGCTTGACTTTCGGTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGCTATTTCTGAAAGTTTAATAGGTACTGAAGGAAAGAAGTTTTATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113041 AGCTATTTCTGAAAGTTTAATAGGTACTGAAGGAAAGAAGTTTTATAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGATATGTGTTGTAAACATTTTAATAAAATCTCCCATCTTATAAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113091 GTGATATGTGTTGTAAACATTTTAATAAAATCTCCCATCTTATAAACCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CGGAGAATCCACACTGGTGAGAAACCTCATAAATGTAAGGAATGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113141 CGGAGAATCCACACTGGTGAGAAACCTCATAAATGTAAGGAATGTGGAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AGGCTTTATTCAGCGTTCGAGCCTTCTAATGCATTTACGGAACCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113191 AGGCTTTATTCAGCGTTCGAGCCTTCTAATGCATTTACGGAACCATTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GGGAGAAACCTTATAAATGTAATGAATGTGGGAAAGCATTTTCTCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113241 GGGAGAAACCTTATAAATGTAATGAATGTGGGAAAGCATTTTCTCAAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GCTTACCTTCTAAACCATCAGAGGATCCACACTGGGGAGAAACCTTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113291 GCTTACCTTCTAAACCATCAGAGGATCCACACTGGGGAGAAACCTTATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GTGTAAGGAGTGTGGAAAGGGCTTCTATAGGCACTCAGGCCTAATTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113341 GTGTAAGGAGTGTGGAAAGGGCTTCTATAGGCACTCAGGCCTAATTATAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ATCTAAGGCGCCATTCAGGGGAGAGACCTTATAAGTGTAATGAATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113391 ATCTAAGGCGCCATTCAGGGGAGAGACCTTATAAGTGTAATGAATGTGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AAAGTCTTCTCTCAGAATGCTTACCTCATTGACCATCAGAGGCTCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113441 AAAGTCTTCTCTCAGAATGCTTACCTCATTGACCATCAGAGGCTCCACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 AGGGGAAGAACCTTATAAATGTAATAAGTGTCAGAAAGCTTTCATTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113491 AGGGGAAGAACCTTATAAATGTAATAAGTGTCAGAAAGCTTTCATTCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AGAAGAGCCTCATTCTGCACCAGAGAATCCACTCTGGGGAAAAACCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113541 AGAAGAGCCTCATTCTGCACCAGAGAATCCACTCTGGGGAAAAACCCTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 AAATGTGATGAATGTGGAAAGACCTTTGCTCAGACCACTTATCTTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113591 AAATGTGATGAATGTGGAAAGACCTTTGCTCAGACCACTTATCTTATTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CCATCAGCGACTCCACAGTGCAGAGAACCCTTACAAGTGTAAAGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113641 CCATCAGCGACTCCACAGTGCAGAGAACCCTTACAAGTGTAAAGAATGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 GAAAAGTTTTCATTCGAAGCAAAAGCCTCCTCTTACATCAGAGAGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113691 GAAAAGTTTTCATTCGAAGCAAAAGCCTCCTCTTACATCAGAGAGTCCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 ACAGAAAAGAAAACCTTTGGTTGTAAAAAGTGTGGGAAGATTTTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113741 ACAGAAAAGAAAACCTTTGGTTGTAAAAAGTGTGGGAAGATTTTCAGTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 TAAGTCAAACTTCATTGACCATAAGAGGATGCACAGCAGAGAGAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113791 TAAGTCAAACTTCATTGACCATAAGAGGATGCACAGCAGAGAGAAACCTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 ACAAATGCACTGAATGTGGGAAAGCCTTTACTCAAAGTGCTTACCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113841 ACAAATGCACTGAATGTGGGAAAGCCTTTACTCAAAGTGCTTACCTTTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GACCACCAGAGACTCCACAATGGGGAGAAGCCCTATGAATGTAATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113891 GACCACCAGAGACTCCACAATGGGGAGAAGCCCTATGAATGTAATGAATG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 TGGGAAAGTTTTTATTCTGAAGAAGAGCCTCATTTTACATCAAAGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113941 TGGGAAAGTTTTTATTCTGAAGAAGAGCCTCATTTTACATCAAAGGTTCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 ACACTGGAGAGAATCTCTATGAATGTAAAGATTGTGGTAAGGTCTTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113991 ACACTGGAGAGAATCTCTATGAATGTAAAGATTGTGGTAAGGTCTTCGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 TCAAACAGAAACCTCATTGACCATGAGAGACTCCACAATGGGGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114041 TCAAACAGAAACCTCATTGACCATGAGAGACTCCACAATGGGGAGAAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 ATATGAATGTCGAGAGTGTGGGAAAACCTTTATTATGAGCAAAAGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114091 ATATGAATGTCGAGAGTGTGGGAAAACCTTTATTATGAGCAAAAGTTTTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 TGGTCCATCAGAAACTCCATACACAAGAGAAAGCCTACAAATGTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114141 TGGTCCATCAGAAACTCCATACACAAGAGAAAGCCTACAAATGTGAGGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 TGTGGGAAGGCTTTCAGTTACAATTCAAGCCTGCTTGTACATCGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114191 TGTGGGAAGGCTTTCAGTTACAATTCAAGCCTGCTTGTACATCGGAGAAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 CCACACCGGAGAAAAACCCTTTGAATGCAGTGAGTGTGGAAGAGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114241 CCACACCGGAGAAAAACCCTTTGAATGCAGTGAGTGTGGAAGAGCTTTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2315 GTTCAAACAGAAACCTCATTGAGCATAAGAGAATCCACAGTGGTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114291 GTTCAAACAGAAACCTCATTGAGCATAAGAGAATCCACAGTGGTGAGAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2365 CCCTATGAGTGTGATGAGTGTGGCAAATGCTTCATTCTGAAGAAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114341 CCCTATGAGTGTGATGAGTGTGGCAAATGCTTCATTCTGAAGAAAAGCCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415 CATTGGACATCAGAGAATTCACACGAGGGAAAAATCTTATAAATGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114391 CATTGGACATCAGAGAATTCACACGAGGGAAAAATCTTATAAATGCAATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2465 ACTGTGGGAAGGTCTTCAGTTACCGCTCAAACCTTATAGCCCATCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114441 ACTGTGGGAAGGTCTTCAGTTACCGCTCAAACCTTATAGCCCATCAGAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2515 ATCCATACTGGTGAGAAGCCCTATGCGTGTAGTGAGTGTGGAAAAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114491 ATCCATACTGGTGAGAAGCCCTATGCGTGTAGTGAGTGTGGAAAAGGTTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2565 TACGTACAACAGAAACCTGATTGAACATCAAAGAATTCACAGTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114541 TACGTACAACAGAAACCTGATTGAACATCAAAGAATTCACAGTGGAGAAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2615 AAACCTACGAATGTCATGTATGTAGGAAAGTCCTTACCTCTAGTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114591 AAACCTACGAATGTCATGTATGTAGGAAAGTCCTTACCTCTAGTAGAAAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2665 CTTATGGTACATCAAAGAATCCATACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114641 CTTATGGTACATCAAAGAATCCATACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2715 TGAGTGTGGAAAAGACTTTAGTCAGAATAAAAACCTTGTTGTACATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114691 TGAGTGTGGAAAAGACTTTAGTCAGAATAAAAACCTTGTTGTACATCAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2765 GAATGCACACTGGGGAAAAACCTTATGAGTGTGACAAGTGTAGGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114741 GAATGCACACTGGGGAAAAACCTTATGAGTGTGACAAGTGTAGGAAATCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2815 TTTACTTCTAAGAGGAATTTAGTTGGCCACCAGAGAATTCACACAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114791 TTTACTTCTAAGAGGAATTTAGTTGGCCACCAGAGAATTCACACAGGGGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2865 GAAACCCTATGGGTGTAATGATTGTAGTAAAGTTTTTAGGCAAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114841 GAAACCCTATGGGTGTAATGATTGTAGTAAAGTTTTTAGGCAAAGAAAAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2915 ACCTTACTGTACATCAGAAAATCCACACAGATGAAAAACCTTGTGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114891 ACCTTACTGTACATCAGAAAATCCACACAGATGAAAAACCTTGTGAATGT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2965 GATGTGTCTGAAAAAGAATTCTCTCAGACTTCCAACCTTCATCTTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114941 GATGTGTCTGAAAAAGAATTCTCTCAGACTTCCAACCTTCATCTTCAACA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3015 GAAAATCCATACCATTGAGGAATTCTCTTGGCTACAAAACACCAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114991 GAAAATCCATACCATTGAGGAATTCTCTTGGCTACAAAACACCAATGAGT

   3100     .    :    .    :
   3065 CCAAGATTGAGATTCAGAAAATC
        |||||||||||||||||||||||
 115041 CCAAGATTGAGATTCAGAAAATC