seq1 = pF1KB3502.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KB3502/gi568815578f_58289460.tfa (gi568815578f:58289460_58544232), 254773 bp

>pF1KB3502 729
>gi568815578f:58289460_58544232 (Chr20)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-211  (128752-128904)   100% ->
212-315  (145143-145246)   100% ->
316-396  (149486-149566)   100% ->
397-573  (151448-151624)   100% ->
574-729  (154618-154773)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAGGTGGAGCAGGTCCTGAGCCTCGAGCCGCAGCACGAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAAGGTGGAGCAGGTCCTGAGCCTCGAGCCGCAGCACGAGCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCCGAG         GTCCCTTCACCGATGTTGTCACCACCAACCTAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTCCGAGGTA...CAGGTCCCTTCACCGATGTTGTCACCACCAACCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTTGGCAACCCGACAGACCGAAATGTGTGTTTTAAGGTGAAGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128785 AGCTTGGCAACCCGACAGACCGAAATGTGTGTTTTAAGGTGAAGACTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACCACGTAGGTACTGTGTGAGGCCCAACAGCGGAATCATCGATGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128835 GCACCACGTAGGTACTGTGTGAGGCCCAACAGCGGAATCATCGATGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCTCAATTAATGTATCTG         TGATGTTACAGCCTTTCGATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128885 GGCCTCAATTAATGTATCTGGTA...CAGTGATGTTACAGCCTTTCGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGATCCCAATGAGAAAAGTAAACACAAGTTTATGGTTCAGTCTATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145164 ATGATCCCAATGAGAAAAGTAAACACAAGTTTATGGTTCAGTCTATGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTCCAACTGACACTTCAGATATGGAAGCAGTA         TGGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 145214 GCTCCAACTGACACTTCAGATATGGAAGCAGTAGTA...TAGTGGAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCAAAACCGGAAGACCTTATGGATTCAAAACTTAGATGTGTGTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149494 GGCAAAACCGGAAGACCTTATGGATTCAAAACTTAGATGTGTGTTTGAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCCAGCAGAGAATGATAAACCA         CATGATGTAGAAATAAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 149544 TGCCAGCAGAGAATGATAAACCAGTA...CAGCATGATGTAGAAATAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAATTATATCCACAACTGCATCAAAGACAGAAACACCAATAGTGTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151466 AAAATTATATCCACAACTGCATCAAAGACAGAAACACCAATAGTGTCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTCTCTGAGTTCTTCTTTGGATGACACCGAAGTTAAGAAGGTTATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151516 GTCTCTGAGTTCTTCTTTGGATGACACCGAAGTTAAGAAGGTTATGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATGTAAGAGGCTGCAAGGTGAAGTTCAGAGGCTACGGGAGGAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151566 AATGTAAGAGGCTGCAAGGTGAAGTTCAGAGGCTACGGGAGGAGAACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGTTCAAG         GAAGAAGATGGACTGCGGATGAGGAAGACAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 151616 CAGTTCAAGGTA...TAGGAAGAAGATGGACTGCGGATGAGGAAGACAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGAGCAACAGCCCCATTTCAGCATTAGCCCCAACTGGGAAGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154650 GCAGAGCAACAGCCCCATTTCAGCATTAGCCCCAACTGGGAAGGAAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCTTAGCACCCGGCTCTTGGCTCTGGTGGTTTTGTTCTTTATCGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154700 GCCTTAGCACCCGGCTCTTGGCTCTGGTGGTTTTGTTCTTTATCGTTGGT

    750     .    :    .    :
    706 GTAATTATTGGGAAGATTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||
 154750 GTAATTATTGGGAAGATTGCCTTG