seq1 = pF1KB3641.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KB3641/gi568815594f_87876896.tfa (gi568815594f:87876896_88082893), 205998 bp

>pF1KB3641 942
>gi568815594f:87876896_88082893 (Chr4)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-93  (100164-100202)   100% ->
94-174  (103151-103231)   100% ->
175-216  (103498-103539)   100% ->
217-540  (104580-104903)   99% ->
541-942  (105597-105998)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAATTGCAGTGATTTGCTTTTGCCTCCTAGGCATCACCTGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAATTGCAGTGATTTGCTTTTGCCTCCTAGGCATCACCTGTGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCA         GTTAAACAGGCTGATTCTGGAAGTTCTGAGGAAAAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCAGTG...AAGGTTAAACAGGCTGATTCTGGAAGTTCTGAGGAAAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AG         CTTTACAACAAATACCCAGATGCTGTGGCCACATGGCTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTA...TAGCTTTACAACAAATACCCAGATGCTGTGGCCACATGGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACCCTGACCCATCTCAGAAGCAGAATCTCCTAGCCCCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103190 AACCCTGACCCATCTCAGAAGCAGAATCTCCTAGCCCCACAGGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175  AATGCTGTGTCCTCTGAAGAAACCAATGACTTTAAACAAGAG       
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103497 GAATGCTGTGTCCTCTGAAGAAACCAATGACTTTAAACAAGAGGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    217   ACCCTTCCAAGTAAGTCCAACGAAAGCCATGACCACATGGATGATATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104578 AGACCCTTCCAAGTAAGTCCAACGAAAGCCATGACCACATGGATGATATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GATGATGAAGATGATGACGACCATGTGGACAGCCAGGACTCCATTGACTC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 104628 GATGATGAAGATGATGATGACCATGTGGACAGCCAGGACTCCATTGACTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAACGACTCTGATGATGTAGATGACACTGATGATTCTCACCAGTCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104678 GAACGACTCTGATGATGTAGATGACACTGATGATTCTCACCAGTCTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGTCTCACCATTCTGATGAATCTGATGAACTGGTCACTGATTTTCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104728 AGTCTCACCATTCTGATGAATCTGATGAACTGGTCACTGATTTTCCCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACCTGCCAGCAACCGAAGTTTTCACTCCAGTTGTCCCCACAGTAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104778 GACCTGCCAGCAACCGAAGTTTTCACTCCAGTTGTCCCCACAGTAGACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATATGATGGCCGAGGTGATAGTGTGGTTTATGGACTGAGGTCAAAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104828 ATATGATGGCCGAGGTGATAGTGTGGTTTATGGACTGAGGTCAAAATCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAGTTTCGCAGACCTGACATCCAG         TACCCTGATGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104878 AGAAGTTTCGCAGACCTGACATCCAGGTA...CAGTACCCTGATGCTACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACGAGGACATCACCTCACACATGGAAAGCGAGGAGTTGAATGGTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105612 GACGAGGACATCACCTCACACATGGAAAGCGAGGAGTTGAATGGTGCATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAGGCCATCCCCGTTGCCCAGGACCTGAACGCGCCTTCTGATTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105662 CAAGGCCATCCCCGTTGCCCAGGACCTGAACGCGCCTTCTGATTGGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCGTGGGAAGGACAGTTATGAAACGAGTCAGCTGGATGACCAGAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105712 GCCGTGGGAAGGACAGTTATGAAACGAGTCAGCTGGATGACCAGAGTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAACCCACAGCCACAAGCAGTCCAGATTATATAAGCGGAAAGCTAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 105762 GAAACCCACAGCCACAAGCAGTCCAGATTATATAAGCGGAAAGCCAATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAGAGCAATGAGCATTCCGATGTGATTGATAGTCAGGAACTTTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105812 TGAGAGCAATGAGCATTCCGATGTGATTGATAGTCAGGAACTTTCCAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCAGCCGTGAATTCCACAGCCATGAATTTCACAGCCATGAAGATATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105862 TCAGCCGTGAATTCCACAGCCATGAATTTCACAGCCATGAAGATATGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTTGTAGACCCCAAAAGTAAGGAAGAAGATAAACACCTGAAATTTCGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105912 GTTGTAGACCCCAAAAGTAAGGAAGAAGATAAACACCTGAAATTTCGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .
    906 TTCTCATGAATTAGATAGTGCATCTTCTGAGGTCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105962 TTCTCATGAATTAGATAGTGCATCTTCTGAGGTCAAT