seq1 = pF1KB3652.tfa, 2304 bp
seq2 = pF1KB3652/gi568815594f_2775916.tfa (gi568815594f:2775916_3028520), 252605 bp

>pF1KB3652 2304
>gi568815594f:2775916_3028520 (Chr4)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-358  (105983-106145)   100% ->
359-510  (108600-108751)   100% ->
511-591  (118098-118178)   100% ->
592-741  (118667-118816)   100% ->
742-885  (122269-122412)   100% ->
886-984  (122518-122616)   100% ->
985-1161  (123344-123520)   100% ->
1162-1506  (128849-129193)   100% ->
1507-1608  (131828-131929)   100% ->
1609-1698  (132600-132689)   100% ->
1699-1855  (138969-139125)   100% ->
1856-1954  (150099-150197)   100% ->
1955-2304  (152256-152605)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGTGATTCTCGTGCTGCGGTGGTGACCTCACCACCCCCGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGGTGATTCTCGTGCTGCGGTGGTGACCTCACCACCCCCGACCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCCCTCACAAGGAGAGGTACTTCGACCGAGTAGATGAGAACAACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCCCTCACAAGGAGAGGTACTTCGACCGAGTAGATGAGAACAACCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTACTTGAGGGAGAGGAACATGGCACCAGACCTTCGCCAGGACTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTACTTGAGGGAGAGGAACATGGCACCAGACCTTCGCCAGGACTTCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGATGGAGCAAAAGAAGAGGGTGTCCATGATTCTGCAAAGCCCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 ATGATGGAGCAAAAGAAGAGGGTGTCCATGATTCTGCAAAGCCCTGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GCTTTCTGTGAAGAATTGGAATCAATGATACAGGAGCAATTTAAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .TAGGCTTTCTGTGAAGAATTGGAATCAATGATACAGGAGCAATTTAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGGAAGAACCCCACAGGCCTATTGGCATTACAGCAGATTGCAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106029 AGGGGAAGAACCCCACAGGCCTATTGGCATTACAGCAGATTGCAGATTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGACCACGAATGTACCAAATGTCTACCCAGCAGCTCCGCAAGGAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106079 ATGACCACGAATGTACCAAATGTCTACCCAGCAGCTCCGCAAGGAGGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCTGCCTTAAACATGA         GTCTTGGTATGGTGACTCCTGTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106129 GGCTGCCTTAAACATGAGTG...CAGGTCTTGGTATGGTGACTCCTGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGATCTTAGAGGATCTGATTCTATTGCGTATGACAAAGGAGAGAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108624 ACGATCTTAGAGGATCTGATTCTATTGCGTATGACAAAGGAGAGAAGTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTACGGTGTAAATTGGCAGCGTTTTATAGACTAGCAGATCTCTTTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108674 TTACGGTGTAAATTGGCAGCGTTTTATAGACTAGCAGATCTCTTTGGGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCTCAGCTTATCTACAATCATATCACA         ACCAGAGTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108724 GTCTCAGCTTATCTACAATCATATCACAGTG...CAGACCAGAGTGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGAGCAGGAACACTTCCTCATTGTCCCTTTTGGGCTTCTTTACAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118111 CCGAGCAGGAACACTTCCTCATTGTCCCTTTTGGGCTTCTTTACAGTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGACTGCATCCAGTTTG         GTTAAGATCAATCTACAAGGAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118161 GTGACTGCATCCAGTTTGGTA...CAGGTTAAGATCAATCTACAAGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATAGTAGATCGTGGAAGCACTAATCTGGGAGTGAATCAGGCCGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118690 TATAGTAGATCGTGGAAGCACTAATCTGGGAGTGAATCAGGCCGGCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTTACACTCTGCAATTTATGCTGCACGCCCGGACGTGAAGTGCGTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118740 CCTTACACTCTGCAATTTATGCTGCACGCCCGGACGTGAAGTGCGTCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACATTCACACCCCAGCAGGGGCTGCG         GTCTCTGCAATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 118790 CACATTCACACCCCAGCAGGGGCTGCGGTG...TAGGTCTCTGCAATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATGTGGCCTCTTGCCAATCTCCCCGGAGGCGCTTTCCCTTGGAGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122283 ATGTGGCCTCTTGCCAATCTCCCCGGAGGCGCTTTCCCTTGGAGAAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTTATCATGACTACCATGGCATTCTGGTTGATGAAGAGGAAAAAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122333 CTTATCATGACTACCATGGCATTCTGGTTGATGAAGAGGAAAAAGTTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATTCAGAAAAATCTGGGGCCTAAAAGCAAG         GTTCTTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122383 ATTCAGAAAAATCTGGGGCCTAAAAGCAAGGTC...CAGGTTCTTATTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCGGAACCATGGGCTCGTGTCAGTTGGAGAGAGCGTTGAGGAGGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122529 CCGGAACCATGGGCTCGTGTCAGTTGGAGAGAGCGTTGAGGAGGCCTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATTACATCCATAACCTTGTGGTTGCCTGTGAGATCCAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122579 ATTACATCCATAACCTTGTGGTTGCCTGTGAGATCCAGGTA...AAGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGAACTCTGGCCAGTGCAGGAGGACCAGACAACTTAGTCCTGCTGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123347 CGAACTCTGGCCAGTGCAGGAGGACCAGACAACTTAGTCCTGCTGAATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAGAAGTACAAAGCCAAGTCCCGTTCCCCAGGGTCTCCGGTAGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123397 TGAGAAGTACAAAGCCAAGTCCCGTTCCCCAGGGTCTCCGGTAGGGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCACTGGATCGCCTCCCAAGTGGCAGATTGGTGAGCAGGAATTTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123447 GCACTGGATCGCCTCCCAAGTGGCAGATTGGTGAGCAGGAATTTGAAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTCATGCGGATGCTCGATAATCTG         GGCTACAGAACTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123497 CTCATGCGGATGCTCGATAATCTGGTA...TAGGGCTACAGAACTGGCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCTTATCGATACCCTGCTCTGAGAGAGAAGTCTAAAAAATACAGCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128866 CCCTTATCGATACCCTGCTCTGAGAGAGAAGTCTAAAAAATACAGCGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGAGGTTCCTGCTAGTGTCACAGGTTACTCCTTTGCTAGTGACGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128916 TGGAGGTTCCTGCTAGTGTCACAGGTTACTCCTTTGCTAGTGACGGTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCGGGCACTTGCTCCCCACTCAGACACAGTTTTCAGAAGCAGCAGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128966 TCGGGCACTTGCTCCCCACTCAGACACAGTTTTCAGAAGCAGCAGCGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GAAGACAAGATGGCTGAACTCTGGCCGGGGCGACGAAGCTTCCGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129016 GAAGACAAGATGGCTGAACTCTGGCCGGGGCGACGAAGCTTCCGAGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGCAGAATGGAAGCAGTCCCAAGTCGAAGACTAAGGTGTGGACGAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129066 GGCAGAATGGAAGCAGTCCCAAGTCGAAGACTAAGGTGTGGACGAACATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACACACGATCACGTGAAACCCTTGCTGCAGTCTCTCTCGTCCGGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129116 ACACACGATCACGTGAAACCCTTGCTGCAGTCTCTCTCGTCCGGTGTCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CGTGCCAAGCTGTATTACCAACTGCTTG         TGGACTAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129166 CGTGCCAAGCTGTATTACCAACTGCTTGGTC...CAGTGGACTAAAGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATGGACATAGAACTTCCACCTCTGCTGTCCCTAACCTGTTTGTTCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131841 ATGGACATAGAACTTCCACCTCTGCTGTCCCTAACCTGTTTGTTCCATTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AACACTAACCCAAAAGAGGTCCAGGAGATGAGGAACAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 131891 AACACTAACCCAAAAGAGGTCCAGGAGATGAGGAACAAGGTG...CAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCGAGAGCAGAATTTACAGGACATTAAGACGGCTGGCCCTCAGTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132602 CCGAGAGCAGAATTTACAGGACATTAAGACGGCTGGCCCTCAGTCCCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TTTTGTGTGGTGTAGTGATGGACAGGAGCCTCGTCCAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 132652 TTTTGTGTGGTGTAGTGATGGACAGGAGCCTCGTCCAGGTG...CAGGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GAGCTGGTGACGGCCTCCAAGGCCATCATTGAAAAGGAGTACCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138972 GAGCTGGTGACGGCCTCCAAGGCCATCATTGAAAAGGAGTACCAGCCCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CGTCATTGTGAGCACCACGGGCCCCAACCCCTTCACCACACTCACAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139022 CGTCATTGTGAGCACCACGGGCCCCAACCCCTTCACCACACTCACAGACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GTGAGCTGGAGGAGTACCGCAGGGAGGTGGAGAGGAAGCAGAAGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139072 GTGAGCTGGAGGAGTACCGCAGGGAGGTGGAGAGGAAGCAGAAGGGCTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GAAG         AGAATCTGGACGAGGCTAGAGAACAGAAAGAAAAGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139122 GAAGGTG...CAGAGAATCTGGACGAGGCTAGAGAACAGAAAGAAAAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TCCTCCAGACCAGCCTGCGGTCCCCCACCCGCCTCCCAGCACTCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150136 TCCTCCAGACCAGCCTGCGGTCCCCCACCCGCCTCCCAGCACTCCCATCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AGCTGGAGGAAG         ACCTTGTGCCGGAGCCGACTACTGGAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 150186 AGCTGGAGGAAGGTG...TAGACCTTGTGCCGGAGCCGACTACTGGAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GACAGTGATGCTGCCACCTTTAAGCCAACTCTCCCCGATCTGTCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152285 GACAGTGATGCTGCCACCTTTAAGCCAACTCTCCCCGATCTGTCCCCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TGAACCTTCAGAAGCACTCGGCTTCCCAATGTTAGAGAAGGAGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152335 TGAACCTTCAGAAGCACTCGGCTTCCCAATGTTAGAGAAGGAGGAGGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CCCATAGACCCCCAAGCCCCACTGAGGCCCCTACTGAGGCCAGCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152385 CCCATAGACCCCCAAGCCCCACTGAGGCCCCTACTGAGGCCAGCCCCGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CCAGCCCCAGACCCAGCCCCGGTGGCTGAAGAGGCTGCCCCCTCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152435 CCAGCCCCAGACCCAGCCCCGGTGGCTGAAGAGGCTGCCCCCTCAGCTGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CGAGGAGGGGGCCGCCGCGGACCCTGGCAGCGATGGGTCTCCAGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152485 CGAGGAGGGGGCCGCCGCGGACCCTGGCAGCGATGGGTCTCCAGGCAAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 CCCCGTCCAAAAAGAAGAAGAAGTTCCGTACCCCGTCCTTTCTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152535 CCCCGTCCAAAAAGAAGAAGAAGTTCCGTACCCCGTCCTTTCTGAAGAAG

   2400     .    :    .    :
   2284 AGCAAGAAGAAGAGTGACTCC
        |||||||||||||||||||||
 152585 AGCAAGAAGAAGAGTGACTCC