seq1 = pF1KB3513.tfa, 3069 bp
seq2 = pF1KB3513/gi568815597f_116284013.tfa (gi568815597f:116284013_116503976), 219964 bp

>pF1KB3513 3069
>gi568815597f:116284013_116503976 (Chr1)

12-123  (100001-100112)   100% ->
124-183  (100771-100830)   100% ->
184-387  (103276-103479)   100% ->
388-501  (104119-104232)   100% ->
502-636  (104626-104760)   100% ->
637-754  (104890-105007)   100% ->
755-1023  (105427-105695)   100% ->
1024-1222  (106201-106399)   100% ->
1223-1332  (106770-106879)   100% ->
1333-1467  (108842-108976)   100% ->
1468-1660  (109519-109711)   100% ->
1661-1836  (111098-111273)   100% ->
1837-1973  (112586-112722)   100% ->
1974-2124  (113876-114026)   100% ->
2125-2293  (114609-114777)   100% ->
2294-2448  (114918-115072)   100% ->
2449-2572  (115408-115531)   100% ->
2573-2718  (116849-116994)   100% ->
2719-2849  (117118-117248)   100% ->
2850-2951  (117542-117643)   100% ->
2952-3043  (119872-119963)   100% ->
3044-3069  (120404-120429)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 GGTTGGACGTGATAAGTATGAGCCTGCAGCTGTTTCAGAACAAGGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GGTTGGACGTGATAAGTATGAGCCTGCAGCTGTTTCAGAACAAGGTGATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 AAAAGGGCAAAAAGGGCAAAAAAGACAGGGACATGGATGAACTGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAAGGGCAAAAAGGGCAAAAAAGACAGGGACATGGATGAACTGAAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 GAAGTTTCTATG         GATGATCATAAACTTAGCCTTGATGAACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAGTTTCTATGGTA...TAGGATGATCATAAACTTAGCCTTGATGAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153 TCATCGTAAATATGGAACAGACTTGAGCCGG         GGATTAACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100800 TCATCGTAAATATGGAACAGACTTGAGCCGGGTA...CAGGGATTAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194 CTGCTCGTGCAGCTGAGATCCTGGCGCGAGATGGTCCCAACGCCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103286 CTGCTCGTGCAGCTGAGATCCTGGCGCGAGATGGTCCCAACGCCCTCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    244 CCCCCTCCCACTACTCCTGAATGGATCAAGTTTTGTCGGCAGCTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103336 CCCCCTCCCACTACTCCTGAATGGATCAAGTTTTGTCGGCAGCTCTTTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    294 GGGGTTCTCAATGTTACTGTGGATTGGAGCGATTCTTTGTTTCTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103386 GGGGTTCTCAATGTTACTGTGGATTGGAGCGATTCTTTGTTTCTTGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    344 ATAGCATCCAAGCTGCTACAGAAGAGGAACCTCAAAACGATAAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103436 ATAGCATCCAAGCTGCTACAGAAGAGGAACCTCAAAACGATAATGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388    CTGTACCTGGGTGTGGTGCTATCAGCCGTTGTAATCATAACTGGTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104116 CAGCTGTACCTGGGTGTGGTGCTATCAGCCGTTGTAATCATAACTGGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435 CTTCTCCTACTATCAAGAAGCTAAAAGTTCAAAGATCATGGAATCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104166 CTTCTCCTACTATCAAGAAGCTAAAAGTTCAAAGATCATGGAATCCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    485 AAAACATGGTCCCTCAG         CAAGCCCTTGTGATTCGAAATGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104216 AAAACATGGTCCCTCAGGTA...AAGCAAGCCCTTGTGATTCGAAATGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    526 GAGAAAATGAGCATAAATGCGGAGGAAGTTGTGGTTGGGGATCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104650 GAGAAAATGAGCATAAATGCGGAGGAAGTTGTGGTTGGGGATCTGGTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    576 AGTAAAAGGAGGAGACCGAATTCCTGCTGACCTCAGAATCATATCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104700 AGTAAAAGGAGGAGACCGAATTCCTGCTGACCTCAGAATCATATCTGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626 ATGGCTGCAAG         GTGGATAACTCCTCGCTCACTGGTGAATCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104750 ATGGCTGCAAGGTA...TAGGTGGATAACTCCTCGCTCACTGGTGAATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667 GAACCCCAGACTAGGTCTCCAGATTTCACAAATGAAAACCCCCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104920 GAACCCCAGACTAGGTCTCCAGATTTCACAAATGAAAACCCCCTGGAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    717 GAGGAACATTGCCTTCTTTTCAACCAATTGTGTTGAAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104970 GAGGAACATTGCCTTCTTTTCAACCAATTGTGTTGAAGGTA...AAGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758 CCGCACGTGGTATTGTTGTCTACACTGGGGATCGCACTGTGATGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105430 CCGCACGTGGTATTGTTGTCTACACTGGGGATCGCACTGTGATGGGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    808 ATTGCCACACTTGCTTCTGGGCTGGAAGGAGGCCAGACCCCCATTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105480 ATTGCCACACTTGCTTCTGGGCTGGAAGGAGGCCAGACCCCCATTGCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    858 AGAAATTGAACATTTTATCCACATCATCACGGGTGTGGCTGTGTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105530 AGAAATTGAACATTTTATCCACATCATCACGGGTGTGGCTGTGTTCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    908 GTGTGTCTTTCTTCATCCTTTCTCTCATCCTTGAGTACACCTGGCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105580 GTGTGTCTTTCTTCATCCTTTCTCTCATCCTTGAGTACACCTGGCTTGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958 GCTGTCATCTTCCTCATCGGTATCATCGTAGCCAATGTGCCGGAAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105630 GCTGTCATCTTCCTCATCGGTATCATCGTAGCCAATGTGCCGGAAGGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1008 GCTGGCCACTGTCACG         GTCTGTCTGACACTTACTGCCAAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105680 GCTGGCCACTGTCACGGTA...TAGGTCTGTCTGACACTTACTGCCAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1049 GCATGGCAAGGAAAAACTGCTTAGTGAAGAACTTAGAAGCTGTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106226 GCATGGCAAGGAAAAACTGCTTAGTGAAGAACTTAGAAGCTGTGGAGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099 TTGGGGTCCACGTCCACCATCTGCTCTGATAAAACTGGAACTCTGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106276 TTGGGGTCCACGTCCACCATCTGCTCTGATAAAACTGGAACTCTGACTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1149 GAACCGGATGACAGTGGCCCACATGTGGTTTGACAATCAAATCCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106326 GAACCGGATGACAGTGGCCCACATGTGGTTTGACAATCAAATCCATGAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1199 CTGATACGACAGAGAATCAGAGTG         GTGTCTCTTTTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106376 CTGATACGACAGAGAATCAGAGTGGTA...CAGGTGTCTCTTTTGACAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240 ACTTCAGCTACCTGGCTTGCTCTGTCCAGAATTGCAGGTCTTTGTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106787 ACTTCAGCTACCTGGCTTGCTCTGTCCAGAATTGCAGGTCTTTGTAACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290 GGCAGTGTTTCAGGCTAACCAGGAAAACCTACCTATTCTTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106837 GGCAGTGTTTCAGGCTAACCAGGAAAACCTACCTATTCTTAAGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333   CGGGCAGTTGCAGGAGATGCCTCTGAGTCAGCACTCTTAAAGTGCATA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108840 AGCGGGCAGTTGCAGGAGATGCCTCTGAGTCAGCACTCTTAAAGTGCATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1381 GAGCTGTGCTGTGGTTCCGTGAAGGAGATGAGAGAAAGATACGCCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108890 GAGCTGTGCTGTGGTTCCGTGAAGGAGATGAGAGAAAGATACGCCAAAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1431 CGTCGAGATACCCTTCAACTCCACCAACAAGTACCAG         TTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108940 CGTCGAGATACCCTTCAACTCCACCAACAAGTACCAGGTC...CAGTTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1472 CTATTCATAAGAACCCCAACACATCGGAGCCCCAACACCTGTTGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109523 CTATTCATAAGAACCCCAACACATCGGAGCCCCAACACCTGTTGGTGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1522 AAGGGCGCCCCAGAAAGGATCCTAGACCGTTGCAGCTCTATCCTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109573 AAGGGCGCCCCAGAAAGGATCCTAGACCGTTGCAGCTCTATCCTCCTCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1572 CGGCAAGGAGCAGCCCCTGGATGAGGAGCTGAAAGACGCCTTTCAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109623 CGGCAAGGAGCAGCCCCTGGATGAGGAGCTGAAAGACGCCTTTCAGAACG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1622 CCTATTTGGAGCTGGGGGGCCTCGGAGAACGAGTCCTAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109673 CCTATTTGGAGCTGGGGGGCCTCGGAGAACGAGTCCTAGGTA...CAGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1663 TTCTGCCACCTCTTTCTGCCAGATGAACAGTTTCCTGAAGGGTTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111100 TTCTGCCACCTCTTTCTGCCAGATGAACAGTTTCCTGAAGGGTTCCAGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1713 TGACACTGACGATGTGAATTTCCCTATCGATAATCTGTGCTTTGTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111150 TGACACTGACGATGTGAATTTCCCTATCGATAATCTGTGCTTTGTTGGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1763 TCATCTCCATGATTGACCCTCCACGGGCGGCCGTTCCTGATGCCGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111200 TCATCTCCATGATTGACCCTCCACGGGCGGCCGTTCCTGATGCCGTGGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1813 AAATGTCGAAGTGCTGGAATTAAG         GTCATCATGGTCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111250 AAATGTCGAAGTGCTGGAATTAAGGTA...CAGGTCATCATGGTCACAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1854 AGACCATCCAATCACAGCTAAAGCTATTGCCAAAGGTGTGGGCATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112603 AGACCATCCAATCACAGCTAAAGCTATTGCCAAAGGTGTGGGCATCATCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1904 CAGAAGGCAATGAGACCGTGGAAGACATTGCTGCCCGCCTCAACATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112653 CAGAAGGCAATGAGACCGTGGAAGACATTGCTGCCCGCCTCAACATCCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1954 GTCAGCCAGGTGAACCCCAG         GGATGCCAAGGCCTGCGTAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112703 GTCAGCCAGGTGAACCCCAGGTA...TAGGGATGCCAAGGCCTGCGTAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1995 ACACGGCAGTGATCTAAAGGACATGACCTCCGAGCAGCTGGATGACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113897 ACACGGCAGTGATCTAAAGGACATGACCTCCGAGCAGCTGGATGACATTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2045 TGAAGTACCACACTGAGATAGTGTTTGCCAGGACCTCCCCTCAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113947 TGAAGTACCACACTGAGATAGTGTTTGCCAGGACCTCCCCTCAGCAGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2095 CTCATCATTGTGGAAGGCTGCCAAAGACAG         GGTGCTATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113997 CTCATCATTGTGGAAGGCTGCCAAAGACAGGTC...TAGGGTGCTATCGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2136 GGCTGTGACTGGTGACGGTGTGAATGACTCTCCAGCTTTGAAGAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114620 GGCTGTGACTGGTGACGGTGTGAATGACTCTCCAGCTTTGAAGAAAGCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2186 ACATTGGGGTTGCTATGGGGATTGCTGGCTCAGATGTGTCCAAGCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114670 ACATTGGGGTTGCTATGGGGATTGCTGGCTCAGATGTGTCCAAGCAAGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2236 GCTGACATGATTCTTCTGGATGACAACTTTGCCTCAATTGTGACTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114720 GCTGACATGATTCTTCTGGATGACAACTTTGCCTCAATTGTGACTGGAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2286 AGAGGAAG         GTCGTCTGATCTTTGATAACTTGAAGAAATCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114770 AGAGGAAGGTG...TAGGTCGTCTGATCTTTGATAACTTGAAGAAATCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2327 TTGCTTATACCTTAACCAGTAACATTCCCGAGATCACCCCGTTCCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114951 TTGCTTATACCTTAACCAGTAACATTCCCGAGATCACCCCGTTCCTGATA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2377 TTTATTATTGCAAACATTCCACTACCACTGGGGACTGTCACCATCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115001 TTTATTATTGCAAACATTCCACTACCACTGGGGACTGTCACCATCCTCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2427 CATTGACTTGGGCACTGACATG         GTTCCTGCCATCTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 115051 CATTGACTTGGGCACTGACATGGTG...CAGGTTCCTGCCATCTCCCTGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2468 CTTATGAGCAGGCTGAGAGTGACATCATGAAGAGACAGCCCAGAAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115427 CTTATGAGCAGGCTGAGAGTGACATCATGAAGAGACAGCCCAGAAATCCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2518 AAAACAGACAAACTTGTGAATGAGCGGCTGATCAGCATGGCCTATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115477 AAAACAGACAAACTTGTGAATGAGCGGCTGATCAGCATGGCCTATGGGCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2568 GATTG         GAATGATCCAGGCCCTGGGAGGCTTCTTTACTTACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115527 GATTGGTA...TAGGAATGATCCAGGCCCTGGGAGGCTTCTTTACTTACT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2609 TTGTGATTCTGGCTGAGAACGGCTTCCTCCCAATTCACCTGTTGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116885 TTGTGATTCTGGCTGAGAACGGCTTCCTCCCAATTCACCTGTTGGGCCTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2659 CGAGTGGACTGGGATGACCGCTGGATCAACGATGTGGAAGACAGCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116935 CGAGTGGACTGGGATGACCGCTGGATCAACGATGTGGAAGACAGCTACGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2709 GCAGCAGTGG         ACCTATGAGCAGAGGAAAATCGTGGAGTTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116985 GCAGCAGTGGGTG...CAGACCTATGAGCAGAGGAAAATCGTGGAGTTCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2750 CCTGCCACACAGCCTTCTTCGTCAGTATCGTGGTGGTGCAGTGGGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117149 CCTGCCACACAGCCTTCTTCGTCAGTATCGTGGTGGTGCAGTGGGCCGAC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2800 TTGGTCATCTGTAAGACCAGGAGGAATTCGGTCTTCCAGCAGGGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117199 TTGGTCATCTGTAAGACCAGGAGGAATTCGGTCTTCCAGCAGGGGATGAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2850          GAACAAGATCTTGATATTTGGCCTCTTTGAAGAGACAGCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117249 GTA...TAGGAACAAGATCTTGATATTTGGCCTCTTTGAAGAGACAGCCC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2891 TGGCTGCTTTCCTTTCCTACTGCCCTGGAATGGGTGTTGCTCTTAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117583 TGGCTGCTTTCCTTTCCTACTGCCCTGGAATGGGTGTTGCTCTTAGGATG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2941 TATCCCCTCAA         ACCTACCTGGTGGTTCTGTGCCTTCCCCTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117633 TATCCCCTCAAGTA...CAGACCTACCTGGTGGTTCTGTGCCTTCCCCTA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2982 CTCTCTTCTCATCTTCGTATATGACGAAGTCAGAAAACTCATCATCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119902 CTCTCTTCTCATCTTCGTATATGACGAAGTCAGAAAACTCATCATCAGGC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   3032 GACGCCCTGGCG         GCTGGGTGGAGAAGGAAACCTACTAT
        ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119952 GACGCCCTGGCGGTA...CAGGCTGGGTGGAGAAGGAAACCTACTAT