seq1 = pF1KB3558.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB3558/gi568815576f_23045366.tfa (gi568815576f:23045366_23261561), 216196 bp

>pF1KB3558 999
>gi568815576f:23045366_23261561 (Chr22)

1-186  (100001-100186)   100% ->
187-267  (101240-101320)   100% ->
268-359  (104698-104789)   100% ->
360-425  (107096-107161)   100% ->
426-527  (107668-107769)   100% ->
528-592  (110603-110667)   100% ->
593-644  (112627-112678)   100% ->
645-726  (113533-113614)   100% ->
727-817  (113798-113888)   100% ->
818-937  (115514-115633)   100% ->
938-999  (116135-116196)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGATCGCCGGTGCAAGCTGGATGCTTGGACGCGCCGCTGCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGATCGCCGGTGCAAGCTGGATGCTTGGACGCGCCGCTGCCAGTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACGCAGACCCCGCCCACGACGTCGACGATTCGTGTAGCCCGCAGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACGCAGACCCCGCCCACGACGTCGACGATTCGTGTAGCCCGCAGGTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTGGCTCTCGTTGCCATGGTGATCGCCGCCGCTGGCTCAGGCGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGTGGCTCTCGTTGCCATGGTGATCGCCGCCGCTGGCTCAGGCGGACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCGCGCGGAGCCCCAGCTTTCACAGCCATCGCTG         GACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 GGCCGCGCGGAGCCCCAGCTTTCACAGCCATCGCTGGTG...CAGGACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAAGAATGAGGTCCTCCCTGACACCTTTGGGGCCCCCTGTGAGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101245 TGGAAGAATGAGGTCCTCCCTGACACCTTTGGGGCCCCCTGTGAGCCGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCGTGTCATCGCCAGCTTCCCTAAG         TGGTACACGCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101295 ACCGTGTCATCGCCAGCTTCCCTAAGGTA...CAGTGGTACACGCCGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTGTTTGCAGCTCAGGGAGCACTTCCACGGGCAGGTCAGCGCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104713 GCCTGTTTGCAGCTCAGGGAGCACTTCCACGGGCAGGTCAGCGCTGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAACGCAGGAACACGGGGACTGTCGG         GCTCAAACTCTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104763 CCAACGCAGGAACACGGGGACTGTCGGGTG...CAGGCTCAAACTCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTGGTGGTGGTTGGCGATCTCTACGTGGGGAAGACCAGCCTCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107110 AGGTGGTGGTGGTTGGCGATCTCTACGTGGGGAAGACCAGCCTCATCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AG         GTTTTGCAAGAATGTTTTTGATCGAGACTACAAGGCCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107160 AGGTA...CAGGTTTTGCAAGAATGTTTTTGATCGAGACTACAAGGCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATTGGGGTGGACTTTGAAATTGAGCGCTTTGAGATTGCTGGGATTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107707 CATTGGGGTGGACTTTGAAATTGAGCGCTTTGAGATTGCTGGGATTCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATAGCCTCCAGAT         CTGGGACACAGCTGGGCAGGAGAAGTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107757 ATAGCCTCCAGATGTA...CAGCTGGGACACAGCTGGGCAGGAGAAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGTGCATCGCATCTGCCTACTACCGGGGTGCCCAGG         TGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110631 AAGTGCATCGCATCTGCCTACTACCGGGGTGCCCAGGGTG...TAGTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATCACGGCCTTTGACCTCACTGACGTGCAGACCCTGGAGCATACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112631 CATCACGGCCTTTGACCTCACTGACGTGCAGACCCTGGAGCATACCAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645        GCAGTGGTTGGAGGATGCTCTGAGGGAGAACGAGGCAGGCTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112681 A...CAGGCAGTGGTTGGAGGATGCTCTGAGGGAGAACGAGGCAGGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGCTTCATCTTCCTCGTGGGAACCAAGAAGGACCTTCTG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113576 TGCTTCATCTTCCTCGTGGGAACCAAGAAGGACCTTCTGGTG...CAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGGGGCCGCATGTGAGCAGGCCGAAGCAGACGCTGTGCACCTGGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113800 AGGGGCCGCATGTGAGCAGGCCGAAGCAGACGCTGTGCACCTGGCCAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGATGCAGGCCGAGTACTGGTCAGTGTCGGCCAAGACTG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113850 AGATGCAGGCCGAGTACTGGTCAGTGTCGGCCAAGACTGGTG...CAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GAGAACGTGAAGGCATTCTTCAGCCGCGTAGCCGCCCTGGCATTCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115516 GAGAACGTGAAGGCATTCTTCAGCCGCGTAGCCGCCCTGGCATTCGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GTCGGTGCTGCAGGACCTGGAGAGGCAGAGCAGTGCCCGGCTCCAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115566 GTCGGTGCTGCAGGACCTGGAGAGGCAGAGCAGTGCCCGGCTCCAGGTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCAATGGAGACCTAATCC         AAATGGAAGGGAGTCCGCCCGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 115616 GCAATGGAGACCTAATCCGTG...CAGAAATGGAAGGGAGTCCGCCCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    961 ACCCAGGAGAGCAAGAGGCCCTCCAGCCTGGGCTGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116158 ACCCAGGAGAGCAAGAGGCCCTCCAGCCTGGGCTGCTGC