seq1 = pF1KB3482.tfa, 2199 bp
seq2 = pF1KB3482/gi568815597f_158914669.tfa (gi568815597f:158914669_159154898), 240230 bp

>pF1KB3482 2199
>gi568815597f:158914669_159154898 (Chr1)

1-277  (100001-100277)   100% ->
278-393  (101204-101319)   100% ->
394-561  (101865-102032)   100% ->
562-984  (103561-103983)   100% ->
985-1173  (105673-105861)   99% ->
1174-1341  (117856-118023)   98% ->
1342-1509  (130629-130796)   100% ->
1510-1929  (137011-137430)   100% ->
1930-2121  (138865-139056)   100% ->
2122-2199  (140153-140230)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGTAAAGATGGGAAAAAAATACAAGAACATTGTTCTACTAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGTAAAGATGGGAAAAAAATACAAGAACATTGTTCTACTAAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTAGAGGTCATCAATGATTATCATTTTAGAATGGTTAAGTCCTTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTAGAGGTCATCAATGATTATCATTTTAGAATGGTTAAGTCCTTACTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAACGATTTAAAACTTAATTTAAAAATGAGAGAAGAGTATGACAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAACGATTTAAAACTTAATTTAAAAATGAGAGAAGAGTATGACAAAATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGATTGCTGACTTGATGGAAGAAAAGTTCCGAGGTGATGCTGGTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGATTGCTGACTTGATGGAAGAAAAGTTCCGAGGTGATGCTGGTTTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAACTAATAAAAATTTTCGAAGATATACCAACGCTTGAAGACCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAACTAATAAAAATTTTCGAAGATATACCAACGCTTGAAGACCTGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAACTCTTAAAAAAGAAAAGTTAAAAG         TAAAAGGACCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100251 AAACTCTTAAAAAAGAAAAGTTAAAAGGTA...CAGTAAAAGGACCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTATCAAGAAAGAGGAAGAAGGAAGTGGATGCTACTTCACCTGCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101218 CTATCAAGAAAGAGGAAGAAGGAAGTGGATGCTACTTCACCTGCACCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACAAGCAGCACTGTCAAAACTGAAGGAGCAGAGGCAACTCCTGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101268 CACAAGCAGCACTGTCAAAACTGAAGGAGCAGAGGCAACTCCTGGAGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AG         AAAAGAAAAAAATCAACCAAAGAAAAGGCTGGACCCAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101318 AGGTA...CAGAAAAGAAAAAAATCAACCAAAGAAAAGGCTGGACCCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGAGTAAGGTGTCCGAGGAACAGACTCAGCCTCCCTCTCCTGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101904 GGGAGTAAGGTGTCCGAGGAACAGACTCAGCCTCCCTCTCCTGCAGGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGGCATGTCCACAGCCATGGGCCGTTCCCCATCTCCCAAGACCTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101954 CGGCATGTCCACAGCCATGGGCCGTTCCCCATCTCCCAAGACCTCATTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAGCTCCACCCAACAGTTCTTCAACTGAG         AACCCGAAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102004 CAGCTCCACCCAACAGTTCTTCAACTGAGGTA...CAGAACCCGAAAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGGCCAAATGTCAGGTAACTCCCAGAAGAAATGTTCTCCAAAAACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103573 GTGGCCAAATGTCAGGTAACTCCCAGAAGAAATGTTCTCCAAAAACGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGTGATAGTGAAGGTACTGAGTACAACAAAGCCATTTGAATATGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103623 AGTGATAGTGAAGGTACTGAGTACAACAAAGCCATTTGAATATGAGACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGAAATGGAGAAAAAAATAATGTTTCATGCTACAGTGGCTACACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103673 CAGAAATGGAGAAAAAAATAATGTTTCATGCTACAGTGGCTACACAGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGTTCTTCCATGTGAAGGTTTTAAACACCAGCTTGAAGGAGAAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103723 CAGTTCTTCCATGTGAAGGTTTTAAACACCAGCTTGAAGGAGAAATTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGGAAAGAAAATCATCATCATATCAGATTATTTGGAATATGATAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103773 TGGAAAGAAAATCATCATCATATCAGATTATTTGGAATATGATAGTCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TAGAGGTCAATGAAGAATCTACTGTATCTGAAGCTGGTCCTAACCAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103823 TAGAGGTCAATGAAGAATCTACTGTATCTGAAGCTGGTCCTAACCAAACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTTGAGGTTCCAAATAAAATCATCAACAGAGCAAAGGAAACTCTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103873 TTTGAGGTTCCAAATAAAATCATCAACAGAGCAAAGGAAACTCTGAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGATATTCTTCACAAACAAGCTTCAGGAAATATTGTATATGGGGTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103923 TGATATTCTTCACAAACAAGCTTCAGGAAATATTGTATATGGGGTATTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGCTACATAAG         AAAACAGTAAATCAGAAGACCACAATCTAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 TGCTACATAAGGTA...CAGAAAACAGTAAATCAGAAGACCACAATCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAAATTCAGGATGATAGAGGAAAAATGGATGTAGTGGGGACAGGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105703 GAAATTCAGGATGATAGAGGAAAAATGGATGTAGTGGGGACAGGACAATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TCACAATATCCCCTGTGAAGAAGGAGATAAGCTCCAGCTTTTCTGCTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 105753 TCACAATATCCCCTGTGAAGAAGGAGATAAGCTCCAACTTTTCTGCTTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GACTTAGAAAAAAGAACCAGATGTCAAAACTGATTTCAGAAATGCATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105803 GACTTAGAAAAAAGAACCAGATGTCAAAACTGATTTCAGAAATGCATAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TTTATCCAG         ATAAAGAAAAAAACAAACCCGAGAAACAATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105853 TTTATCCAGGTA...CAGATAAAGAAAAAAACAAACCCGAGAAACAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCCCAAGAGCATGAAGCTACCCCAGGAACAGAGTCAGCTTCCAAATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
 117888 CCCCAAGAGCATGAAGCTACCCCAGGAACAGCGTCAGCTTCCATATCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAGAGGCCAGCACAACCTTCCCTGAGAGCCATCTTCGGACTCCTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117938 CAGAGGCCAGCACAACCTTCCCTGAGAGCCATCTTCGGACTCCTCAGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CCACCAACAACTCCATCCAGCAGTTTCTTCACCAAG         AAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117988 CCACCAACAACTCCATCCAGCAGTTTCTTCACCAAGGTA...TAGAAAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGAAGACACAATCTCCAAAATGAATGACTTCATGAGGATGCAGATACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130634 TGAAGACACAATCTCCAAAATGAATGACTTCATGAGGATGCAGATACTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGGAAGGGAGTCATTTTCCAGGACCGTTCATGACCAGCATAGGCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130684 AGGAAGGGAGTCATTTTCCAGGACCGTTCATGACCAGCATAGGCCCAGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GAGAGCCATCCCCACACTCCTCAGATGCCTCCATCAACACCAAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130734 GAGAGCCATCCCCACACTCCTCAGATGCCTCCATCAACACCAAGCAGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TTTCTTAACCACG         TTGAAACCAAGACTGAAGACTGAACCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 130784 TTTCTTAACCACGGTA...AAGTTGAAACCAAGACTGAAGACTGAACCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AAGAAGTTTCCATAGAAGACAGTGCCCAGAGTGACCTCAAAGAAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137039 AAGAAGTTTCCATAGAAGACAGTGCCCAGAGTGACCTCAAAGAAGTGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GTGCTGAACGCAACAGAATCATTTGTATATGAGCCCAAAGAGCAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137089 GTGCTGAACGCAACAGAATCATTTGTATATGAGCCCAAAGAGCAGAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AATGTTTCATGCCACAGTGGCAACTGAGAATGAAGTCTTCCGAGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137139 AATGTTTCATGCCACAGTGGCAACTGAGAATGAAGTCTTCCGAGTGAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TTTTTAATATTGACCTAAAGGAGAAGTTCACCCCAAAGAAGATCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137189 TTTTTAATATTGACCTAAAGGAGAAGTTCACCCCAAAGAAGATCATTGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 ATAGCAAATTATGTTTGCCGCAATGGGTTCCTGGAGGTATATCCTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137239 ATAGCAAATTATGTTTGCCGCAATGGGTTCCTGGAGGTATATCCTTTCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 ACTTGTGGCTGATGTGAATGCTGACCGAAACATGGAGATCCCAAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137289 ACTTGTGGCTGATGTGAATGCTGACCGAAACATGGAGATCCCAAAAGGAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TGATTAGAAGTGCCAGCGTAACTCCTAAAATCAATCAGCTTTGCTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137339 TGATTAGAAGTGCCAGCGTAACTCCTAAAATCAATCAGCTTTGCTCACAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 ACTAAAGGAAGTTTTGTGAATGGGGTGTTTGAGGTACATAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 137389 ACTAAAGGAAGTTTTGTGAATGGGGTGTTTGAGGTACATAAGGTA...CA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930  AAAAATGTAAGGGGTGAATTCACTTATTATGAAATACAAGATAATACAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138864 GAAAAATGTAAGGGGTGAATTCACTTATTATGAAATACAAGATAATACAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 GGAAGATGGAAGTGGTGGTGCATGGACGACTGACCACAATCAACTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138914 GGAAGATGGAAGTGGTGGTGCATGGACGACTGACCACAATCAACTGTGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 GAAGGAGATAAACTGAAACTCACCTGCTTTGAATTGGCACCGAAAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138964 GAAGGAGATAAACTGAAACTCACCTGCTTTGAATTGGCACCGAAAAGTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 GAATACCGGGGAGTTGAGATCTGTAATTCATAGTCACATCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 139014 GAATACCGGGGAGTTGAGATCTGTAATTCATAGTCACATCAAGGTT...A

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2122   GTCATCAAGACCAGGAAAAACAAGAAAGACATACTCAATCCTGATTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140151 AGGTCATCAAGACCAGGAAAAACAAGAAAGACATACTCAATCCTGATTCA

   2250     .    :    .    :    .    :
   2170 AGTATGGAAACTTCACCAGACTTTTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 140201 AGTATGGAAACTTCACCAGACTTTTTCTTC