seq1 = pF1KB3491.tfa, 2034 bp
seq2 = pF1KB3491/gi568815596r_171685277.tfa (gi568815596r:171685277_171993260), 307984 bp

>pF1KB3491 2034
>gi568815596r:171685277_171993260 (Chr2)

(complement)

11-66  (100001-100056)   100% ->
67-209  (124438-124580)   100% ->
210-325  (137312-137427)   100% ->
326-465  (148753-148892)   100% ->
466-612  (155994-156140)   100% ->
613-751  (158396-158534)   100% ->
752-845  (159205-159298)   100% ->
846-930  (166379-166463)   100% ->
931-1012  (178059-178140)   100% ->
1013-1171  (179764-179922)   100% ->
1172-1224  (182985-183037)   100% ->
1225-1305  (183575-183655)   100% ->
1306-1446  (199494-199634)   100% ->
1447-1585  (201672-201810)   100% ->
1586-1744  (205314-205472)   100% ->
1745-1835  (205600-205690)   100% ->
1836-2034  (207786-207984)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 AGGTGCAGACAACTAAGCGAGGGGATCCTCATGAGTTAAGAAACATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGTGCAGACAACTAAGCGAGGGGATCCTCATGAGTTAAGAAACATATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 CTACAG         TATGCCAGTACTGAGGTTGATGGAGAGCGTTATAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACAGGTA...TAGTATGCCAGTACTGAGGTTGATGGAGAGCGTTATAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    102 GACCCCAGAAGACTTTGTTCAGCGCTATCTTGGACTGTATAATGATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124473 GACCCCAGAAGACTTTGTTCAGCGCTATCTTGGACTGTATAATGATCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 ATAGTAACCCAAAGATCGTGCAGCTCTTGGCAGGAGTAGCTGATCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124523 ATAGTAACCCAAAGATCGTGCAGCTCTTGGCAGGAGTAGCTGATCAAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 AAGGATGG         GTTGATCTCCTATCAAGAGTTTTTGGCATTTGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124573 AAGGATGGGTA...CAGGTTGATCTCCTATCAAGAGTTTTTGGCATTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243 ATCTGTTTTATGTGCTCCAGATTCCATGTTCATAGTGGCTTTCCAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137345 ATCTGTTTTATGTGCTCCAGATTCCATGTTCATAGTGGCTTTCCAGTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 TTGACAAGAGTGGAAATGGAGAGGTGACATTTG         AAAATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 137395 TTGACAAGAGTGGAAATGGAGAGGTGACATTTGGTA...AAGAAAATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334 AAAGAAATTTTTGGACAGACTATTATTCATCATCATATCCCTTTTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148761 AAAGAAATTTTTGGACAGACTATTATTCATCATCATATCCCTTTTAACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 GGATTGTGAATTTATCCGACTGCATTTTGGGCATAACCGGAAGAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148811 GGATTGTGAATTTATCCGACTGCATTTTGGGCATAACCGGAAGAAGCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434 TTAACTACACAGAATTCACGCAGTTTCTCCAG         GAGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 148861 TTAACTACACAGAATTCACGCAGTTTCTCCAGGTG...CAGGAGCTGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475 TTGGAACATGCAAGACAAGCCTTTGCACTCAAAGACAAAAGCAAAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156003 TTGGAACATGCAAGACAAGCCTTTGCACTCAAAGACAAAAGCAAAAGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525 CATGATTTCTGGTCTGGATTTCAGTGACATCATGGTTACCATTAGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156053 CATGATTTCTGGTCTGGATTTCAGTGACATCATGGTTACCATTAGATCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575 ACATGCTTACTCCTTTTGTGGAGGAGAACTTAGTTTCA         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 156103 ACATGCTTACTCCTTTTGTGGAGGAGAACTTAGTTTCAGTA...TAGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616 GCTGGAGGAAGTATCTCACACCAGGTTAGCTTCTCCTACTTCAATGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158399 GCTGGAGGAAGTATCTCACACCAGGTTAGCTTCTCCTACTTCAATGCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    666 TAACTCGTTACTGAATAACATGGAGCTTGTTCGTAAGATATATAGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158449 TAACTCGTTACTGAATAACATGGAGCTTGTTCGTAAGATATATAGCACTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    716 TAGCTGGCACAAGGAAAGATGTTGAAGTCACAAAGG         AGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 158499 TAGCTGGCACAAGGAAAGATGTTGAAGTCACAAAGGGTA...CAGAGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757 TTTGCCCAGAGTGCCATACGCTATGGACAAGTCACACCACTAGAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159210 TTTGCCCAGAGTGCCATACGCTATGGACAAGTCACACCACTAGAAATTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807 TATTCTATATCAGCTTGCAGACTTATATAATGCTTCAGG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 159260 TATTCTATATCAGCTTGCAGACTTATATAATGCTTCAGGGTA...AAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848 GCTTGACTTTGGCAGATATTGAGAGAATAGCCCCATTGGCTGAGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166381 GCTTGACTTTGGCAGATATTGAGAGAATAGCCCCATTGGCTGAGGGGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898 TTACCTTACAACCTGGCAGAACTTCAGAGACAG         CAGTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 166431 TTACCTTACAACCTGGCAGAACTTCAGAGACAGGTA...CAGCAGTCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    939 TGGGTTAGGCAGGCCTATCTGGCTCCAGATTGCCGAGTCTGCTTACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178067 TGGGTTAGGCAGGCCTATCTGGCTCCAGATTGCCGAGTCTGCTTACAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989 TCACTCTGGGCTCAGTTGCTGGAG         CTGTGGGAGCCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 178117 TCACTCTGGGCTCAGTTGCTGGAGGTG...TAGCTGTGGGAGCCACTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030 GTGTATCCTATAGATCTGGTGAAGACCCGAATGCAAAACCAGCGTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179781 GTGTATCCTATAGATCTGGTGAAGACCCGAATGCAAAACCAGCGTGGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1080 TGGCTCTGTTGTTGGGGAGCTAATGTACAAAAACAGCTTTGACTGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179831 TGGCTCTGTTGTTGGGGAGCTAATGTACAAAAACAGCTTTGACTGTTTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130 AGAAAGTCTTGCGTTATGAGGGCTTCTTTGGACTCTACAGGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 179881 AGAAAGTCTTGCGTTATGAGGGCTTCTTTGGACTCTACAGGGGTG...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1172  GTCTGATACCACAACTTATAGGGGTTGCTCCAGAAAAGGCCATTAAACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182984 GGTCTGATACCACAACTTATAGGGGTTGCTCCAGAAAAGGCCATTAAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1221 GACT         GTTAATGATTTTGTTCGGGACAAATTTACCAGAAGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183034 GACTGTA...TAGGTTAATGATTTTGTTCGGGACAAATTTACCAGAAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1262 ATGGCTCTGTTCCACTTCCAGCAGAAGTTCTTGCTGGAGGCTGT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 183612 ATGGCTCTGTTCCACTTCCAGCAGAAGTTCTTGCTGGAGGCTGTGTA...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306    GCTGGAGGCTCTCAGGTCATTTTTACCAACCCATTGGAGATAGTGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199491 CAGGCTGGAGGCTCTCAGGTCATTTTTACCAACCCATTGGAGATAGTGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1353 GATTCGTCTGCAAGTAGCTGGAGAGATCACCACGGGACCCAGAGTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199541 GATTCGTCTGCAAGTAGCTGGAGAGATCACCACGGGACCCAGAGTCAGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1403 CCCTGAATGTGCTCCGGGACTTGGGAATTTTTGGTCTGTATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 199591 CCCTGAATGTGCTCCGGGACTTGGGAATTTTTGGTCTGTATAAGGTG...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447    GGTGCCAAAGCGTGTTTCCTCCGAGACATTCCCTTCTCTGCAATCTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201669 CAGGGTGCCAAAGCGTGTTTCCTCCGAGACATTCCCTTCTCTGCAATCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1494 TTTTCCTGTTTATGCTCATTGCAAACTACTTCTGGCTGATGAAAATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201719 TTTTCCTGTTTATGCTCATTGCAAACTACTTCTGGCTGATGAAAATGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1544 ACGTGGGAGGTTTAAATCTTCTTGCAGCTGGAGCCATGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 201769 ACGTGGGAGGTTTAAATCTTCTTGCAGCTGGAGCCATGGCAGGTA...AA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1586  GTGTCCCAGCTGCATCTCTGGTGACCCCTGCTGATGTCATCAAGACAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205313 GGTGTCCCAGCTGCATCTCTGGTGACCCCTGCTGATGTCATCAAGACAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1635 ACTGCAGGTGGCTGCCCGCGCTGGCCAGACGACATACAGTGGTGTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205363 ACTGCAGGTGGCTGCCCGCGCTGGCCAGACGACATACAGTGGTGTCATCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1685 ACTGTTTCAGGAAGATTCTCCGGGAAGAAGGGCCCTCAGCATTTTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205413 ACTGTTTCAGGAAGATTCTCCGGGAAGAAGGGCCCTCAGCATTTTGGAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1735 GGGACTGCAG         CTCGAGTGTTTCGATCCTCTCCCCAGTTTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 205463 GGGACTGCAGGTA...CAGCTCGAGTGTTTCGATCCTCTCCCCAGTTTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1776 TGTTACCTTGGTCACTTATGAACTTCTCCAGCGGTGGTTTTACATTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205631 TGTTACCTTGGTCACTTATGAACTTCTCCAGCGGTGGTTTTACATTGATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1826 TTGGAGGCCT         CAAACCCGCTGGTTCAGAACCAACACCTAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 205681 TTGGAGGCCTGTA...CAGCAAACCCGCTGGTTCAGAACCAACACCTAAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1867 TCACGCATTGCAGACCTTCCTCCTGCCAACCCTGATCACATCGGTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207817 TCACGCATTGCAGACCTTCCTCCTGCCAACCCTGATCACATCGGTGGATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1917 CAGACTCGCCACAGCCACGTTTGCAGGCATCGAAAACAAATTTGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207867 CAGACTCGCCACAGCCACGTTTGCAGGCATCGAAAACAAATTTGGCCTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1967 ATCTCCCGAAATTTAAGTCTCCTAGTGTTGCTGTGGTTCAGCCAAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207917 ATCTCCCGAAATTTAAGTCTCCTAGTGTTGCTGTGGTTCAGCCAAAGGCA

   2150     .    :    .
   2017 GCAGTGGCAGCCACTCAG
        ||||||||||||||||||
 207967 GCAGTGGCAGCCACTCAG