seq1 = pF1KB3487.tfa, 1992 bp
seq2 = pF1KB3487/gi568815593f_118356.tfa (gi568815593f:118356_356417), 238062 bp

>pF1KB3487 1992
>gi568815593f:118356_356417 (Chr5)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-150  (105127-105213)   100% ->
151-312  (106005-106166)   99% ->
313-456  (107064-107207)   100% ->
457-621  (107528-107692)   99% ->
622-770  (109830-109978)   99% ->
771-895  (112521-112645)   99% ->
896-1064  (115122-115290)   99% ->
1065-1260  (116789-116984)   99% ->
1261-1432  (118073-118244)   100% ->
1433-1551  (122003-122121)   100% ->
1552-1663  (132637-132748)   100% ->
1664-1794  (132983-133113)   98% ->
1795-1908  (136038-136151)   99% ->
1909-1992  (137979-138062)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGGGTCCGGGGCCTGTCGCGGCTGCTGAGCGCTCGGCGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGGGTCCGGGGCCTGTCGCGGCTGCTGAGCGCTCGGCGCCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCCAAGGCG         TGGCCAACAGTGTTGCAAACAGGAACCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGCCAAGGCGGTG...CAGTGGCCAACAGTGTTGCAAACAGGAACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGGTTTTCACTTCACTGTTGATGGGAACAAGAGGGCATCTGCTAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105155 GAGGTTTTCACTTCACTGTTGATGGGAACAAGAGGGCATCTGCTAAAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAGATTCC         ATTTCTGCTCAGTATCCAGTAGTGGATCATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105205 TCAGATTCCGTA...CAGATTTCTGCTCAGTATCCAGTAGTGGATCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTTGATGCAGTGGTGGTAGGCGCTGGAGGGGCAGGCTTGCGAGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106037 ATTTGATGCAGTGGTGGTAGGCGCTGGAGGGGCAGGCTTGCGAGCTGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGCCTTTCTGAGGCAGGGTTTAATACAGCATGTGTTACCAAGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106087 TTGGCCTTTCTGAGGCAGGGTTTAATACAGCATGTGTTACCAAGCTGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTACCAGGTCACACACTGTTGCAGCGCAG         GGAGGAATCAA
        |||||||||||||||||||||||||| |||>>>...>>>|||||||||||
 106137 CCTACCAGGTCACACACTGTTGCAGCACAGGTA...CAGGGAGGAATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCTGCTCTGGGGAACATGGAGGAGGACAACTGGAGGTGGCATTTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107075 TGCTGCTCTGGGGAACATGGAGGAGGACAACTGGAGGTGGCATTTCTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACACCGTGAAGGGCTCCGACTGGCTGGGGGACCAGGATGCCATCCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107125 ACACCGTGAAGGGCTCCGACTGGCTGGGGGACCAGGATGCCATCCACTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGACGGAGCAGGCCCCCGCCGCCGTGGTCGAG         CTAGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107175 ATGACGGAGCAGGCCCCCGCCGCCGTGGTCGAGGTG...CAGCTAGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTATGGCATGCCGTTTAGCAGAACTGAAGATGGGAAGATTTATCAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107536 TTATGGCATGCCGTTTAGCAGAACTGAAGATGGGAAGATTTATCAGCGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CATTTGGTGGACAGAGCCTCAAGTTTGGAAAGGGCGGGCAGGCCCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107586 CATTTGGTGGACAGAGCCTCAAGTTTGGAAAGGGCGGGCAGGCCCATCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCTGCTGTGTGGCTGATCGGACTGGCCACTCGCTATTGCACACCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107636 TGCTGCTGTGTGGCTGATCGGACTGGCCACTCGCTATTGCACACCTTATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGACGG         TCTCTGCGATATGATACCAGCTATTTTGTGGAGT
        |||| ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107686 TGGAAGGGTA...TAGTCTCTGCGATATGATACCAGCTATTTTGTGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTTTGCCTTGGATCTCCTGATGGAGAACGGGGAGTGCCGTGGTGTCATC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 109864 ATTTTGCCTTGGATCTCCTGATGGAGAATGGGGAGTGCCGTGGTGTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCACTGTGCATAGAGGACGGGTCCATCCATCGCATAAGAGCAAAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109914 GCACTGTGCATAGAGGACGGGTCCATCCATCGCATAAGAGCAAAGAACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTTGTTGCCACAGG         AGGCTACGGGCGCACCTACTTCAGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109964 TGTTGTTGCCACAGGGTA...CAGAGGCTACGGGCGCACCTACTTCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCACGTCTGCCCACACCAGCACTGGCGACGGCACGGCCATGATCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112547 GCACGTCTGCCCACACCAGCACTGGCGACGGCACGGCCATGATCACCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAGGCCTTCCTTGCCAGGACCTAGAGTTTGTTCAGTTCCACCCCACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||>
 112597 GCAGGCCTTCCTTGCCAGGACCTAGAGTTTGTTCAGTTCCACCCTACAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896         GCATATATGGTGCTGGTTGTCTCATTACGGAAGGATGTCGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112647 TA...CAGGCATATATGGTGCTGGTTGTCTCATTACGGAAGGATGTCGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAGAGGGAGGCATTCTCATTAACAGTCAAGGCGAAAGGTTTATGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115164 GAGAGGGAGGCATTCTCATTAACAGTCAAGGCGAAAGGTTTATGGAGCGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACGCCCCTGTCGCGAAGGACCTGGCGTCTAGAGATGTGGTGTCTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115214 TACGCCCCTGTCGCGAAGGACCTGGCGTCTAGAGATGTGGTGTCTCGGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATGACTCTGGAGATCCGAGAAGGAAG         AGGCTGTGGCCCTG
         ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115264 CATGACTCTGGAGATCCGAGAAGGAAGGTG...CAGAGGCTGTGGCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGAAAGATCACGTCTACCTGCAGCTGCACCACCTACCTCCAGAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116803 AGAAAGATCACGTCTACCTGCAGCTGCACCACCTACCTCCAGAGCAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCACGCGCCTGCCTGGCATTTCAGAGACAGCCATGATCTTTGCTGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 116853 GCCACGCGCCTGCCTGGCATTTCAGAGACAGCCATGATCTTCGCTGGCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGACGTCACGAAGGAGCCGATCCCTGTCCTCCCCACCGTGCATTATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116903 GGACGTCACGAAGGAGCCGATCCCTGTCCTCCCCACCGTGCATTATAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGGCGGCATTCCCACCAACTACAAGGGGCAG         GTCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116953 TGGGCGGCATTCCCACCAACTACAAGGGGCAGGTG...CAGGTCCTGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CACGTGAATGGCCAGGATCAGATTGTGCCCGGCCTGTACGCCTGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118082 CACGTGAATGGCCAGGATCAGATTGTGCCCGGCCTGTACGCCTGTGGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGCCGCCTGTGCCTCGGTACATGGTGCCAACCGCCTCGGGGCAAACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118132 GGCCGCCTGTGCCTCGGTACATGGTGCCAACCGCCTCGGGGCAAACTCGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCTTGGACCTGGTTGTCTTTGGTCGGGCATGTGCCCTGAGCATCGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118182 TCTTGGACCTGGTTGTCTTTGGTCGGGCATGTGCCCTGAGCATCGAAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCATGCAGGCCTG         GAGATAAAGTCCCTCCAATTAAACCAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118232 TCATGCAGGCCTGGTA...TAGGAGATAAAGTCCCTCCAATTAAACCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CGCTGGGGAAGAATCTGTCATGAATCTTGACAAATTGAGATTTGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122031 CGCTGGGGAAGAATCTGTCATGAATCTTGACAAATTGAGATTTGCTGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GAAGCATAAGAACATCGGAACTGCGACTCAGCATGCAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 122081 GAAGCATAAGAACATCGGAACTGCGACTCAGCATGCAGAAGGTA...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TCAATGCAAAATCATGCTGCCGTGTTCCGTGTGGGAAGCGTGTTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132637 TCAATGCAAAATCATGCTGCCGTGTTCCGTGTGGGAAGCGTGTTGCAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGGTTGTGGGAAAATCAGCAAGCTCTATGGAGACCTAAAGCACCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132687 AGGTTGTGGGAAAATCAGCAAGCTCTATGGAGACCTAAAGCACCTGAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CGTTCGACCGGG         GAATGGTCTGGAACACAGACCTGGTGGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||| ||||||||||||
 132737 CGTTCGACCGGGGTG...CAGGAATGGTCTGGAACACGGACCTGGTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ACCCTGGAGCTGCAGAACCTGATGCTGTGTGCGCTGCAGACCATCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133012 ACCCTGGAGCTGCAGAACCTGATGCTGTGTGCGCTGCAGACCATCTACGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGCAGAGGCGCGGAAGGAGTCACGGGGCGCGCATGCCAGGGAAGACTACA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133062 AGCAGAGGCACGGAAGGAGTCACGGGGCGCGCATGCCAGGGAAGACTACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AG         GTGCGGATTGATGAGTACGATTACTCCAAGCCCATCCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133112 AGGTG...CAGGTGCGGATTGATGAGTACGATTACTCCAAGCCCATCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GGGCAACAGAAGAAGCCCTTTGAGGAGCACTGGAGGAAGCACACCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136077 GGGCAACAGAAGAAGCCCTTTGAGGAGCACTGGAGGAAGCACACCCTGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CTTTGTGGACGTTGGCACTGGGAAG         GTCACTCTGGAATATA
        || ||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 136127 CTATGTGGACGTTGGCACTGGGAAGGTC...AAGGTCACTCTGGAATATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GACCCGTAATCGACAAAACTTTGAACGAGGCTGACTGTGCCACCGTCCCG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137995 GACCCGTGATCGACAAAACTTTGAACGAGGCTGACTGTGCCACCGTCCCG

   2100     .    :    .
   1975 CCAGCCATTCGCTCCTAC
        ||||||||||||||||||
 138045 CCAGCCATTCGCTCCTAC