seq1 = pF1KB3632.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KB3632/gi568815597f_44912906.tfa (gi568815597f:44912906_45115495), 202590 bp

>pF1KB3632 1101
>gi568815597f:44912906_45115495 (Chr1)

1-20  (99361-99380)   100% ->
21-133  (100002-100114)   100% ->
134-213  (100231-100310)   100% ->
214-276  (100387-100449)   100% ->
277-474  (100689-100886)   100% ->
475-636  (101004-101165)   100% ->
637-774  (101534-101671)   100% ->
775-875  (101831-101931)   100% ->
876-942  (102035-102101)   100% ->
943-1101  (102432-102590)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCGAATGGGTTGGG         ACCTCAGGGTTTTCCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  99361 ATGGAAGCGAATGGGTTGGGGTG...CAGACCTCAGGGTTTTCCGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAGAATGACACATTCCTGCGAGCAGCCTGGGGAGAGGAAACAGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 GAAGAATGACACATTCCTGCGAGCAGCCTGGGGAGAGGAAACAGACTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCCCGTTTGGTGCATGCGCCAGGCAGGCCGTTACTTACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100073 CTCCCGTTTGGTGCATGCGCCAGGCAGGCCGTTACTTACCAGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  AGTTTAGGGAAACCCGGGCTGCCCAGGACTTTTTCAGCACGTGTCGCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100230 GAGTTTAGGGAAACCCGGGCTGCCCAGGACTTTTTCAGCACGTGTCGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCTGAGGCCTGCTGTGAACTGACTCTGCAG         CCACTGCGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100280 TCCTGAGGCCTGCTGTGAACTGACTCTGCAGGTG...CAGCCACTGCGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCTTCCCTCTGGATGCTGCCATCATTTTCTCCGACATCCTTGTTGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 GCTTCCCTCTGGATGCTGCCATCATTTTCTCCGACATCCTTGTTGTACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAG         GCACTGGGCATGGAGGTGACCATGGTACCTGGCAAAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 CAGGTA...CAGGCACTGGGCATGGAGGTGACCATGGTACCTGGCAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ACCCAGCTTCCCAGAGCCATTAAGAGAAGAGCAGGACCTAGAACGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100727 ACCCAGCTTCCCAGAGCCATTAAGAGAAGAGCAGGACCTAGAACGCCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGGATCCAGAAGTGGTAGCCTCTGAGCTAGGCTATGTGTTCCAAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100777 GGGATCCAGAAGTGGTAGCCTCTGAGCTAGGCTATGTGTTCCAAGCCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCCTTACCCGACAACGACTGGCTGGACGTGTGCCGCTGATTGGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100827 ACCCTTACCCGACAACGACTGGCTGGACGTGTGCCGCTGATTGGCTTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGTGCCCCA         TGGACCCTGATGACATACATGGTTGAGGGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100877 TGGTGCCCCAGTA...TAGTGGACCCTGATGACATACATGGTTGAGGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTGGCTCAAGCACCATGGCTCAGGCCAAGCGCTGGCTCTATCAGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101035 GTGGCTCAAGCACCATGGCTCAGGCCAAGCGCTGGCTCTATCAGAGACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGCTAGTCACCAGCTGCTTCGCATCCTCACTGATGCTCTGGTCCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101085 CAGGCTAGTCACCAGCTGCTTCGCATCCTCACTGATGCTCTGGTCCCATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTGGTAGGACAAGTGGTGGCTGGTGCCCAG         GCATTGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101135 TCTGGTAGGACAAGTGGTGGCTGGTGCCCAGGTG...TAGGCATTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTTTGAGTCCCATGCAGGGCATCTTGGCCCACAGCTCTTCAACAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101544 TGTTTGAGTCCCATGCAGGGCATCTTGGCCCACAGCTCTTCAACAAGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCACTGCCTTACATCCGTGATGTGGCCAAGCAAGTGAAGGCCAGGTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101594 GCACTGCCTTACATCCGTGATGTGGCCAAGCAAGTGAAGGCCAGGTTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGCAGGCCTGGCACCAGTGCCCATG         ATCATCTTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101644 GGAGGCAGGCCTGGCACCAGTGCCCATGGTG...TAGATCATCTTTGCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGATGGGCATTTTGCCCTGGAGGAGCTGGCCCAAGCTGGCTATGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101844 AGGATGGGCATTTTGCCCTGGAGGAGCTGGCCCAAGCTGGCTATGAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTTGGGCTTGACTGGACAGTGGCCCCAAAGAAAGCCCG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101894 GTTGGGCTTGACTGGACAGTGGCCCCAAAGAAAGCCCGGTA...CAGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTGTGTGGGGAAGACGGTGACATTGCAGGGCAACCTGGACCCCTGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102038 GTGTGTGGGGAAGACGGTGACATTGCAGGGCAACCTGGACCCCTGTGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGTATGCATCTGAG         GAGGAGATCGGGCAGTTGGTGAAGCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102088 TGTATGCATCTGAGGTA...CAGGAGGAGATCGGGCAGTTGGTGAAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATGCTGGATGACTTTGGACCACATCGCTACATTGCCAACCTGGGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102459 ATGCTGGATGACTTTGGACCACATCGCTACATTGCCAACCTGGGCCATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTTTATCCTGACATGGACCCAGAACATGTGGGCGCCTTTGTGGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102509 GCTTTATCCTGACATGGACCCAGAACATGTGGGCGCCTTTGTGGATGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :
   1070 TGCATAAACACTCACGTCTGCTTCGACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 102559 TGCATAAACACTCACGTCTGCTTCGACAGAAC