seq1 = pF1KB3640.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KB3640/gi568815597f_162398001.tfa (gi568815597f:162398001_162622547), 224547 bp

>pF1KB3640 1257
>gi568815597f:162398001_162622547 (Chr1)

1-268  (100001-100268)   100% ->
269-561  (101955-102247)   100% ->
562-753  (102913-103104)   100% ->
754-848  (105754-105848)   100% ->
849-925  (114500-114576)   100% ->
926-1024  (114725-114823)   100% ->
1025-1113  (120102-120190)   100% ->
1114-1257  (124404-124547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGATCCGGCTGCGCCTGGGGCGCGGAGCCGCCGCGTTTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGATCCGGCTGCGCCTGGGGCGCGGAGCCGCCGCGTTTTCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTTCGGGCGGCTGTGGCAGGTACAGAGCCGTCTGGGTAGCGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCTTCGGGCGGCTGTGGCAGGTACAGAGCCGTCTGGGTAGCGGCTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCTCGGTGTATCGGGTTCGCTGCTGCGGCAACCCTGGCTCGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCCTCGGTGTATCGGGTTCGCTGCTGCGGCAACCCTGGCTCGCCCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGCCCTCAAGCAGTTCTTGCCGCCAGGAACCACCGGGGCTGCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGCCCTCAAGCAGTTCTTGCCGCCAGGAACCACCGGGGCTGCGGCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCCGCCGAGTATGGTTTCCGCAAAGAGAGGGCGGCGCTGGAACAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCCGCCGAGTATGGTTTCCGCAAAGAGAGGGCGGCGCTGGAACAGTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGTCACAGAAACATCG         TGACTTTGTATGGAGTGTTTACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100251 AGGGTCACAGAAACATCGGTA...TAGTGACTTTGTATGGAGTGTTTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCCACTTTTCTCCAAATGTGCCATCACGCTGTCTGTTGCTTGAACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101978 ATCCACTTTTCTCCAAATGTGCCATCACGCTGTCTGTTGCTTGAACTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGATGTCAGTGTTTCGGAATTGCTCTTATATTCCAGTCACCAGGGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102028 GGATGTCAGTGTTTCGGAATTGCTCTTATATTCCAGTCACCAGGGTTGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCATGTGGATGATACAGCATTGTGCCCGAGATGTTTTGGAGGCCCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102078 CCATGTGGATGATACAGCATTGTGCCCGAGATGTTTTGGAGGCCCTTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTTCTTCATCATGAGGGCTATGTCCATGCGGACCTCAAACCACGTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102128 TTTCTTCATCATGAGGGCTATGTCCATGCGGACCTCAAACCACGTAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ATTGTGGAGTGCAGAGAATGAATGTTTTAAACTCATTGACTTTGGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102178 ATTGTGGAGTGCAGAGAATGAATGTTTTAAACTCATTGACTTTGGACTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCTTCAAAGAAGGCAATCAG         GATGTAAAGTATATTCAGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102228 GCTTCAAAGAAGGCAATCAGGTA...TAGGATGTAAAGTATATTCAGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACGGGTATCGGGCTCCAGAAGCAGAATTGCAAAATTGCTTGGCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102934 GACGGGTATCGGGCTCCAGAAGCAGAATTGCAAAATTGCTTGGCCCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGGCCTGCAGAGTGATACAGAATGTACCTCAGCTGTTGATCTGTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102984 TGGCCTGCAGAGTGATACAGAATGTACCTCAGCTGTTGATCTGTGGAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TAGGAATCATTTTACTGGAAATGTTCTCAGGAATGAAACTGAAACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103034 TAGGAATCATTTTACTGGAAATGTTCTCAGGAATGAAACTGAAACATACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTCAGATCTCAGGAATGGAAG         GCAAACAGTTCTGCTATTAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103084 GTCAGATCTCAGGAATGGAAGGTA...AAGGCAAACAGTTCTGCTATTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGATCACATATTTGCCAGTAAAGCAGTGGTGAATGCCGCAATTCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105774 TGATCACATATTTGCCAGTAAAGCAGTGGTGAATGCCGCAATTCCAGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATCACCTAAGAGACCTTATCAAAAG         CATGCTTCATGATGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105824 ATCACCTAAGAGACCTTATCAAAAGGTA...TAGCATGCTTCATGATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCAAGCAGAAGAATTCCTGCTGAAATGGCATTGTGCAGCCCATTCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114516 CCAAGCAGAAGAATTCCTGCTGAAATGGCATTGTGCAGCCCATTCTTTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATTCCTTTTG         CCCCTCATATTGAAGATCTGGTCATGCTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114566 CATTCCTTTTGGTA...CAGCCCCTCATATTGAAGATCTGGTCATGCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCACTCCAGTGCTAAGACTGCTGAATGTGCTGGATGATGATTATCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114755 CCACTCCAGTGCTAAGACTGCTGAATGTGCTGGATGATGATTATCTTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AATGAAGAGGAATATGAAG         ATGTTGTAGAAGATGTAAAAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114805 AATGAAGAGGAATATGAAGGTT...CAGATGTTGTAGAAGATGTAAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGAGTGTCAAAAATATGGACCAGTGGTATCTCTACTTGTTCCAAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120124 GGAGTGTCAAAAATATGGACCAGTGGTATCTCTACTTGTTCCAAAGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATCCTGGCAGAGGACAA         GTCTTTGTTGAGTATGCAAATGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120174 ATCCTGGCAGAGGACAAGTA...CAGGTCTTTGTTGAGTATGCAAATGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGTGATTCCAAAGCTGCGCAGAAATTACTGACTGGAAGGATGTTTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124428 GGTGATTCCAAAGCTGCGCAGAAATTACTGACTGGAAGGATGTTTGATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAGTTTGTTGTGGCTACATTCTACCCGCTGAGTGCCTACAAGAGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124478 GAAGTTTGTTGTGGCTACATTCTACCCGCTGAGTGCCTACAAGAGGGGAT

   1300     .    :    .    :
   1238 ATCTGTATCAAACCTTGCTT
        ||||||||||||||||||||
 124528 ATCTGTATCAAACCTTGCTT