seq1 = pF1KB3488.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KB3488/gi568815596f_74098642.tfa (gi568815596f:74098642_74314239), 215598 bp

>pF1KB3488 1050
>gi568815596f:74098642_74314239 (Chr2)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-286  (107064-107248)   100% ->
287-409  (109063-109185)   100% ->
410-562  (109928-110080)   100% ->
563-670  (111301-111408)   100% ->
671-763  (112558-112650)   100% ->
764-889  (113100-113225)   100% ->
890-1050  (115438-115598)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGACTTCTCTAATGTCTGCTTTGGCTGCCCGGCTGCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCGACTTCTCTAATGTCTGCTTTGGCTGCCCGGCTGCTGCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCACAGCTGCTCCCTTCGCCTTCGCCCTTTCCACCTCGCGGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCACAGCTGCTCCCTTCGCCTTCGCCCTTTCCACCTCGCGGCAGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         AAATGAAGCTGTTGTCATTTCTGGAAGGAAACTGGCCCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...CAGAAATGAAGCTGTTGTCATTTCTGGAAGGAAACTGGCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGATCAAGCAGGAAGTGCGGCAGGAGGTAGAAGAGTGGGTGGCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107104 CAGATCAAGCAGGAAGTGCGGCAGGAGGTAGAAGAGTGGGTGGCCTCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACAAACGGCCACACCTGAGTGTGATCCTGGTTGGCGAGAATCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107154 CAACAAACGGCCACACCTGAGTGTGATCCTGGTTGGCGAGAATCCTGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCACTCCTATGTCCTCAACAAAACCAGGGCAGCTGCAGTTGTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107204 GTCACTCCTATGTCCTCAACAAAACCAGGGCAGCTGCAGTTGTGGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     GAATCAACAGTGAGACAATTATGAAACCAGCTTCAATTTCAGAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107254 .TAGGAATCAACAGTGAGACAATTATGAAACCAGCTTCAATTTCAGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAATTGTTGAATTTAATCAATAAACTGAATAATGATGATAATGTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109109 AGAATTGTTGAATTTAATCAATAAACTGAATAATGATGATAATGTAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCTCCTTGTTCAGTTGCCTCTTCCAG         AGCATATTGATGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109159 GCCTCCTTGTTCAGTTGCCTCTTCCAGGTG...CAGAGCATATTGATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAAGGATCTGCAATGCTGTTTCTCCAGACAAGGATGTTGATGGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109942 AGAAGGATCTGCAATGCTGTTTCTCCAGACAAGGATGTTGATGGCTTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTAATTAATGTAGGACGAATGTGTTTGGATCAGTATTCCATGTTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109992 TGTAATTAATGTAGGACGAATGTGTTTGGATCAGTATTCCATGTTACCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTACTCCATGGGGTGTGTGGGAAATAATCAAGCGAACTG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110042 CTACTCCATGGGGTGTGTGGGAAATAATCAAGCGAACTGGTA...TAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTCCAACCCTAGGGAAGAATGTGGTTGTGGCTGGAAGGTCAAAAAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111303 ATTCCAACCCTAGGGAAGAATGTGGTTGTGGCTGGAAGGTCAAAAAACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGAATGCCCATTGCAATGTTACTGCACACAGATGGGGCGCATGAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111353 TGGAATGCCCATTGCAATGTTACTGCACACAGATGGGGCGCATGAACGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCGGAG         GTGATGCCACTGTTACAATATCTCATCGATATACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111403 CCGGAGGTA...TAGGTGATGCCACTGTTACAATATCTCATCGATATACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCAAAGAGCAGTTGAAGAAACATACAATTCTTGCAGATATTGTAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112593 CCCAAAGAGCAGTTGAAGAAACATACAATTCTTGCAGATATTGTAATATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCTGCAG         GTATTCCAAATCTGATCACAGCAGATATGATCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112643 TGCTGCAGGTA...CAGGTATTCCAAATCTGATCACAGCAGATATGATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGAAGGAGCAGCAGTCATTGATGTGGGAATAAATAGAGTTCACGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113133 AGGAAGGAGCAGCAGTCATTGATGTGGGAATAAATAGAGTTCACGATCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTAACTGCCAAACCCAAGTTGGTTGGAGATGTGGATTTTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113183 GTAACTGCCAAACCCAAGTTGGTTGGAGATGTGGATTTTGAAGGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   GAGTCAGACAAAAAGCTGGGTATATCACTCCAGTTCCTGGAGGTGTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115436 AGGAGTCAGACAAAAAGCTGGGTATATCACTCCAGTTCCTGGAGGTGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCCCATGACAGTGGCAATGCTAATGAAGAATACCATTATTGCTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115486 GCCCCATGACAGTGGCAATGCTAATGAAGAATACCATTATTGCTGCAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGGTGCTGAGGCTTGAAGAGCGAGAAGTGCTGAAGTCTAAAGAGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115536 AAGGTGCTGAGGCTTGAAGAGCGAGAAGTGCTGAAGTCTAAAGAGCTTGG

   1100     .    :
   1038 GGTAGCCACTAAT
        |||||||||||||
 115586 GGTAGCCACTAAT